1521年繼位的蘇萊曼蘇丹是奧斯曼土耳其帝國最有作為的君主。繼位之初蘇萊曼就組織大軍進攻羅德島，他或許對自己的最終勝利深信不疑，但在戰爭進程中遇到的曲折還是遠超他及左右人的想象。
蘇萊曼之所以首選羅德島為目標，就是希望拔除基督教勢力深深插在穆斯林世界的釘子，同時羅德島也是奧斯曼人擴張到地中海各地的首要障礙。雖然奧斯曼擁有北非的巴巴里海盜，海軍擁有經驗豐富的水手和出眾的操船技術，但陸軍則有不少分散在亞歐兩地。所以一旦需要兵合一處，就逃不過羅德島人的監視和威脅。無論向西入侵匈牙利還是向東進入西亞各地，羅德島都是一個不穩定的因素。所以蘇萊曼決心在自己首次大規模對外用兵中組織更多更精悍的力量。
憑藉東方式戰爭體系的奧斯曼君主只需要一句話就能以最快的速度召集超過十萬的大軍。這樣龐大的軍隊裡，既有穆斯林也有基督徒。優秀騎兵固然很多但，精銳步兵也不少。作為步兵中堅的奧斯曼新軍，其兵源大多來自地方上進貢的基督教男孩，並常年在軍營裡嚴酷訓練。他們不僅是優秀的弓弩手、火槍手和炮兵，土木作業技能也比大部分西方步兵優秀。最明顯的特色是腰間別著一把鏟子。作為攻城先鋒的志願者——炮灰部隊士氣旺盛，這些義勇軍大多武裝很少，幾乎是赤手空拳的衝在隊伍的最前端。沒有非凡的勇氣和宗教的狂熱是不可想象的。但真正的原因還是貧窮，他們都來自國內的赤貧階層並且沒有軍餉，卻承擔著守城方最猛烈的打擊，從而為精銳佔領城牆缺口提供掩護。大部分人都死在壕溝裡或者工事外圍，唯一的希望就是在城破之後跟隨新軍進城掠奪戰利品。
奧斯曼的炮兵質量和數量都稱得上是歐洲之冠。各種專業的攻城炮裡有可以摧毀城牆的巨型青銅炮，也有可以破壞房屋的臼炮，還有專門壓制城牆守軍的小型火炮。在羅德島攻防戰中炮兵起到了決定性作用，然而島嶼的坡度和視野也讓其無法發揮攻克君士坦丁堡的典型戰法，因此也就無法集中火力將防禦薄弱的城牆的一段進行摧毀。
1522年的羅德島騎士團全部兵力為騎士311名和步兵500名以及1000多名修士和水手，專業的守軍合計加起來有1861人。如果再加上戰爭時動員的羅德島男性居民，總共有7000人。此後騎士團的指揮官們就依靠這麼一小支部隊對抗奧斯曼10萬大軍。
1522年7月26日奧斯曼400多艘戰船出現在羅德島附近的海面。由於島上兵力有限，騎士團只能放棄外圍工事退守到羅德島主城堡。奧斯曼先頭部隊登陸並修築了火炮陣地開始轟擊城牆，步兵則通過炮火的煙塵將壕溝向前延伸。
羅德島的城防系統自從騎士團佔島以來幾經改造，大團長亞當通過教皇的關係聘請到意大利頂尖建築設計師加布裡埃利對島上城防進行了升級。文藝復興時期新興的意大利代表著當時西方的最高水平。其典型特徵是為了避免火炮的襲擊而主動降低城牆的高度，並加寬加厚城牆以承受炮彈的攻擊。具有一定斜度的胸牆來防禦炮彈造成的附加損傷。主城牆和城門外的圓堡、十字堡隨處增加了火炮射擊孔和城防炮平臺。羅德島市區的主城牆分為八段由來自八個不同國家的騎士分別看守。雄踞港口的聖尼古拉斯堡是一座武裝良好的稜堡，遮護住城市的北面。城市的主牆外有一道外護牆並且圍繞護牆挖掘了兩道護城溝。
由於守軍兵力實在有限他們不得不封死一部分城門，在主城門外又加築了新的半月堡壘以增強防禦。攻城戰前夕騎士團讓一隊戰士穿上土耳其服飾化妝成奧斯曼人抓了兩個土耳其俘虜回到城中，經過嚴刑拷打騎士團提前得知了圍攻大軍的兵力部署和攻擊重點，並有計劃的安排守軍在重點地段佈防。
奧斯曼人在和威尼斯人的戰鬥中學會了怎麼對付意大利堡壘。其典型戰法是:先在城防炮火射程之外挖掘平行壕溝，然後在預定的火炮陣地前修築木柵欄以防止騎士團的步兵出城擾亂。隨後在炮火的掩護下，工兵們分別向城門方向挖掘墊壕以靠近城門。然而騎士團的炮火極為精準，防禦火力覆蓋到向前掘進的工兵，這讓奧斯曼人傷亡慘重。但奧斯曼人力資源強大，前一批工兵剛剛倒下後一批馬上揮舞著鏟子繼續挖掘。
除了壕溝之外，奧斯曼人還有隱藏在地下的坑道作業。和地表的壕溝相比，這些地下坑道更加安全、隱蔽。騎士團對抗坑道的辦法是:用斜形的坑道製造出地下監聽網絡，一旦發現地下有不同尋常的動靜，就用炸藥予以炸燬或者開掘對進坑道。隨後再挖通反坑道，派部隊殺入進行短兵相接。運用這樣的戰法騎士團摧毀了不下50條奧斯曼軍隊挖掘的坑道，但依然阻止不了後者密集的坑道掘進。9月4日奧斯曼軍隊將坑道挖掘到騎士團英國城牆下，並用炸藥在城牆上五六米的大洞，炮灰兵迅速發起衝鋒佔據了城牆。
少量受過訓練的騎士在單兵素質上具有優勢，卻無法戰勝奧斯曼軍隊數量上的優勢。雖然他們不斷使用反衝鋒這一手段奪取失守的城牆，但越來越多的地雷爆破和城牆缺口卻使得騎士們漸漸支撐不住。奧斯曼的狙擊手也給守軍造成了很大的傷亡。巨大的傷亡也使得奧斯曼軍隊精疲力竭，甚至連蘇丹底下最精銳的近衛軍們也必須要總司令親自派遣督戰隊，並用刀劍壓著進行衝鋒。
雙方一直激戰到10月10日，奧斯曼軍隊才勉強在城牆內穩固了一小塊陣地，對於騎士團來說失去城牆的保護是致命的失敗。而對於奧斯曼軍隊來說適合作戰的秋天已經過去。連綿陰雨讓地面變得泥濘不堪，讓士兵的衣服溼透寒冷。在關鍵時刻年輕的蘇萊曼大帝的決心起到關鍵作用，他拒絕撤退並且在島上臨時修築了一座城堡作為過冬地。這座城堡給騎士團造成士氣上的打擊，他們原本希望冬天能迫使奧斯曼放棄對羅德島的進攻。最終外城被攻破，騎士團被迫退守內城。
對於羅德島被穆斯林圍攻的困境，忙著爭鬥的西方國家並沒有多少人關注遙遠小島上奮戰的一小批騎士。雖然騎士團的求救小船將危急軍情帶到了意大利和西班牙乃至英格蘭的分部，但意大利分部的援軍因缺乏護航艦隊而無法如期抵達。英格蘭騎士們雖然有心殺賊，但艦隊因風暴而葬身大海。
騎士團的西班牙防區被打出巨大的缺口，而且騎士團重要將領和工程師加布裡埃利在觀察敵情時被奧斯曼狙擊手擊斃。不僅僅騎士團痛失大將而且騎士團的火藥和補給開始告罄。騎士團的城市內部出現了巨大的矛盾和不和，城裡有希臘人、西歐人、猶太人等不同種群，這些人對於城外圍攻者的態度完全不一致。有的主張防禦；有的人卻和城外的敵軍通信；有的穆斯林奴隸開始縱火和逃亡到奧斯曼人的軍營給同胞傳遞情報；還有一個一直都在島上充當臥底的猶太醫生用弩箭給城外的敵人發送情報，被騎士團當場破獲。在一波清查內部敵人的運動中，來自伊利比亞的騎士團書記阿瑪拉爾被指控為叛國通敵罪。這無疑進一步打擊了騎士們的士氣和團結。
一個英國醫院騎士的希臘妻子安娜塔西亞認為守城無望，於是殺死了自己的孩子身披亡夫的盔甲殺入敵陣英勇戰死。這為守軍的抵抗蒙上了一層心理陰影。羅德島的末日已經不遠，但蘇萊曼的精力也被漫長的戰爭消耗的差不多了。他的精銳部隊損失慘重，而東方蠢蠢欲動的波斯人不容許他繼續在小島上多浪費時間。12月1日他派出使者去試探騎士團的態度，希望以騎士團的投降來換取戰役的儘快結束。
以艱難、漫長的攻堅戰相比，談判的時間並不長。蘇萊曼開出的條件非常優厚，完全可以保證騎士們的生命和尊嚴，讓他們攜帶財產離開羅德島。羅德島居民在五年內免除一切賦稅，並且不需要改變自己的信仰，也不用將之前的教堂改為清真寺。相比起奧斯曼人在這之前籤的任何一款條約，這的確是前所未有的寬容。自然這也反映了蘇萊曼想結束羅德島戰事的急迫心情。
羅德島的居民也懇求騎士團不要再繼續戰鬥，因為居民遭受的苦難已經到了極限。11月20日以大團長亞當為首的醫院騎士團接受了投降條款，所有騎士徒步出行向蘇萊曼投降。這位年輕的君主第一次大規模戰役終於以勝利的結局畫上了句號。騎士團剩餘的180名騎士經過反覆外交努力，向神聖羅馬帝國申請了一塊貧瘠而狹小的新領地——地中海中心的馬耳他島。
