新冠病毒（COVID-19）疫情爆發以來，關於該病毒的源頭一直存在較大爭議。美媒稱，疫情在加州存在的時間很有可能追溯到去年12月。
美國加利福尼亞州於3月19日進入緊急狀態。
《洛杉磯時報》近日報道，加利福尼亞州聖克拉拉縣的縣長（County Executive）、醫學博士傑夫·史密斯（Jeff Smith）在上週末的簡報會上說：“病毒一直在我們社區肆意傳播，可能已經存在了相當一段時間。”
史密斯表示，美國聯邦疾病控制和預防中心（CDC）、本地衛生部門以及其他機構所收集的數據顯示，疫情（在本地的）存在時間“比我們最初想象的要長得多”，很有可能追溯到2019年12月。
根據約翰斯·霍普金斯大學提供的疫情走勢圖，全美範圍內3月中旬開始出現疫情暴發。而斯坦福大學和CDC的最新研究則顯示，舊金山灣區的新冠病毒是2月下旬以來迅速傳播的：斯坦福大學4月7日公佈的研究報告顯示，其1月1日至2月26日收集舊金山灣區2,888份病人樣本，陽性率為0.07%；CDC 4月3日公佈的數據顯示，其3月5日至14日從聖克拉拉縣四個緊急護理中心抽取的226名咳嗽發燒病人的樣本中，約8%被檢測出新冠病毒。
史密斯上週末的推測則將新冠疫情在加州地區的傳播時間又向前推了一步。
至於之前為什麼沒有意識到這點，史密斯解釋稱道，當時美國正處於嚴重的流感季。“（新冠肺炎）症狀很像流感，如果你是輕症患者，你不會意識到，甚至也沒有去看醫生。醫生或許也不會注意，因為他們也覺得這是流感。”
史密斯稱，“當衛生部門試圖追蹤疾病源頭時，我們無法找到具體的某個接觸者。這意味著病毒已經在社區中傳播，而不是像CDC懷疑的那樣，只在中國（傳播）或只通過從中國回來的人傳播。”
科學家追蹤COVID-19家族樹
國際知名的學術期刊《美國科學院院報》（PNAS）發表文章“Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes”。論文由來自德國和英國的研究團隊共同撰寫，第一作者為英國劍橋大學的彼得·福斯特（Peter Forster）博士。
福斯特介紹，此次研究目的是為了確定“原始病毒類型”。
因為有太多的快速突變，傳統手段很難清晰地追蹤COVID-19家族樹，研究人員專門使用了一種“數學網絡算法”技術。此前，該技術主要用於分析DNA以繪製史前人類種群活動圖。這是其第一次被用來追蹤冠狀病毒的感染途徑。
研究人員分析了自2019年12月24日至2020年3月4日期間從世界各地採集的160個新冠病毒（SARS-Cov-2）基因組的數據，發現了三個主要SARS-Cov-2變體，並根據氨基酸變化不同將其命名為A、B和C型。
其中A型病毒與蝙蝠及穿山甲體內發現的冠狀病毒最為接近，為原始病毒類型，B型衍生自A型，C型衍生自B型。此外，三類變體在全球的分佈範圍不同，差異極大。A和C型多發現於歐洲人和美國人中，B型是東亞最常見的類型。
福斯特說，在武漢疫情明顯時首先被發現的一個基因組是B型病毒。研究人員當時誤以為B型是原始病毒，但事實並非如此，A型才是原始病毒 ，當時在武漢只是少數，不過B型之後成了武漢疫情暴發期間的主要病毒類，並且進一步突變為C型。
研究發現，感染A型的樣本將近一半來自東亞以外地區，主要位於美國和澳大利亞，且三分之二美國樣本感染的是A型。此外，A型雖然最早出現在武漢，但武漢只有極少的感染病例。有些曾在武漢生活過的美國人被發現攜帶A型病毒基因組。而B型主要分佈於中國及東亞地區，亞洲以外的B型基因組都發生了突變。
C型是在歐洲傳播的主要病毒類型，在美國和巴西也都有發現；但在中國大陸的感染樣本中未被發現，在中國香港、中國臺灣、新加坡和韓國皆有分佈。
福斯特表示，研究表明新冠肺炎的首例感染病例可能是由蝙蝠傳到人，併發生在2019年9月13日到12月7日之間。因此2019年12月24日從武漢採樣的病毒基因組根本不能準確地告訴我們疾病的起源。
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