一、種蛋的選擇
1、種蛋的來源
種雞群健康、活潑、反應靈敏和無病，所產的種蛋才有較高的孵化率。如果種雞群不健康，特別是種雞有垂直傳播的傳染性疾病（如白痢、傷寒、副傷寒、支原體病、大腸桿菌病白血病和減蛋綜合徵等），可經蛋傳染給雛雞，雛雞就會發病，影響雛雞的生產和生存。所以，凡患有上述疾病的母雞所產種蛋，一律不能作為種蛋入孵。
2、蛋重的選擇
蛋重應符合品種要求和孵化要求，蛋過大、過小都不宜作種蛋。現代種雞入孵蛋重要求在50克以上。
3、蛋形的選擇 雞蛋形狀為卵圓形，蛋形指數在1.30～1.35。常見的畸形蛋有扁形蛋、圓形蛋、兩頭尖的長形蛋、雙黃蛋、無黃蛋、蛋包蛋等。畸形蛋不能用作種蛋，孵化率非常低或無法入孵。
4、蛋殼質量的選擇
蛋殼質地應緻密均勻，厚薄適中為好，過薄、過厚、殼面粗糙，礦物質分佈不均勻及裂紋蛋等都應剔除。
5、蛋殼顏色的選擇
蛋殼顏色應符合本品種的要求。
6、蛋面清潔
入孵的種蛋要清潔。若蛋殼被糞便、灰塵等汙染，這些汙染物不僅會堵塞蛋殼膜氣孔，影響胚胎氣體交換，造成死胎，而且因微生物侵入蛋內進行繁殖而導致胚胎汙染，髒蛋孵化率低，危害大，在種蛋生產中應加以避免和嚴格挑選。
二、種蛋的消毒
種蛋由母雞產出就已被病原微生物等汙染，尤其蛋殼有糞便等其他汙物時，細菌更多，經存放一段時間後，這些微生物還會迅速繁殖，若蛋庫溫度高，溼度大時，微生物繁殖就更快。所以種蛋在保存前和入孵前，都應進行1次嚴格的消毒，以確保種蛋的入孵質量。
1、消毒時間及次數
種蛋保存前消毒時間，最好在種蛋產出後2～3小時進行。每次集蛋完畢應立即消毒，然後入庫保存。據報道，剛產出的蛋，表面細菌數為100～300個，15分鐘後增到500～600個，1小時以後增至4000～5000個，並且有些細菌透過蛋殼上的細孔進入蛋內，嚴重影響孵化率與雛雞質量，因此種蛋不可以在雞舍內過夜。種蛋碼盤後，應在孵化機裡進行第2次消毒；孵化期胚蛋移盤後，在出雛機中進行第3次消毒。另外，可在孵化中期視情況增加消毒次數。
2、消毒方法
種蛋消毒的方法有燻蒸消毒法、藥液噴霧消毒法、藥液浸泡消毒法、紫外線消毒法及臭氧發生器消毒法等，生產中常用的方法是甲醛燻蒸消毒法。
