劍橋大學研究報告指出，新冠病毒分三個變種，ABC，其中A類和蝙蝠身上提取病毒最相似，屬於祖先毒株。A類在武漢只有極少案例，且包括一個在武漢生活的美國人。A類病毒是美國澳洲的主要類型。B類毒株是中國境內主要類型，且並沒有傳播出東亞地區，屬於建立者效應。C類病毒是歐洲主要類型，亞洲地區的香港，新加坡，韓國皆有此類型。C類型演化自B，B類型演化自A。COVID-19：遺傳網絡分析提供了大流行起源的“快照”
研究通過基因突變繪製了COVID-19的“初期超新星”，當它從中國和亞洲傳播到澳大利亞，歐洲和北美時。研究人員說，他們的方法可用於幫助識別無證感染源。
系統發育網絡分析有可能幫助識別未記錄的COVID-19感染源
彼得·福斯特
來自英國劍橋和英國的研究人員使用遺傳網絡技術，重建了人類中COVID-19的早期“進化路徑”，因為感染已從武漢傳播到歐洲和北美。
通過分析將要從人類患者中測序的前160個完整病毒基因組，科學家們繪製了新冠狀病毒通過其突變產生的原始譜系，從而產生了不同的病毒譜系。
“有太多的快速突變，無法整齊地追蹤COVID-19家族樹。我們使用了數學網絡算法來同時可視化所有可能的樹木。”劍橋大學的遺傳學家彼得·福斯特博士說。
這些技術最著名的是通過DNA繪製史前人類的移動圖。我們認為這是它們首次被用來追蹤冠狀病毒（例如COVID-19）的感染途徑之一。”
該團隊使用了從2019年12月24日至2020年3月4日從世界各地採樣的病毒基因組中獲得的數據。研究發現，COVID-19的三個不同“變體”由緊密相關的血統簇組成，他們將其標記為“ A”，“ B”和“ C”。
福斯特和他的同事發現，武漢發現了與蝙蝠中最接近的COVID-19類型-“ A”型，即“人類原始病毒基因組”，但令人驚訝的是，它不是該城市的主要病毒類型。
據報道，居住在武漢的美國人看到了突變的“ A”型病毒，在美國和澳大利亞的患者中發現了大量的A型病毒。
武漢的主要病毒類型“ B”在整個東亞患者中普遍存在。不過，研究人員說，該變體沒有進一步的突變就不會在該地區以外傳播很多，這意味著在武漢發生了“創始人事件”，或者說對東亞以外地區的這種COVID-19產生了“抵抗”。
“ C”變體是主要的歐洲類型，在法國，意大利，瑞典和英國的早期患者中發現。該研究在中國大陸樣本中沒有，但在新加坡，香港和韓國見過。
這項新的分析還表明，最早是在1月27日將這種病毒引入意大利，這是通過首次有記載的德國感染而來的，而另一種早期的意大利感染途徑則與“新加坡群”有關。
重要的是，研究人員說，他們的遺傳網絡技術可以準確地追蹤既定的感染途徑：突變和病毒譜系在已知病例之間相互交織。
因此，科學家認為這些“系統發育”方法可以應用於最新的冠狀病毒基因組測序，以幫助預測未來疾病傳播和激增的全球熱點。
劍橋大學麥當勞考古研究所研究員福斯特說：“系統進化網絡分析有可能幫助識別未記錄的COVID-19感染源，然後可以對其進行隔離，以遏制該病在全球的進一步傳播。”大學的繼續教育學院。
該發現今天發表在《美國國家科學院院刊》（PNAS）上。該研究中使用的軟件以及1000多種冠狀病毒基因組的分類和計數可從www.fluxus-technology.com免費獲得。
研究人員將變種“ A”與蝙蝠和穿山甲中發現的病毒最密切相關，稱其為“爆發的根源”。類型“ B”源自“ A”，被兩個突變分隔，然後“ C”又是“ B”的“女兒”。
研究人員說，“ B”變體在東亞的本地化可能是由“奠基者效應”造成的：遺傳瓶頸是指在病毒的情況下，從一小群孤立的感染群體中建立了一種新類型時發生的基因瓶頸。
福斯特認為，還有另一種值得考慮的解釋。“武漢B型病毒可以在免疫學或環境方面適應東亞大部分人口。它可能需要改變以克服東亞以外的抵抗。在初始階段，我們似乎看到東亞的突變率比其他任何地方都慢。”
他補充說：“我們詳細描述的病毒網絡是流行早期的快照，當時COVID-19的進化路徑被大量突變所掩蓋。就像在行動中捕捉到了一顆超新星。”
自從進行今天的PNAS研究以來，研究團隊已將其分析擴展至1,001個病毒基因組。儘管尚未經過同行審查，但福斯特說，最新研究表明，COVID-19的首次感染和傳播是在9月中旬至12月初之間發生的。
研究人員使用的系統進化網絡方法-可以在一幅簡單的圖中同時顯示數百棵進化樹-於1979年在新西蘭開創，然後由德國數學家在1990年代開發。
這些技術引起了考古學家Colin Renfrew教授的注意，該教授是PNAS這項新研究的合著者，在1998年。Renfrew繼續在劍橋大學建立了世界上第一個考古學研究小組之一。
