地球，2089年在某次英國本土的考古發掘中發現的一件外星文明的遺蹟，通過對許多古老文明的考察與對比，科學家伊麗莎白·肖（Noomi Rapace 飾）和查理·赫洛維（Logan Marshall-Green 飾）發現，人類可能是來自一個遙遠星系的外星人創造的。而這個外星種族就是當年在第一部《異形》電影裡出現的異形飛船上的"宇航員"(space jockeys)那個種族。在Weyland公司資助下，他們乘坐維克絲（查理茲·塞隆 Charlize Theron 飾）所掌管的宇宙飛船普羅米修斯號前往那顆未知的星球。經過對當地的考察，地球人的設想成功得到印證。可是他們貿然探查“神的秘密”的行為，也將自己引入萬劫不復的深淵…
普羅米修斯來源於希臘神話，是泰坦神族的神明之一。普羅米修斯幫助人類從奧林匹斯偷取了火，教會了人類使用火，遭到了神的拋棄和懲罰。在本片中，"普羅米修斯"具備了兩大含義:
首先，普羅米修斯是維蘭德-湯谷公司尋找人類起源計劃的名字，也是那艘載著17名船員前往LV-233星球去尋找失落種族"太空騎師"的飛船的名字。一般而言，後世常把普羅米修斯比喻為成全他人而寧願犧牲自己的人，以這個名字來命名科學家們乘坐的飛船，其結局似乎早已命中註定......
另一層意思，普羅米修斯被指帶為那巨大的"太空騎師"(工程師)，並不指代所有，而是片頭那個來到地球，創造了人類的"太空騎師"。他喝下黑色液體，身體裂解進入到河流中，基因產生了人類，人類也就成了工程師的後代，普羅米修斯所要遭受的懲罰也就嫁接到人類的頭上，普羅米修斯的行為讓人類擁有了與神平等使用火的權利，而在這裡，那個工程師的行為產生了與他們DNA相同的人類。
雖然《普羅米修斯》解釋了異形誕生的起因，但本片的故事重心並不是單純的將異形事件的時鐘往回撥了一圈，電影的靈感來源於《異形》中那個巨大“太空騎師”的遺骸，並由此發展出一套與《異形》大相徑庭的故事結構。《普羅米修斯》自創了一個龐大的格局，設定了人類的起源，解答了異形的來歷與作用，深化了《異形》這個系列。
人類為什麼要被毀滅呢？
從片中能看出，工程師製造了一種可怕的生物，準備投放地球，卻因為生物的反噬導致種族的滅亡。但人類為什麼要被毀滅呢？電影沒有說明片頭那個工程師為什麼喝下毒藥讓身體裂解，但結合“普羅米修斯”這個寓意，可以看出，人類的誕生完全是一種意外。在這裡有兩種解釋：
其一，一個被流放於荒蠻地球的工程師的自殺導致這個星球上產生了高等智慧人類，人類是不應該被創造出來的。
其二，工程師為了某種目的，包括改變地球大氣環境以便日後能成為自己種族新的家園，從而培育出一種具有和工程師相同基因結構的實驗體人類，等到工程師種族該佔領地球的時候，人類也就沒什麼存在意義了。就像片中戴維問為什麼製造他，回答是因為人類有這個能力，塞隆也說過我們完全有能力讓你變成一堆廢鐵。基本上指代了創造者與被創造者的關係，其實好比一個玩具，當你有了更高級的玩具，原先的很可能也就沒什麼用了，電影在這裡繞開了“為什麼創造”這個問題，只是強調造物主創造一個東西，是有這個能力而且情理之中，毀掉它也是我說了算，沒有什麼理由。其實無論哪種解釋，或者還有其他解釋，電影沒有給出明確的答案。偷取火種的普羅米修斯製造了人類，而人類註定要受到懲罰，無論如何是要被毀滅的，毀滅人類的方式就是異形這種可怕的生物。
仿生人戴維為什麼要給人類投毒？
戴維是維蘭德公司第一個仿生人，他在片中的地位不僅僅是一個服務於公司的人物，而且橋接了電影的主題，創造者與被創造者之間的關係。
從片中可以看出，仿生人的完美人類外表使得戴維一直在模仿人類，喜歡看人類的電影，模仿《阿拉伯的勞倫斯》中的人物的髮型和臺詞，甚至在不需要呼吸的情況下，仍然要帶上氧氣面具，可以說做到了與人類別無二致的“山寨”效果。但是仿生人卻擁有人類身上無法比擬的特質，他沒有七情六慾，他在所有船員熟睡之際可以偷看他們的夢境，掌握他們的情感信息，就像一個人去動物園，到底是人在看動物還是動物在看人這個問題一樣，這樣就引出了一個創造者與被創造者之間的博弈。
人類可以在創造者工程師滅絕的情況下，來到他們的星球，甚至取得一顆工程師的頭顱來做實驗，而仿生人同樣可以拿創造自己的人類來做實驗。“創造之前必先毀滅”，這是戴維說過的一句話，從這裡我們可以看出，仿生人具有某種“特殊的思想”，他們的外形與人類相同，但卻具有超於人類的學習能力，同時也可以查看人類的夢境，抓住人類的弱點。因此我們可以將那種“特殊的思想”理解為“高於人類的物種”。
仿生人認為自己高於人類而存在，甚至在人類與創造者的對話中，都是通過戴維傳達的。而且工程師甦醒之後，他直接無視人類，而是摸著戴維的頭，彷彿是自己創造者的創造者對自己的越級認可一般。這時戴維露出了笑容，這絕對不是一個機器人所能展現的，從這一點上我們能看出，電影主題的嚴肅性，從工程師到人類，從人類到仿生人，相當於《銀翼殺手》中對複製人的命運思索一樣，創造者是否可以左右被創造者呢？
之，雖然我們不瞭解創造者富翁的過往歷史，但從他短暫的串場中，我們仍然能窺見他許多的內容。從他對“兒子”——塞隆、戴維的描述和創造，可以看出富翁並非從一開始就否定仿生人和普通人類一樣，以某種延續的方式來繼續自我。但最終他在嘗試中喪失了興趣，轉而去尋求永生。那麼所有他創造的仿生人就因而失去了意義，尤其是塞隆，從“人”的幻覺中走出來的，比人類更具有基因優越性的仿生人，在面對個體權利的追逐中會終將會“弒父”！
這是最好的商業科幻片之一，最佳的3d效果。片子在人物刻畫和故事劇情上的交代或許有些不太清晰，但影片在現場給你的視聽和世界觀衝擊足以彌補任何瑕疵！
