崇禎十七年（1644年）李自成起義軍攻佔北京，崇禎皇帝朱由檢在煤山自縊。
同年福王朱由崧監國南京，之後稱帝，改元弘光。隨後清軍快速南下，圍攻揚州，揚州城破。1645年，南京陷落，弘光帝被俘，隨後被押往北京處決。
弘光元年（1645年）閏六月，唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，在福州稱帝，改元隆武。1646年，清軍入福建，隆武帝在汀州被擄，絕食而亡。
1646年，桂王朱由榔被推舉為帝，改元永曆，是為明朝末代皇帝。永曆十五年（1661年）吳三桂率清軍入緬，緬王莽白將永曆帝執送清軍。次年四月，永曆帝與太子朱慈煊在昆明被吳三桂處決，明統始亡。
此後鄭成功繼續沿用永曆年號，東征收復臺灣，作為抗清基地，但未再擁立明朝宗室稱帝或監國。康熙二十二年（1683年）清軍佔領臺灣，延平王鄭克塽降清，寧靖王朱術桂自殺，明朔始亡。
弘光皇帝朱由崧
從1644年崇禎上吊到1661年永曆被殺，南明朝僅僅堅持了17年就滅亡了。熟知中國歷史的都知道，中原政權丟了北方，只要逃過長江天險，通常都能將國祚再延續個幾百年，比如西晉之後有永嘉南渡建立東晉，徽欽二帝北狩後，康王趙構逃到南方建立了南宋。
如果說南明第一個弘光小朝廷因為東林黨發起的黨爭以及軍閥林立而難以為繼，那隨後的永曆朝廷期間一度出現反清高潮，尤以其中的廣東、江西、山西三省反正降明為標誌，為什麼南明朝廷卻沒有把握住機會，又是一敗塗地呢？永曆皇帝的性格是一方面原因，南明皇族之間的權利之爭與清廷的“狼性政策”也是一個重要原因。
永曆帝朱由榔其人
桂王朱由榔性格寡淡，凡事都是由性格強硬的王妃主持。朱由榔的一生都是被王妃安排好了的。一生下來，他就被安排由十幾個保姆和太監侍候。從小到大在群星捧月中長大，從來沒有像別的孩子一樣舞過槍弄過棒，一根寒毛也沒有被碰過。完全是在溫室雨露的滋養下生長起來的。
十歲那年，他按慣例被封為郡王，號永明王，這是帝國內僅次於親王的第二等爵位。十八歲那年，他被安排與大家閨秀王氏成婚。雖然已經是成年人了，可是他的一切衣食起居仍然都由母親安排。他被安排每天起來到各處請安，被安排按早晚每天換三套衣服，坐享每頓飯二十四道菜、每月二百兩銀子零花錢的“幸福”。確實，如果歷史之流不起波瀾，他的一生都將像賈寶玉嚮往的富貴閒人那樣平安度過。然而，很不幸，他的生命中註定要遇到這場天地大變局。
1646年，以瞿式耜為首的明朝舊臣準備擁立朱由榔為帝，但是遭到太妃與朱由榔的堅決反對，這個時候的大明王朝已經是風雨飄搖，前面幾個皇帝都沒落得個善終，此時隱姓埋名還來不及，怎麼能坐到風口浪尖，去當那招風的大樹？
一開始，大臣們以為他是故作謙虛，所以仍然一遍遍前來規勸。朱由榔沒見過這陣勢，一時慌了手腳，乾脆躲在書房裡不見大臣。
其實用今人的眼光看來，朱由榔完全不適合當皇帝，從小生長於婦人之手的他是個十足的繡花枕頭。由於從小在溫室中，他不但嚴重缺乏政治常識，甚至日常人情世故都有不足之處。從教育來說，他也不算成功。雖然比起那些胡作非為的子弟來，朱由榔算得上知書識禮，但其實讀了十幾年書，現在的水平也只能讀詩詞小說。這樣的水平，怎麼能當起天下重任？然而，在大臣們看來，朱由榔是一個完美得幾乎無可挑的皇位繼承人。
第一，他血統最純，身份最高貴。事實上，崇禎皇帝自殺後，桂王因為血緣親近，被認為是最適合的皇位繼承人。只是因為地處偏遠，才讓與朱由榔血緣距離相等而聲名不佳的小福王朱由崧繼位。朱由崧被俘後，如果不是事出緊急，無論如何也輪不到隆武帝朱聿鍵登基，因為此人與皇室中心的距離太遠了，他是朱元璋二十二子朱楹的八代孫，可以說是在世藩王中血統最疏的，所以隆武繼位後，南明朝廷上一直存在著反對之聲，不少反對派呼籲應該到廣西迎接小桂王取代隆武，只是由於距離過遠無法施行。如今，南明的疆域集中在了西南一隅，地處廣西的桂王，終於成為不二之選了。
第二，除了極為高貴的血統外，上天還給了朱由榔天生的“帝王之表”。朱家本來就出美男子，二十四歲這年，朱由榔身高一米八，身材挺拔，外表十分英俊。他秀眉高鼻，雙目炯炯，一舉一動安詳舒緩，氣象十分高貴。
第三，在大臣們看來，朱由榔的個人品質也完美無瑕。明代貴胄中大部分是驕奢淫逸之輩，胡作非為，四處滋事。只有桂王這一系的賢名舉國皆知，而朱由榔“厚重謹然”，“絕無聲色珍禽嗜好，不飲酒，不置妃，事太妃極孝”，也聞名已久。
所以朱由榔和太妃越拒絕，大臣們擁立的決心越堅決。他們認為，朱由榔面對皇位如此不以為意，恰恰表明了他的品質遠非其他皇族所及。
瞿式耜
皇帝的素質直接決定政權的品質
說朱由榔全未讀書有點誇張，應該說，朱由榔能認識一千多字，讀小說看戲本問題不大，但讀那些典雅深奧的奏摺就不行了。他讀得一腦門子汗，還是半通不通，不得不召幾個翰林進來先給他口譯一遍，才能明白大意。對於國家的政治傳統、用人行政、山川地理、財政軍事，永曆完全沒有任何知識準備，所有的政務你都要從頭給他講起。舉個簡單的例子吧，普通老百姓都知道知縣大還是知府大，但是皇帝居然不知道！所以，輔佐這樣一位皇帝治國，就好比教三歲小孩入洞房，你完全不知道從哪裡下手。
永曆朝廷才運轉了幾個月，歷朝歷代的各種弊政類型幾乎都全了。
首先是太后干政。皇帝的優秀品質中，為人稱道的第一條就是“極孝”。在登基以前，他的大小事情都是太妃做主的，做了皇帝以後，他還是習慣性地對太后所有想法“無不秉承”。而太后也樂於替兒子操心。問題是，雖然太后“習文墨，曉事機，剖決諸務能斷情理”，在女流當中算是個出類拔萃的，但她畢竟自幼不出家門，見聞有限。談到政治，那更是知識不足，見識不高。她判斷一個人的忠奸，只憑自己的情緒和感覺：如果誰在她面前痛哭流涕、捶胸頓足地陳述他對大明的熱愛，就很容易賺得太后也陪著流下眼淚。許多鑽營之人知道了這個竅門，便花重金賄賂太后身邊的宮女太監，見上太后一面，痛哭一場，往往就能連升幾級。時間一長這“眼淚升官法”竟成了朝野皆知的一個笑話。
其次是太監專權。雖然朝廷名義上的首席大臣是瞿式耜，然而不久人們就發現，朝中有一個比瞿式耜更有權力的“隱形宰相”王坤。王坤是前朝的老秉筆太監，諳熟前朝典故、政務流程。在永曆朝的建立過程中，許多宮中規矩都是由王坤一手建立起來的。剛在桂林安頓下來時，朱由榔曾經勉強振作過一個月，每天硬著頭皮讀幾十道冗長難懂的奏摺，籤授自己的處理意見。然後還要接見一個又一個大臣，聽他們用各種奇怪的方言，講自己完全不懂的各種政務，他還要像模像樣地發表點什麼“重要意見”，他原本不是精力充沛之人，每天都熬得頭昏眼花精廢力竭。新鮮勁兒一過，從小到大沒吃過一天苦的他實在扛不住了，逐漸的，秉筆太監王坤掌握了大權。秉筆太監的責任是皇帝的秘書，按慣例，對大臣們的請示事項，都要由朱由榔口授，由王坤記錄，傳達給臣下。朱由榔一天比一天懶於讀奏疏，越來越多地讓王坤先讀了之後直接草擬意見，他看一遍就發出。這種情況下，王坤的建議差不多就成了決策。或者說，王坤就成了事實上的皇帝。按理說，朱由榔要推卸政務，他首先也應該推卸給首席大學士資深大臣瞿式耜。但是他太好面子，不想讓瞿式耜知道自己的懶惰和卸責。所以朱由榔千方百計減少接見瞿式耜的次數。而王坤則完全不同。這位伺候了好幾朝的老太監既善於弄權攬事，又深知如何討得主子歡心。他在朱由榔面前永遠是恭順、聽話、善解人意的。他總是那麼卑躬屈膝、戰戰兢兢。只有在他面前，朱由榔才活得舒展、輕鬆。更何況每一次朱由榔提出逃走，王坤都毫無異議，立刻意會，堅決執行，全力佈置。所以時間一長，王坤就成了朝中第一號人物。
明朝是太監之禍最盛的朝代
隨著太監專權的出現，朝中勢不可免出現了第三個問題：黨爭。所謂黨爭，就是窩裡鬥。明朝原本就是在黨爭中滅亡的。從明朝中期開始，大臣們就開始按師門、按出身地域，拜老師，認同鄉，拉幫結派，在朝廷上掐得你死我活。他們表面上是為了原則綱常而鬥，實際上著力的不過是官位的升遷、官場的榮辱。每一個人都必須依附某一門派才能在官場中立足。在窩裡鬥中，他們表現出了在對外鬥爭中少見的堅決勇敢、殘酷，什麼帝國的百姓的疾苦，都被他們忘到腦後，南明歷任小朝廷都完整地繼承了窩裡斗的傳統。
朝中形成了王坤與瞿式耜的明爭暗鬥之後，大臣們也自然分成兩派，各隨其主。每次王坤要任命一個官員，瞿式耜派必然反對；瞿式耜提一個建議，王坤派也時常掣肘。每當兩派勢力相爭，需要朱由榔裁決時，皇帝哪個也不好意思得罪，經常漠然置之，不置可否，聽任他們打去。瞿式耜想收回各地軍權歸於中央統一指揮的設想一直無法實現，小朝廷的力量就這樣白白消耗在內鬥之中。
三省反正，形勢大好，而永曆朝廷又是如何坐等滅亡的？
其實，永曆皇帝曾一度逃到湖南，但當他發現鎮守湖南的定蠻伯劉承胤想將他獻給清廷，以便獲得投降優待後，又慌忙從湖南逃回桂林。逃回桂林後，永曆帝有了醒悟，開始了勵精圖治。他每天早晨五點多就起床，天剛亮就開始召見臣工，商量國家大事。他把瞿式耜倚為自己的左右手，凡事都恭敬地請教，可謂言聽計從。朝政的振作立竿見影。經過湖南慘敗和廣西的慘勝，瞿式耜的威望大為提高。再加上皇帝毫無保留的信任和支持，朝中有了真正的主心骨，各地武將也開始聽從號令，齊心合力，取得了幾次抵抗戰爭的勝利。南明上下，一個個歡欣鼓舞，都稱“中興有望”。全國形勢這時也出現了有利於南明的逆轉。
清軍入關之後其實一直是靠漢人打漢人。在利用漢族降將的同時，清廷難免對他們一再猜疑。在南明地盤一再被壓縮之後，清廷露出了狡兔死走狗烹的苗頭，對漢族降將越來越壓制，越來越冷遇。再加上永曆政權政治終於清明，露出“中興”之象。在這種形勢下，那些心懷不滿的降清漢將不斷有人“反正”，並且形成了連鎖反應：永曆二年（1648）正月，金聲桓在江西反正，三月李成棟在廣州反正，十二月初三姜瓖在山西反正。三大事變在同一年發生，舉國震動，明清形勢對比一下發生重大變化，清廷一時慌了手腳。
對於原本前途難測的南明來說，這真是“於無聲處聽驚雷”。喜訊一個接一個傳入朝廷，江西、廣東又都歸入南明版圖。而在福建，1648年，鄭成功蓄積實力後再次出擊，攻克同安縣。五月，鄭軍圍攻泉州。南明國勢可謂蒸蒸日上。
李成棟本是民族觀念很強的人，降清以後，精神壓力很大，日日鬱鬱寡歡。如今在全國反清勢力高漲的情況下反正，對永曆朝廷相當虔誠。他不因將廣東一省歸入版圖居功，反而因自己曾投降清朝而心懷不安。反正之後，他將永曆在廣東肇慶的“皇宮”整修一新，派自己的兒子李元胤到廣西，請皇帝“返都”。
永曆二年(1648)七月，朱由榔聖駕返回“舊都”廣東肇慶。李成棟準備了一支由三十二丈長的特大龍舟組成的船隊，金漆彩繪，儀仗鮮明，於百里之外迎接皇帝。八月一日晨，李成棟率文武百官舉行了一次隆重的迎駕儀式，親手步行抬皇帝所乘的鑾輿入宮，並特意在宮中準備了一萬兩現銀備皇帝賞賜之用。官裡器具陳設極為富麗。永曆當了兩年多皇帝，到了此時終於真正嚐到了做皇帝的滋味兒。朝廷上下都以為在三省反正的大好形勢下，反攻復明大有希望，因而一派喜氣洋洋。
然而很不幸，朱由榔此時卻再一次懈怠下來。他本來是一個意志力軟弱之人，在廣西這一段的“勵精圖治”已經消耗得差不多了。聖駕東移，瞿式耜作為廣西巡撫，留守廣西，沒有跟在皇帝身邊。自從船隊一離開桂林，逃離了瞿式耜的監督，朱由榔內心就長長地鬆了一口氣。國勢向上，一時無憂，沒有激起他恢復天下的雄心,反而使他的心氣散了。他一封奏章也不想看，一個大臣也不想接見。在豪華舒服的行宮中，他想好好放鬆一下自己。他命人送來大批珍品魚鳥和戲本，恢復了王府生活時養成的休閒生活。
皇帝懈怠，必然有權臣出現。這一次，他把大權交給了馬吉翔，也就是從湖南逃回廣西的路上揹著他跑了上百里的那個人。這件事奠定了永曆對他的信任，回到廣西之後，立刻升了他的官位，僅在瞿式耜之下。馬吉翔雖不是太監，但對皇帝的關心和體貼勝似太監，聰明伶俐善解人意更非一般人可比，和上次王坤成了隱身宰相一樣，馬吉翔很快就有了“馬皇帝”的外號。
然而馬吉翔除了善於鑽營和弄權之外，實在一無所長。朝廷從廣西搬到廣東後沒多久，朝政又一次開始一塌糊塗。馬吉翔決策顛三倒四，用人唯錢是認。朝廷從上到下舞權弄私，毫無是非功過可言。李成棟一開始對永曆君臣都十分尊敬，然而不久後就發現這個政權實在沒什麼希望。
在馬吉翔的主導下，永曆朝廷又一次陷入了烏煙瘴氣。本來，全國三大省反清，清人手忙腳亂，全國也陷入驚疑。這時的南明本應該派出精兵與反正諸省相配合，開闢幾處戰場，掀起一次大反攻，這樣一來，形勢可能出現根本性逆轉，起碼將有更多省份陸續反清復明。然而馬吉翔們卻忙於另一件事：一件是忙著爭權奪利，加官晉爵，每當打聽到皇帝心情好，馬吉翔就把一大批名單送入宮中，升官賞賜隨之而出。整整一年之中，永曆政權聽憑清軍從容地把三處反正之軍一個個分割包圍而毫無作為。金聲桓反正不久，就被清軍圍在南昌，孤軍奮戰八個月之久，南明居然沒有派一支軍隊前去支援，最後，南昌城被攻陷，清軍屠城，一腔熱血要盡忠永曆的金聲桓壯烈殉難。1649年，清軍集全國之力，進攻山西反正的姜壤。進攻南方的軍隊紛紛北撤。永曆朝廷如果此時揮兵北上，夾擊清軍，全國形勢可能出現根本性轉變。然而，永曆朝廷此時開始了又一輪內鬥。原來一些大臣不滿於馬吉翔分配賞賜的不公平，結起門派，朝中分成了吳黨和楚黨，相互爭權奪利，爭得你死我活。經過一年的戰鬥，清軍平定了山西，再次南下。這次，隱患已消，清軍無所顧忌，全力猛攻兩廣。永曆四年（1650年），南雄失守。永曆又一次跨上了逃難的龍舟。這次可真是一去不復返了。
通過三省反正，清廷更充分地認識到了永曆政權的號召力，決定不惜一切代價消滅掉它。在數十萬大軍的進攻下，兩廣全面陷落。
永曆皇帝的結局
永曆十六年，也就是康熙元年(1662)三月初一，永曆皇帝被押送回了昆明，被“重兵嚴守”於故都督府。四月二十四日，康熙的上諭抵達昆明，指示說，永曆是個可憐人，不必押送舉行獻俘禮，就在昆明“著將永曆正法”。
命令是四月二十四日夜裡接到的，吳三桂連夜請來兩位滿族副手，商量如何處決。吳三桂主張將永曆拉出去當眾砍頭了事，但滿洲將領愛星阿不贊成，他說，永曆畢竟曾經當過皇帝，應該給他點適當的尊重，吳三桂不敢不聽滿族副手的意見。四月二十五日清晨，永曆父子在睡夢中被清軍從床上拖了起來，拉到都督府門口的一間小廟內，用弓弦活活勒死。在臨死那一刻，永曆沒有任何掙扎。為了防止有人給永曆修墳，吳三桂命令將永曆父子屍體火化，“炙屍揚灰”，讓他們的骨灰徹底隨風飄散。這一年，永曆三十九歲。殺死永曆後，吳三桂命人將年近八十的王太后檻送北京。太后在路上自縊而死。
回首一生，永曆更像是上天窮極無聊的一個惡作劇。從降生的那一刻起，他註定要在既定命運之河中順流而下，雖然傾盡一生之力去搏濤擊浪，還是不能逆流半步，最終被帶向不情願的終點。
結語：我們能得到的教訓
南明亡就亡在“中心化”結構太明顯，“中心”不穩，“中心”無能，雖外部條件有利亦滿盤皆輸。但這也是漢化文明的特點。
北宋年間，金國滅遼國即是如此。金國的叛亂對遼國的影響除了軍事上還反映在經濟上。遼國本身就不是一個經濟特別發達的國家，這樣的國家想要保持戰鬥力，必須讓士兵自帶糧食，亦農亦兵。可是隨著遼國的漢化，養兵的成本越來越高，戰鬥力卻在下降。一旦開戰，軍事花費的大增，將反過來影響社會經濟，人們的生活迅速變糟並迅速進入瞭解體的節奏。
與此同時，新興的金國卻處於一個養兵成本很低的時期，士兵們不需要兵餉，依靠搶劫來獲得食物和財富,他們唯一的衝動就是打更多的仗，搶更多的財富。此消彼長之間，國運已經變換。而金國建立政權，開始漢化後，面對蒙古人的進攻，又變成另一個“遼國”。
滿清雖不是草原文明，但其發源地與金國一樣，屬漁獵文明，他們起家也是靠劫掠。在滅南明的過程中，滿清朝廷將這種劫掠思想發揮到極致。吳三桂、耿精忠這些人都是漢人，但在滅亡南明政權中，可謂殺伐決斷，殺自己的同胞兄弟絲毫不眨眼，主要原因就是他們劫掠到的土地、財產，清廷真的捨得與他們分享。
南明敗亡，不僅僅是中心化的問題，更是敗在滿清朝廷的“分贓政策”和“狼性政策”上。
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