為防止床土傳帶病菌，既應注意田塊的選擇，還應進行床土消毒。床土消毒常用方法有：
(1)用福爾馬林(40％甲醛)消毒，可消滅猝倒病和菌核病病菌。福爾馬林用量：200～300毫升福爾馬林加水25～30千克，可消毒床土1000千克。消毒方法：入床前15～20天。將土堆在露天，噴入上述福爾馬林溶液，充分拌勻後蓋上溼草簾，堆悶2～3天，即可達到消毒目的。然後揭去草簾，經15～20天，待土中福爾馬林氣體散發盡後，即可作床土或配製營養土。為加快氣體散發，可將土弄鬆。如藥味沒有散完，會發生藥害，不能放入苗床內，更不可用來播種。
(2)用抗菌劑40％或50％多菌靈或70％苯來特消毒，每平方米苗床面積，厚7～10釐米的床土，用上述藥劑4～5克，加水溶解後噴灑床土，拌和均勻。加水量依床土溼潤情況而定，以充分發揮藥效。苗床要充分通氣後才能進行播種或移苗。
(3)可按每平方米床面用25％多菌靈20克，加500～1000克幹細土拌勻，撒在床面上，或每立方米老菜園土床土用0．1％的高錳酸鉀液7～10千克噴灑後，用薄膜蓋嚴，悶3～4天，都有一定的殺菌作用。
(4)高溫消毒，夏季高溫季節，把配好的床土放在密閉的大棚或溫室中平攤10釐米厚，使棚室中午的溫度達到60℃，這樣連續7～10天，可消滅床土中部分病菌，如猝倒病、立枯病、黃萎病等。
(1)苗期如果管理得當，播種後出苗較快，一般在播種深度適宜、苗床的溫度和溼度也適宜時，催芽的種子播種3天后開始拱土出苗，7天后可齊苗；幼苗的生長速度適宜，不發生徒長，也不因生長速度太緩慢而延長育苗期或形成小老苗。
(2)正常苗表現為苗莖粗壯、色深、有光澤，節間短，苗莖上下粗細變化自然，不出現上尖下細現象；葉片大小適中，葉厚色深，葉片完整，無病蟲危害，葉片伸展良好，不皺縮或捲曲；子葉完整無損，伸展自然，不捲曲；生長點大而飽滿，心葉色澤鮮豔；門椒花蕾大而飽滿，不畸形；根系發達，側根較多，根色自然，不變色。
(3)播種後發芽出苗整齊，不缺苗；辣椒苗生長整齊，苗高、葉片數、苗莖粗壯程度、花蕾出現節位以及質量等均較為整齊，整齊度好。
