重磅！
康普森牛“育芯一号”170K芯片
全新发布！
01 产品介绍
"育芯一号“170k芯片是北京康普森农业科技有限公司在奶牛和肉牛全基因选择准确性和覆盖度提升方面不断探索，开发出的一款针对奶牛、肉牛的高密度SNP分型芯片。
该芯片超过170,000个SNP并均匀覆盖牛全基因组，可更准确地应用到遗传优势评估、全基因组选择育种、比较遗传学、基因挖掘研究等方面。
以往的基因组芯片很多方面已经无法满足我们现阶段的生产育种和科学研究的需求：
- 参考基因组版本大多过于陈旧；
- 经过多年的科学研究科学家们发现的很多新的功能位点亟需纳入到基因组检测当中；
- 芯片设计参考群体多是国外的品种
- 检测时间成本和价格成本较高
02“育芯一号”优势
1、最新参考基因组: UCSC Genome Browser assembly ID: bosTau9
2、更高的覆盖度，SNP平均间距小于16Kb
3、加入了科学家最新的研究成果
4、覆盖重要优良的功能位点的基础上也增加了遗传缺陷的相关基因
5、检测技术更灵活和方便
6、价格更具有优势
7、参考群来自中国的群体，更适合中国牛群
8、可以与之前50K、777K、150K芯片进行很好的填充
9、设计芯片参考群：中国荷斯坦牛（黑白花牛）、荷斯坦牛、娟姗牛、弗莱维赫牛、西门塔尔牛、草原红牛、安格斯牛、新疆褐牛、秦川牛、利木赞牛
03 位点来源和制式
（1）重测序数据：涵盖多个奶牛、肉牛品种，共386个重测序样本，154K位点。
（2）经济性状相关SNP位点，利用已有GWAS 等关联分析研究结果，涵盖产奶、奶质、生长、疾病、繁殖、肉质等经济性状的8KSNP位点。
（3）遗传缺陷相关性SNP位点，2K位点与遗传疾病、致死和流产相关。
（4）纳入了国内和国际最新的研究文献中6K位点。
04部分功能基因列表
名称
SESN2:sestrin 2
AcylCoA:diacylglycerol acyltransferase
Beta casein 118
Beta casein 151
Beta casein 154
Beta casein 322
Beta casein 363
Beta casein 411
Beta casein 500
Kappa casein 92
Kappa casein 342
Kappa casein 352
Kappa casein 373
ATP binding cassette sub family G member 2
Beta lactoglobulin
Diacylglycerol
Growth hormone receptor
Kappa Casein C
Beta casein A2/A3
Kappa Casein GNSC319
ribosomal protein L23a
fructose-bisphosphatase 2
HSF1:heat shock factor 1
C-X-C motif chemokine ligand 8
EEF1D:elongation factor 1-delta
Dilutor
Endothelial PAS domain- containing protein 1
Horned/polled celtic mutation and Frisian haplotypes
Calpain 1 CAPN1_530
Calpastain CAST_282
Calpastain CAST_2870
Calpastain CAST_2959
FactorXI
PLAG1
HDR, HH1, HH2, HH3, HH4, HH5, HHP
Holstein dominant red coat
MC1R_Ed
PMEL17 64G_A
05 遗传缺陷列表
名称
collagen, type II, alpha 1
solute carrier family 39 (zinc transporter)
ectodysplasin A
molybdenum cofactor synthesis 1
sulfite oxidase
mitofusin 2
collagen, type VII, alpha 1
coagulation factor XI
GDNF family receptor alpha 1
glucosidase, alpha; acid
phosphorylase, glycogen, muscle
thyroglobulin
coagulation factor VIII, procoagulant component
hephaestin-like 1
glycine receptor, alpha 1
ceroid-lipofuscinosis, neuronal 5
chloride channel, voltage-sensitive 7
sex determining region Y
isoleucyl-tRNA synthetase
NHL repeat containing 2
ATPase, Ca++ transporting, cardiac muscle, fast twitch 1
mannose receptor, C type 2
RAS guanyl releasing protein 2
flavin containing monooxygenase 3
molybdenum cofactor sulfurase
apoptotic peptidase activating factor 1
structural maintenance of chromosomes 2
phosphoribosylglycinamide formyltransferase
CWC15 spliceosome-associated protein
sex hormone-binding globulin
solute carrier family 37 (glucose-6-phosphate transporter)
BLAD
Crooked tail syndrome CTA_AG
Crooked tail syndrome CTS_C>T
Chediak-Higashi syndrome
SMA_3
Maple syrup urine disease (MSUD)
Citrullinemia
Deficiency of uridine monophosphate synthase (DUMPS)
06 芯片位点分布情况
芯片位点分布图
芯片SNP位点均匀分布，覆盖全染色体组，能很好进行全基因组遗传评估及位点挖掘工作。
群体进化和PCA图
群体进化和PCA图
芯片选取了重测序中质量及多态性高的位点，可以很好的进行群体进化、品种鉴定等研究。
芯片之间填充效果
填充准确度
Genomic Profiler Bovine_150K to 育芯一号 0.978245
育芯一号 to Genomic Profiler Bovine_150K 0.994237
北京康普森农业作为一家专注于畜禽分子育种服务的国家高新技术企业，成立以来一直致力于农业基因组的产业转化，主要服务内容为个性化育种方案制定、畜禽基因组选育、选配策略制定、遗传结构评估、优质品种“基因身份证”开发、功能基因检测等。公司具有基因芯片检测平台和生物信息学分析平台，拥有多年定制芯片和全基因组选育技术应用的项目经验。
目前，公司开发出涉及猪、鸡、牛、羊、犬等物种基因育种和遗传疾病检测的产品和技术共20余项，与中国农业大学、江西农业大学、南京农业大学、北京畜牧兽医研究所、华中农业大学、赤峰家育、北京养猪中心、四川铁骑力士、广西金陵、佛山新广等多家科研院所和企业达成深度合作。公司全线产品真正实现了
不限位点、不限平台、不限样本量、低成本、高准确率的目标，为广大客户提供最优的育种解决方案。
