清军之所以难以攻克大小金川，除了与当地之地形、碉楼、气候、土司及番众同心誓死等客观因素紧密相关外，还与乾隆皇帝和清军将领之措置不当，以及兵丁之怯懦等主观因素颇为相关。可以说，清军方面的诸多失误极大阻碍了两次金川战争（特别是第一次金川战争）的进程，甚至影响了战争的结局。那么在这其中乾隆皇帝有哪些失误呢？
乾隆皇帝虽然没御驾亲征，但是他遥握两次金川战争的实际决策权，譬如出兵与否、纳降与否，如何选将调兵、是否增兵增炮等，均由其乾纲独断。是故，乾隆皇帝的相关决策或态度难免会影响战争进程，乃至战争的最终结果。
一、没有采纳庆复的建议
在第一次金川战争爆发前夕，四川总督庆复曾试图奏请不要轻易用兵金川，奏曰：
“臣愚以为金川四面环山，羊肠鸟道，用兵之际馈运艰难，止可令镇将带兵各据要害，仍用以蛮攻蛮之法，使小金川、革事咱、巴旺各伸报仇之心，举戈向相向，又令川西杂谷、梭磨等侵扰其后，我兵既无深入之忧，又可行可止，操之在我，似为得策。”
庆复此前曾督战瞻对之役（乾隆十年六月正式宣战，乾隆十一年五月草草撤兵），深知用兵川西之不易，故指出，与其大肆举兵深入，不如鼓动大金川周边土司环攻之，以为牵制。
应当说，庆复之议较为客观，也具有一定的可行性。然而，乾隆皇帝原本就对瞻对之役草率了局颇为不满，此时又值大金川土司派番人四出侵扰邻封，甚至敢与前往镇压之官兵相抗，这使其大为光火，遂不肯采纳庆复之议，执意出兵大金川。结果，大批清军匆忙卷入一场无谓的山地战争，并为之付出了巨大的代价。
二、急于一雪前耻
乾隆十二年初，乾隆皇帝之所以轻率用兵大金川，既与其急于洗刷瞻对战役之耻有关，又与其盲目轻敌并对大金川番众作战能力和当地环境缺乏应有的认识有关。
乾隆十年三月，驻防台站官兵回营，途遇瞻对“夹坝”抢劫，而下瞻对土司班滚只肯缴出赃物数件，并不查献抢劫之首恶，川陕总督庆复便奏请出兵，而乾隆皇帝同意发兵。始料未及的是，因瞻对土司班衮率众拼死抵抗，清军经一年激战，非但没能“犁庭扫穴、擒获班衮”，反而不得不草草撤兵了事。
此乃乾隆皇帝继位以来首次用兵，结果甚为狼狈。更重要的是，此战处处受阻，几无战绩可言，不仅暴露了清军的诸般积习，而且让瞻对附近之诸土司开始质疑清军的实际战斗力，这使得清廷颜面扫地。
不久，大金川土司多次派人出侵掠邻近土司，大张其势。乾隆皇帝认为，大金川土司如此嚣张，“总因前此瞻对之事办理未善，无所惩创，不足以震摄蛮心”，而且，他还怀疑瞻对土司班衮已逃往大金川，并与大金川土司串通一气，遂决意出兵金川，以为这样办理，一可擒献莎罗奔，以震慑番蛮、永靖边陲，二可抓获班衮，以雪前耻。可惜，事与愿违，清军此番进剿大金川同样遭到各种掣肘，亦没能取得实质性胜利。
三、严重轻敌
乾隆皇帝急于出兵大金川，盲目以为“军前有张广泗一人足资办理”。张广泗则自恃有用兵黔东南苗疆之经验，以为“酋首不日可以殄灭”。因此，他们对进剿大金川的估计均严重脱离实际。这对清军作战极不利。
双方交战不久，大金川土司莎罗奔为保存实力，故意将外围防守之番众撤回勒乌围、噶喇依二官寨附近，以便集中优势力量死守。张广泗因之很快统兵进入大金川腹，便骄傲地以为不久即可擒获莎罗奔。殊不料，莎罗奔早在各险隘处俱设碉卡，并派拨番人据险力守，以致官兵竟无所措手，长期顿兵不前。
至此，张广泗才意识到攻打金川极为不易。乾隆皇帝面对如此窘局，竟传谕张广泗移师向阳平旷地方稍微休息，待来年春暖，再加调官兵，厚集军威，以成一举扫除之计。
显然，此时官兵已进驻大金川腹地，若后遽然后退，此前占领的地方必被番人再行占据，待来年春天再投入战斗，只会更加艰难。就这样，进兵半载，数万大军即陷入前不能进，后不能退的境地。
四、命令前后不一，官兵丧失斗志
面对如此不利战局，乾隆皇帝一时方寸大乱，转而又对用兵大金川一事举棋不定：先提出“绿旗兵丁不足取胜，与其日久而师老，不如选京师旗兵之精锐，一以当十，汰绿旗之闲冗，以省无用之费，益劲旅之资”；随后又谕：“因思彼地邻近西藏，来往之所必经，若即归入西藏，令王子珠尔墨特那木札勒就近管束，受达赖喇嘛化导，其一应钤辖稽查，悉令王子派头目前往经理，以专责成，现有驻藏大臣总辖统率，足资弹压，如此则西炉藏路，俱可永远宁谧，不致劳动官兵。”
通过这些相隔很近却又前后矛盾的谕令不难看出，乾隆皇帝对此次出兵金川既盲目，又底气颇为不足。这样一来，徒令前线将领和官兵丧失斗志，坐待时日，靡费军饷。及至清军撤出大金川前夕，乾隆皇帝不得不承认：“金川用兵一事，朕从前实未悉彼地情形。”
这印证了：未了解敌方实情，便盲目出兵，此乃兵家大忌。 不过，乾隆皇帝并未吸取此前盲目出兵金川且盲目轻敌带来的教训。
五、没有深入了解实际情形，再次出兵
乾隆三十六年，因小金川趁大金川出兵四掠之机攻打沃克什，乾隆皇帝决计再次出兵川西。他先入为主地认为，小金川地势非若大金川之有险可凭，自不难进兵，进而幻想剿灭小金川之后，大金川必闻风畏惧，甚至仅据番人性素贪利，便妄想通过鼓动大金川抢掠小金川财物和人口，以达到速灭小金川之目的。
殊不知，小金川境内亦山多路险，且已占据沃日、瓦寺二司之险隘，并在巴朗山一带修筑碉卡以为阻遏，清军万难长驱直入，更何况大小金川二司本属一家，土司索诺木之姊乃小金川少土司僧格桑之妻，清军大举进剿小金川，大金川土司深知唇亡齿寒，既没有袖手旁观，也没听信清廷利诱而助灭之，反而多次助兵小金川。
乾隆皇帝以为，只要从成都调满洲兵一千名，令铁保带领前往，再从绿营内选派精锐数千，加上土练五千名，办理小金川自属易事；实际上，小金川之实力远在瓦寺、木坪等邻近土司之上，即便是以人多势众著称的三杂谷亦非其劲敌。
可见，乾隆皇帝没有深入考察大小金川土司的实际情形，再次轻率出兵。结果，清廷为之投入近万大军和数十万夫役，耗费上亿两白银，非断没能如预设的那样速灭小金川、震摄大金川，反而卷入一场长达五年的山地战，欲罢不能。
小结：
总之，乾隆皇帝既不太了解对大小金川土司地区的作战环境，也低估了两金川番众誓死保卫本司利益所蕴藏的巨大作战能量，因而盲目轻敌，妄自尊大，以为清廷兵多、炮多、粮饷充裕便可迅速平定弹丸之地的两金川，结果一再遭到重创，而两金川番人则早已从清军瞻对战役中充分了解到官兵之作战特点，并且在清军抵达之前便大肆增修碉卡、城栅、挖掘壕沟，做好了周密的应战准备，遂能“知己知彼，百战不殆”。
