肥料是果樹提高產量和品質的基礎，科學施肥是保證果樹高產、穩產、優質、低成本和防止環境汙染的重要環節。施肥的目的一是提高土壤肥力，保持土壤生產力的可持續性，二是及時補充果樹正常生長髮育所需的營養元素。
一、“三偏”現象
蘋果施肥中普遍存在“施肥種類上偏施氮肥、施肥量上偏多或偏少、施肥時期上偏晚”的“三偏”現象。生產中的盲目施肥具體表現在：
1、肥料品種不適宜、施肥比例不協調、肥料結構不合理，缺乏養分全面、比例合理、質量穩定的果樹專用複合肥。
2、施肥不足和超量並存，較少考慮土壤養分狀況，肥料利用率低。
3、施肥時期不合理，樹體貯藏營養不足，後期脫肥。調查結果顯示，80％果園秋季不施肥，20％果園雖然秋季施肥，但施肥量不足，大量肥料春季“一炮轟”，造成果樹貯藏養分不足，花芽分化質量差，不僅降低肥料利用率，而且由於灌溉和降水造成肥料流失，果實發育後期脫肥嚴重；甚至由於不合理施肥造成的樹勢弱，腐爛病、早期落葉病和蘋果鏽病等大面積發生，侵染病害和生理病害並存，對蘋果產量和品質造成嚴重影響。
4、中、微量元素施用不足，果園土壤普遍缺鋅、缺鐵，缺鈣和缺硼引起的生理性病害嚴重。
養分供應的不合理和比例失調，不僅造成了肥料利用率低，樹體礦質養分供應失衡和樹體的季節性旺長，尤其是將秋施基肥推移至春施，養分不能及時轉化分解被根系吸收，使春梢生長不能及時停止，秋梢生長過旺，直接影響樹體營養積累、花芽形成和果品產量。同時，不合理的施肥加劇了生理病害和侵染病害的發生，特別是過量施用氮肥使樹體抗性降低，誘發腐爛病和白粉病等病害大量發生，嚴重影響蘋果產量和品質以及果實的整齊度。
二、有機質不足
1、有機肥用量不足
西北農林科技大學梁教授等人抽樣調查結果反映，黃土高原區蘋果園有機肥平均施用量為1 850千克／667米²。有21.0％的果園不施有機肥、26.0％的果園用量偏低、28％的果園用量達到標準、25％的果園有機肥施用量較高。農戶施用有機肥的最大數量為7 000千克／667米²，最少為不施有機肥。總體表現有機肥使用量少，大部分果園有機質含量不到1.0％。
2、有機肥時間不當
秋施基肥落不實，多數施用時間偏晚。國家綠色蘋果技術規程中提出，果園土壤有機質含量至少要達到1.5％。在國外，高產蘋果園的有機質含量一般都在5.0％以上，甚至更高。在隴東果園環境條件的特點是：土類為黃綿土、黑壚土、褐土及灰鈣土；土層深厚、土質疏鬆；土壤有機質含量較低，多在1.0％左右；土壤pH值多在7.2～8.5之間，呈中性至弱鹼性；光照足，氣溫高，蒸發量大，降雨量少而分佈不勻。即便是塬區黑壚土果園，其有機質含量也多在0.99％～1.25％之間，在比較重視有機肥施用的果園中有機質含量也不能滿足果樹生長結果的需要。因此，土壤有機質缺乏是蘋果園產量低而不穩、優果率低的主要原因之一。
三、葉面肥不當
葉面肥主要是補充果樹通過根系難以吸收或經濟、快速補充少量高營養價值的肥料，一般主要用於補充鈣、鎂中量元素和硼、鋅、鐵、錳微量元素的葉面肥。但在施用葉面肥的果園中，90％以上主要是補充氮、磷、鉀這些主要通過土壤施用的肥料，而其他葉面肥的使用表現比較盲目。
同時，果園長期清耕、施肥與灌水不能緊密結合，加之產區又長期處在乾旱半乾旱區，土壤長期缺水直接影響到肥料養分的吸收利用，繼而影響到果樹的生長髮育。
