美國已經生產500架F-35隱身戰機，但是，這種飛機卻有很多難以克服的毛病。美國航空發動機製造商普拉特.惠特尼公司升級版渦扇發動機F135正在測試，一旦安裝在F-35隱身戰機，那麼這種戰機就會實現超音速巡航能力。
F135發動機目前就是世界上推力最大的航空發動機，很多國家發起了對其推力數據的趕超，迄今為止還沒有成功的，其強大的性能甚至可以讓滿載彈藥20多噸重的F-35B戰機垂直升空，而加強版還將讓F-35隱身戰機可以實現超音速巡航。
但是，這裡就會發生一個問題，在超音速飛行時，F-35B和F-35C的隱身塗層會起空泡，破壞該機隱形性能。這使得F-35C無法執行超音速截擊任務。
美國發現在1.4倍音速飛行的時候，F-35B隱身戰機會出現熱損傷，將會導致，“隱身能力下降，通信、導航和識別天線受損，以及/或顯著的(水平尾翼損傷)”，隱身性能下降75%。因此，美軍表示，F-35C戰機不能進行超音速攔截，而且，在1.3倍超音速飛行的時候只能保持50秒，然後過3分鐘，才能繼續加力50秒。
一旦加強版F135發動機安裝上去，以現在F-35的現狀也發揮不了這種發動機的強勁動力啊！這麼說F-35戰機會在超音速飛行解體嗎？最終導致投資1萬億美元的F-35戰機計劃打水漂，數十個購買國家被坑死嗎？
不過，洛馬公司表示，這些問題都是“1類B級”，屬於小問題，在F-35全速率生產前都可以解決。同時表示，F-35戰機在超音速飛行的時候無非隱身，那是在極端條件下進行測試的偶然情況，基本上在現實當中是不會發生的。那是飛行測試的最高極限，在實戰不可能出現。
同時，洛馬公司認為出問題的是第8批次以前的戰機，而現在新一批次F-35戰機加裝了新型耐熱塗層已經解決了這個問題。美國海軍已經要求必須要提升F-35的速度，因為現在的1.4倍音速太慢，不能快速抵達前方空域，執行攔截任務。
這也是美國空軍和海軍不同的理念，美國空軍相信中距空空導彈遠程殺傷，而美國海軍不相信遠程空戰觀念，他們更追求超音速攔截和近距離格鬥。還有一個問題是，空軍的F-35戰機出問題，隨時可以在基地進行維護保養，而海軍航母在海上需要部署8個月，一旦飛機出毛病，就沒有地方維修了，畢竟航母飛機維護能力很有限。
因此，現在問題主要出現在海軍陸戰隊的F-35B垂直起降戰機和F-35C航母艦載機上。現在F-35戰機面臨著13個一類問題，包括，頭盔顯示器無法引導飛行員在夜間在航母起降，在高壓力峰值的時候，飛行員會出現耳朵和鼻子疼。
而且，50%的F-35戰機無非完成一年戰備8個月的要求，主要是後勤維護能力太差。基地維護部門不太會修復損傷部件。關鍵是不同批次的F-35有39種不同部件組合，這都讓基地維護部門頭疼不已。
