太守逮捕，并快马奏报朝廷，但二府怯懦畏惧，不敢查办此事，梁冀从这件事后对种暠心怀愤怒。正好碰到巴郡人服直聚集党徒数百人，自称“天王”，种暠与太守应承率兵前去征讨，没有攻克他们，而许多官吏、士卒却被伤害，梁冀因为这件事诬陷他，传诏逮捕种暠、应承。太尉李固上疏援救，说：“臣听说征讨盗贼所受伤害，本来不是种暠、应承的责任，实在是由于县吏畏惧法律，害怕犯罪、压迫，驱赶太深太苦，然后招致这不祥的报应。等到盗贼相聚起来，就此起彼伏处处不绝了。种暠、应承因为首先举报大奸大恶人而紧跟着受罪，臣担心这样会阻碍和挫伤州县官吏的揭发检举的心意，会使他们互相掩饰、隐瞒，不再对朝廷尽心尽意了。”梁太后阅后采纳了李固的奏请，就赦了种暠、应承的罪，仅仅免官而已。
后来凉州羌人发生动乱，朝廷就派种暠为凉州刺史，深得百姓的欢心。当种暠又被朝廷征用调迁时，官吏百姓投书朝廷请求挽留他，梁太后感叹道：“我还没听说过刺史像这样得人心的。”于是准许了凉州官吏百姓的请求。种暠又留任一年之后，迁任汉阳太守，梁州戎夷男男女女相送到汉阳地界，种暠才与他们作揖告别，这样步行千里不能乘车。等到了汉阳郡，教化羌人，禁止侵犯掠夺。后调任出使匈奴的中郎将。当时，辽东的乌桓人反叛朝廷，种暠又转任辽东太守,乌桓人相率望风而服，在辽东边境上迎接种暠赴任。后因事免官而归。
后来司隶校尉举荐种暠为贤良方正，种暠没有就任。又征用为议郎，调迁为南郡太守，后又应召入京任尚书。正遇到匈奴侵犯并、凉二州，汉桓帝擢升种暠担任度辽将军。种暠到军营后，先向匈奴宣扬汉朝廷的恩惠，引诱胡人投降，还有不愿意服从的，就加以征讨。羌人中原来有生口（俘虏）被扣押在郡县作人质的，全部遣散让他们归回。诚心诚意地进行安抚，恩信、赏赐分明，因此羌胡、龟兹、莎车、乌孙等部族都来归服。种暠于是就撤去报警的烽火，废了望哨楼，边境上晏然无事。
种暠入京担任大司农。延熹四年，升迁为司徒。在司徒任上三年，年六十一岁死去。并、凉两州的边民都为他发丧致哀。匈奴听说种暠死了，举国之人都伤心惋惜。匈奴单于每每入朝致贺时，看望种暠坟墓，就哭泣祭祀。
