安徽大學和安徽工程大學都隸屬於安徽省管理，而且兩所學校都是安徽省土生土長的學校，並沒有接受外省來的資源。相對來講，安徽工程大學的真實校史要比現安徽大學更為悠久。現安徽大學其實是1958年復建的高校，而老安徽大學在1954年就被拆分乾淨，建制也被撤銷了；而安徽工程大學解放前是一所職業學校，解放後改為一所中專學校，總體延續了其建國前的班底，因此校史要比安徽大學更為悠久。
安徽工程大學恢復高考之後，以合肥工業大學的名義招收本科生，這之前都是以中專為主。因為恢復高考之後，急需各類高等工科學校，這個機遇造就了安徽工程大學順利晉級為本科高校。但是整體教學水平並不高，無論是學科建設基礎，還是學校教學設施等方面的建設，都相對較為欠缺。為此，安徽工程大學持續對教學和校內設施投入，並且積極引進項目，終於在2010年升級為"大學"，更名為安徽工程大學。
安徽大學和安徽工程大學兩所學校的教研方向並不相同，安徽大學主要是以文理為主，而安徽工程大學則是以工科為主。安徽工程大學位於安徽省蕪湖市，而蕪湖市一直是安徽的經濟重鎮，有一定的工業基礎，因此對安徽工程大學的投入也相對較大，但是安徽工程大學發展速度始終不是很快，畢竟工科立校競爭激烈程度難以想象。
總體來看，安徽大學的綜合實力要勝過安徽工程大學，主要是因為安徽大學建校之初就備受重視，而且安徽省內文理兼備的學校並不多，因此安徽大學就屬於這類學校的領頭羊，相對更容易獲得政策和資金的扶植。而蕪湖市雖然汽車及零部件、材料、電子、電線是其四大支柱產業，也是安徽工程大學積極挺進的學科，但是蕪湖市的經濟總量相對較少，還是難以快速提升安徽工程大學的整體質量。
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