慈禧一直在臨死前，腦子都十分清楚，這個《清史稿》有記載，《慈禧光緒病逝記實》也有記載，當慈禧安排溥儀進宮之時，她就知道光緒已經不可能復出了，因為她已經決定了痛下毒手。所以慈禧毒殺光緒，不可能是在神智昏亂情況下做出的，毒殺光緒，是她經過深思熟慮過的決定。
慈禧毒殺光緒，應該出自於以下理由：
(1)身後不留仇敵
慈禧手段的毒辣，這個不需要浪費文字舉證、說明，因為這個人人都相信。以慈禧狠毒霸道的心性，如果她確信光緒對自己十分仇視，那麼僅這一條就足夠讓她在臨死前動殺心了。而光緒恨不恨慈禧，幾乎不需要思考就能回答。
慈禧發動政變，中止了光緒寄予厚望的維新變法，，並將光緒帝幽禁起來，這一幽禁就是十年，這十年，不論是在肉體上還是在精神上的折磨，對光緒都是刻骨難忘的，何況在這十年之中，慈禧並不是讓他安安寧寧的在幽禁之處消磨時間，慈禧有的是折磨光緒的辦法。送給光緒的飯菜多是發餿的，瀛臺的窗戶紙是爛的，連光緒蓋的被子也破舊汙髒。《述庵秘錄》上說在光緒去世後，“有人見其病室中陳列極陋，睡—大床，安段北京泥土火爐，裱糊之壁紙破裂黴爛，蓋下等百姓家所居也。”光緒還要時不時地被慈禧叫去訓斥，尤其在慈禧看戲時，她要叫光緒坐在她的旁邊，一邊看著戲，慈禧一邊拿戲上的人物指桑罵槐，說那個忤逆不孝，應該遭受怎樣的折磨，如此等等。對光緒本人虐待，那還不夠，狠毒的慈禧還要整死光緒最心愛的珍妃，害死珍妃，是慈禧所做的最令人痛恨的事情之一。
光緒皇帝有一後二妃，即隆裕皇后，瑾妃、珍妃。隆裕是慈禧的親侄女，而瑾妃、珍妃倆是同胞姐妹。在這一後二妃中，光緒最為寵愛的是珍妃，珍妃不但長得漂亮，而且性情活潑，興趣廣泛，她喜歡玩，在宮中時而扮成宮女，時而扮成少年，光緒忙碌的時候，她還能協助光緒處理政務。但她的脾氣耿直、性格倔強，因看不慣慈禧的所做所為，偶爾有頂撞的言行。慈禧也看不慣珍妃的活潑好動，另外，光緒不怎麼愛慈禧的侄女，鍾情於珍妃一人，這也讓慈禧非常不滿，慈禧在戊戌政變幽禁了光緒之後，對珍妃也施以杖責，並撤去簪環，將她幽禁在偏僻的鐘粹宮後北三所，下令永不許她再見光緒。但最殘忍的是，在八國聯軍進京，慈禧行將西逃時，竟不許珍妃隨行，下令要她跳井殉國。珍妃被害時，年僅24歲，正是如花似玉的年齡，卻命喪慈禧毒婦之手。在光緒得知珍妃被害時，“悲憤之極，至於戰慄”(黃鴻壽：《清史紀事本末》，第67卷)，“懸妃之舊帳於密室，不時徘徊帳前，飲泣而已。”(王樹枬《德宗遺事》)這是任何一個正常男人都會有的反映，而對慈禧的仇恨，從此刻起，便永世也不會磨滅。
(2)殺心早萌，殺機常在
戊戌政變之後，慈禧就明白，僅僅這個政變，光緒與她之間就沒有了重新和好的可能，所以從那時起，慈禧就一直謀劃著廢黜光緒，這個計劃因種種原因未能實施，慈禧只好先維持現狀，之所以維持現狀，是因為慈禧確信，只要自己活著，光緒就翻不過她的手心，所以她也不急，可以慢慢再想辦法、再等機會。當庚子年八國聯軍進逼北京，清兵屢戰屢敗無力阻止洋兵，慈禧感覺走頭無路，準備自殺時，她就決定不能讓光緒活在世上。此事《景善日記》有記載，其內容如下：
七月十八日，洋人愈逼愈近。裕祿之兵在北倉楊村蔡村等地，大敗三次，裕祿逃入一棺材店，繼而自殺。李秉衡於十四日到河西，務用盡心力，以收集軍隊。而張春發、陳澤霖二人均不願戰，李遂仰藥以死。榮祿入宮，報此消息於太后，君臣相對而泣，皆諸王公及拳匪所釀之禍，使吾國家至於此也。榮祿乃極聰明之人，自此並不表曝己之先見。老佛(即指慈禧)言：出走不如殉國，並令皇帝亦殉之。
這段記載最重要的有兩處，一處是最後一句：“老佛言，出走不如殉國，並令皇帝亦殉之。”就是說，還在此時，慈禧就已經決定，她自己若死的話，決不會留光緒皇帝活在世上。由此可見，殺光緒並不是將死之時的臨時決定，而是一貫方針，就是不許光緒逃脫自己的掌握，自己要死，必將要拉上光緒，不會給他獨自執政的機會。
