明洪武十年（1377年），明朝政府在东莞县城附近设立南海卫，以保护边境。
卫是明朝的常备驻兵点，比较有名的如天津卫、威海卫。
一卫通常有前后左右中五个千户所，士兵5600人。
卫所的士兵均为军籍，平时也需要就近取材，自耕自种，以减轻国家军费开支。
南海卫在深圳设有二个千户所，东莞守御千户所（今南头古城）和大鹏守御千户所（大鹏所城）。
深圳周边的原住民基本上是渔民为主，卫所建立后，不允许捕鱼。
这些原住民不当渔民了，基本上都被强征入军籍，遣派到各地服役，很少有继续保留民籍留下的。
千户所驻兵正常编制为1120人，最高官员为正千户，下面有副千户七人，百户十六人，镇抚一人，吏目一人，司吏一个。
东莞守御千户所外围，修筑有六座墩台，分别为岗墩、赤湾墩、伏涌墩、嘴头墩、赤岗墩、鳌湾墩。
现在仅存南山区小南山上的赤湾墩。
墩台即是古代的烽火台，有瞭望和预警的作用。
明朝时，海盗猖獗，沿海每卫所主要是为了对付海盗。
注：这里说海盗不说倭寇，是因为倭寇在字面上理解有狭义，好像专指日本海盗。实际上明朝面对的海盗基本上十之八九是明朝人。如著名的汪直、郑芝龙等。而且在深圳周边，海盗主要是和葡萄牙为主的欧洲人勾结，更是和日本人无关，所以称之为海盗，比倭寇贴切。
明洪武七年（1374年），朝廷下令撤销了自唐朝以来一直存在的，负责海外贸易的福建泉州、浙江明州（宁波）、广东广州三市舶司，中国对外贸易断绝，使很多海商被迫不得不入海为盗。
朱无璋甚至在禁海令中提出‘寸板不许下海’，这就断绝了沿海地区的渔民生路，很多无以谋生的渔民也就跟着成了海盗。
嘉靖年间，东莞南头人何亚八，因生计入海聚众为盗，勾结获得朝廷许准在广东进行有限贸易的葡萄牙人，横行于广东沿海，经常肆意侵扰周边军民。
嘉靖朝海禁政策与大明律对比
嘉靖皇帝是我国历史上海禁执行力度最大的皇帝。
但压迫的越大，反抗也就越大。
因此嘉靖朝各地海盗相互勾结，甚至开始主动攻击明军卫所。
东莞守御千户所千户万里像
嘉靖三十年(1551年)秋，何亚八仗着有葡萄牙人的火器撑腰，主动进攻东莞守御千户所，千户官万里领兵在赤湾墩与何亚八对峙。
由于需分兵留守东莞守御千户所（南头古城），此时万里在小南山的赤湾墩仅有三百多人的兵力。
嘉靖朝的士兵战斗力，与明朝开国时期已经无法可比。
明中期的卫所士兵有地有产，完全没有了一往无前的杀气。
此时海面上，有葡萄牙大型商船八艘，海盗中小船只一百七十余艘，海盗共约六千余人。
双方兵力悬殊巨大。
好在小南山山高坡陡，万里领人居高临下，海盗们无法炮击，攻山数次伤亡惨重。
本来万里以为此次海盗进攻与往次一样，占不到便宜就会撤退。
岂料这次却不同以往，海盗连续攻山五日，毫无退却的意思。
万里命士兵点烽火向周边卫所求援，得到的消息却是各处均在激战无法分兵支援。
原来数月前，何亚八北上与汪直、徐碧溪、方武等多股海盗会面，共同定下了同时攻击浙江、福建、广东沿海卫所，打击明朝守军的计划。
此次何亚八倾巢出动，聚集广东近海周边大小海盗共计七万，同时许以葡萄牙人厚利，同时攻击整个广东沿海的各处卫所。
广东都指挥使司内的告急文书堆积如山，不但紧急抽调清远卫、肇庆卫的士兵就近驰援，同时上报朝廷，请调附近的广西都司、湖广都司调兵增援。
最终赤湾墩在坚守了十六日之后弹尽粮绝，千户万里及所属士兵二百五十四人战死。
此时不远处的大鹏所城战事已经结束。
大鹏守御千户所（大鹏所城）千户李茂材因战功升任南海卫指挥使，领兵来救东莞守御千户所（南头古城）。
在赤湾墩，李茂材击退何亚八，抢回万里尸体。
万里像
此战后，朝廷开始放宽葡萄牙人在澳门的居住权，借此削弱葡萄牙人对何亚八的支持。
嘉靖三十三年(1554年)，失去了葡萄牙人支持的何亚八海盗在台山市广海镇周边海域，被官军消灭。
