設施栽培果樹的綜合管理 ，包括栽培方式、土肥水管理、整形修剪、病蟲害防治、生長髮育調節等，多沿用露地模式，缺乏相應的配套技術措施，但仍應注意以下幾方面問題：
(一)為經濟高效的利用設施空間，栽植密度相應加大，適當控制樹體大小。
(二)依據設施環境溼度調節的需要，土壤管理 一般採用清耕制。行間生草或地面覆草會妨礙地溫上升，引起空氣乾燥。為防止發育期溼度大，病蟲發生嚴重，可在花後地面覆蓋，另外果實著色期利用反光膜，可增加著色。由於設施內肥料淋失少，施肥量應比露地減少。設施栽培促進早期萌芽開花與新梢生長，採後枝條易徒長，影響花芽分化。因此應嚴格掌握施肥時期與施肥量，尤其應增加有機肥數量，養根壯樹，增加貯備。同時水的管理應適當減少灌水數量與次數，一般僅在扣棚前後，果實膨大期依需要進行灌水。
(三)果樹設施栽培 ，隔絕了病蟲害傳播途徑，病蟲害大大減輕，可相應減少噴藥次數與數量，為綠色果品生產開闢了新途徑。
(四)由於栽培設施減弱了光照，因此樹體結構與整形修剪方式應加以調整，以改善光照為基本原則，個體的枝葉數量應較露地栽培小，同時注意正確的手法，防止刺激過重，枝梢徒長。
(五)為提高坐果率，多數樹種和品種都應進行人工輔助授粉養根壯樹、提高營養物質的貯藏，同樣可提高坐果率。疏花疏果，以提高果品質量，並減少隔年結果。在一些用日光溫室栽培的早熟桃中，留果密度為：小型果每5~7 cm留一個果，大型果每8~12 cm留-個果。
(六)設施栽培的果品以早熟，不耐貯運、供應期短、淡季供應市場為特點，屬於高檔果品。必須確定適宜的採收時期，精美的包裝方式和科學的保鮮技術。高商品性的果實，必須具有該品種所固有的色、香、味、形最佳的特點。設施栽培的果品以鮮食為主，因此必須適期採收，不能過早也不能過晚。精美的包裝是提高果品商品性的重要手段，是確保果品經濟收益的重要一環。 果品的包裝能使果品保鮮，減少損耗便於貯存和運輸。在設施條件下生產的高商品化果品，為使果品商品標準化便於按質論價，在包裝前必須根據一定的標準進行分級，在實際操作中，可根據當地、當時具體情況適當靈活的掌握。
