左懋第為人正直，敢於直言進諫。崇禎年間，明王朝已處於窮途末路，矛盾重重、危機四伏，陷入內外交困之中，內有李自成農民軍縱橫半天下，外有清兵屢次入侵，邊防破敗，天災頻仍，三餉加派，竭盡民脂，吏治腐朽，民不聊生。
統治集團內部爭權奪利，最高統治者崇禎皇帝剛愎自用，聽不進正確意見。身為朝廷言官的左懋第憂心如焚，他屢次上疏，針砭時弊，提出救國救民之策，為朝野所矚目。
崇禎十二年（ 1639 年）升遷為戶部給事中，初任諫官，立刻上疏請求朝廷停止三餉加派，在他和其他大臣的苦諫下，
崇禎十三年（ 1640 年）正月，崇禎帝宣佈停徵剿餉，左懋第請求趕快傳達這道聖旨，唯恐遠方的官吏不知道，在之前已經徵收，百姓得不到實惠。崇禎帝都採納了他的意見。
他上書講述了國家的四種弊病：百姓貧困、兵力虛弱、群臣萎靡不振、國家財政空乏。（尖銳指斥民窮、兵弱、臣工推諉、國計虛耗這四種時弊）提醒明王朝加以解決。為減輕勞動人民的負擔，緩和階級矛盾，以有利於鞏固封建統治，較好地進行與崛起於關外的滿族的民族鬥爭
他屢次上書奏請納監、出錢贖罪、廣開財源，行平倉法、監法及減輕賦稅，輸粟邊塞、以充龐大的軍費開支。例如：讓贖罪的人出米贖罪，用鹽制度恢復"開中制度"的老辦法即：想獲得鹽業開發權要輸送糧草給朝廷；讓邊塞的住戶出糧充軍糧。
某日，彗星出現，朝廷下令停用刑罰，懋第請馬上向崇禎帝建議：嚴禁將士剽掠，官府剝削百姓。他還請求散發銅錢、開倉賑濟都城的饑民，收養嬰兒。左懋第疏請崇禎皇帝：立刻通告天下，免得地方依然開徵，小民不得實惠，崇禎帝採納了他的建議。
當年三月，北京大風不止，左懋第又借天變上言，直陳時政缺失。他指出：朝廷雖然數次下詔減兵省餉，但小民卻日困一日。原因在於朝廷免徵，而地方催徵，貪官汙吏藉機中飽私囊。
欲除此弊，必須公開各地徵賦之數，讓小民明白，使貪官無法作奸。停徵的加賦，必須嚴令各地實行，不許各級層層追加，這樣才能使皇帝的恩惠潤澤萬民。
崇禎帝很讚賞他的建議，下令免掉上災七十五州縣新、舊、練三餉，中災六十八州縣新、舊二餉，下災三十八州縣三餉緩徵。
