1、郇山隐修会
自20世纪70年代以来，郇山隐修会一直是许多虚构或者纪实文学作品热衷描写的一个秘密基督教团体。在这些作品中，郇山隐修会被描述成西欧历史上最有影响的秘密组织，或者是现代版的蔷薇十字团。但是，根据目前的研究来看，在很大的程度上，郇山隐修会只是一个虚构的故事。1956年之前，从没有任何文字或者经得起考证的历史材料能够证明郇山隐修会的存在。据传说，该组织成员囊括许多社会名流，如牛顿、雨果和达·芬奇等。
2、共济会
由中世纪的石匠组织发展而来，属于一种秘密结社而非宗教组织，允许成员持有各种宗教信仰。在中世纪，欧洲国家广泛修建教堂，而建筑师和石匠在这项工程中发挥着至关重要的作用。石匠虽是手艺人，却掌握着建筑师所不知道的大量关于石头特性和加工技艺的知识，因此地位相当高，所有参与修建教堂的匠人，只有石匠有资格与建筑师同桌吃饭。石匠作为有知识有力量的一个群体，自然而然地发展出了自己的组织，并形成了后来的共济会。
现在全世界已经有超过600万共济会成员。美国开国元勋中有许多人是共济会员，包括华盛顿、杰斐逊、约翰·汉考克、伊桑·艾伦以及富兰克林等，著名作家马克·吐温和汽车大亨福特，也都是共济会成员。不过共济会的反对者也很多：基督教指责他们另造新神崇拜魔鬼，伊斯兰教指责他们阴谋拆除耶路撒冷的阿克萨清真寺并重建所罗门神庙，而极左和极右的政党也都将其视为眼中钉，声称共济会的目标是建立所谓的新世界秩序进而控制全球政治。
3、圣殿骑士团
中世纪天主教的军事组织，与医院骑士团、条顿骑士团并称三大骑士团。创立于第一次十字军东征之后，由法国贵族Huguens和其它八名骑士建立，以保护来耶路撒冷的欧洲朝圣者。其首领最初驻扎在阿克萨清真寺的一角，该寺位于耶路撒冷圣殿山，传说是建在所罗门王的神殿之上，因此得其团名。1129年，圣殿骑士团得到罗马教廷正式支持，拥有诸多特权，遂迅速增长其规模、势力和财富，甚至发展出最早的银行业。
圣殿骑士团和十字军的命运密切相关。1291年，圣地陷落，他们失去根据地，最终沦为法王腓力四世解决财务问题的牺牲品。1307年，其众多成员在法国被捕，残酷审讯后以异端罪名处以火刑。1312年，教宗克雷芒五世在腓力四世的压力下，宣布解散圣殿骑士团。从此活跃将近两个世纪的宗教军事组织在欧洲主要地区销声匿迹，其悲剧性的结局则催生出许多传说和文学作品。
4、圣约翰骑士团
又名医院骑士团，是三大骑士团之一。1099年由法国贵族Gerard和几名同伴，在耶路撒冷圣约翰教堂的医院里成立的，主要目的是照料伤患和朝圣者，口号是守卫信仰、帮助苦难。其组织和圣殿骑士团相似，但对慈善事业表现更为显著。1187年哈丁战役中，医院骑士团派主力参战，但由于指挥上的失误，基督教军队全军覆没，医院骑士团大团长也战死沙场。之后几百年间逐步演变成马耳他骑士团，并在联合国享有永久观察员的地位。
5、条顿骑士团
又名德意志骑士团，是三大骑士团中最后成立的一个，口号是帮助、救治、守卫。第三次十字军东征时，一些德意志骑士在阿科建立了一个行善的医护组织，后来他们以圣殿骑士团为样板改造为军事修会，执行和医院骑士团一样的教规。在其全盛时期，控制了东西普鲁士和整个波罗的海东岸，包括爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛的大部分地区。1929年，教宗庇护十一世训令，条顿骑士团成为纯宗教修士会，以协助与公益性质存在至今。
6、哥伦布骑士团
成立于1882年，因纪念哥伦布而得名，基地设在美国康州纽黑文。该组织是世界上最大的天主教会志愿者组织，以救助病弱者、残疾人和穷人为荣。其通过致力于教育、慈善、社会福利、战争救助而在美国广播善缘。全球共有170万成员，14000个支部，其中近200个设在大学校园。哥伦布骑士团的成员宗教性极强，内部有着严格的等级制度，但该组织至今仍然拒绝女性成员。美国前总统肯尼迪就是哥伦布骑士团的一员。
7、蔷薇十字团
17世纪初在德国成立并在欧洲流传的，由学者和改革家所组成的秘密社群。该结社是中世纪为了与罗马教皇及教会对抗，实践希腊真正教义而发展起来的。在那段时期，这个结社一直被罗马天主教视为异端，始终没有形成一个合法的组织，因此充满神秘色彩。其成员的目标在于想要成为神秘学知识的通晓者，以“博爱”为尊，把尽快救助重病患者当作责任。
8、光照派
16世纪罗马一些有识之士为了反抗天主教会迫害、与教会进行真理斗争而成立的秘密组织。其主张推翻教会和国家的一切权力机构，恢复原始的自由平等。许多著名的科学家和艺术家都是光照派成员。但随着实力日渐壮大，罗马教廷感受到了极大威胁，他们不容忍一个旨在宣扬科学反对教会的组织存在，于是用残忍的杀戮迫使光照派销声匿迹。但光照派并未消失只是变得更隐秘了，并且已渗入了当今各领域，很多共济会成员都在其中。
9、骷髅会
也被称为死亡社，是世界上最神秘的大学兄弟会，1832年成立于美国耶鲁大学，成员包括不少美国最有权势的人物。该组织每年吸收15名次年就要毕业的高年级学生，并要求他们严守社团秘密。一般受青睐的新成员通常来自与骷髅会有长期关系的家族，会员本人应该精力充沛、足智多谋、有政治野心，最重要的是能够为了社团讳莫如深的“共同目标”放弃独立性。
骷髅会成员不需要对身份保密，美国第27任总统塔夫脱，第41任总统老布什和第43任总统小布什都是骷髅会成员。会员真正要保密的是集会内容和会中仪式。在耶鲁人人都知道骷髅会每周四和周日晚上在一座校园老建筑举行集会，但会外之人却从来不知道会议的内容。早期的骷髅会成员全是男性，但1970年以后，骷髅会决定开始接纳女性为会员，从那以后，骷髅会的会员日益多样化起来。很多人认为骷髅会实际上是操纵美国的幕后力量。
10、洪门
其实这个名字真的很耳熟，但是说不上真正的了解，可能是因为传说众多。关于洪门的起源有众多版本，其中较为流行的一种说法是康熙清剿福建南少林寺，天地会总舵主陈近南，收留了逃出来的洪门大佬司徒美堂五人蔡德忠、方大洪、马超兴、胡德帝、李式开，这就是所谓的“少林五祖”，令其开设天地会的分支机构，即称为洪门。又有一种说法此五人是反清复明的大将，随史可法抵抗清军兵败后成立的洪门。
由于洪门的传说版本众多，各不一致，一种说法就是洪门是天地会（又称红帮、三合会、三点会、三和会等），致公堂是洪门的一个海外分支机构，他们一致的对外称曰天地会或红帮，对内则称洪门。后随着清朝对天地会的镇压，洪门流传到港澳南洋，成为重要的华侨组织。洪门为推翻清王朝的革命作出了巨大的贡献。
辛亥革命领导人之一谭人凤在《社团改进会意见书》中写道：“革命（辛亥革命）之成，实种于二百年于前之洪门会党。”“在运动之初，惟洪门兄弟能守秘密。发动之后，亦惟洪门兄弟能听指挥。”“人无论远近，事无论险夷，人人奋勇，个个当先，卒有武昌起义，各省响应，不数月而共和告成，军队之功，实亦洪门兄弟之功。”
因为是社团，有时候往往因为各种原因，也可能会走入黑道。
1992年7月28日在美国举行第3届世界洪门恳亲大会，经来来自世界各地的100多位代表两天讨论，通过总会章程，宣告成立世界洪门总会。首届会长李志鹏，总会设在美国檀香山。看洪门标语，他们自称Chinese Freemasons“中国自由石匠”，就是中国共济会的意思哦。
11、贝迪鲍利
意为“被保佑的人”，该组织是17世纪意大利兴盛一时的秘密教派。据传，“贝迪鲍利”的成员主要是贵族和知识分子，目的是反对当时残暴的政府。由于他们从事的活动需要保密，所以成员只在夜间活动，并且身穿黑色斗篷、脸蒙面罩以掩盖身份。每当他们找到嫌疑人就会把其带到巴勒莫城的地下庇护所，在那里对嫌疑人进行审理和宣判。尽管人们对贝迪鲍利所知甚少，但许多学者认为该组织最终发展成了西西里黑手党。
12、摩萨德
全称为以色列情报和特殊使命局，由以色列军方于1948年建立，与美国中情局、苏联克格勃、英国军情六处并称世界四大情报组织。在以色列特拉维夫市南端海滨，有一座很不起眼的棕褐色小楼，这就是大名鼎鼎的摩萨德总部。摩萨德的情报眼线几乎遍布敌方的中枢高层，中东5次大战，小小的以色列占尽上风，可以说摩萨德功不可没。自成立以来，摩萨德进行的多次让世界震惊的行动，已使其成为世界谍海上的传奇。
50年代，是摩萨德首先搞到赫鲁晓夫反斯大林的秘密报告，美国公布后震动全球。1966年，它又从伊拉克偷走最先进的米格21战机。1976年摩萨德组织突击队远程奔袭乌干达恩德培机场，成功解救100多名人质，而自己只损失了1人——身先士卒的突击队长约尼上校（内塔尼亚胡的哥哥）。此外，被称为西方“佐尔格”的情报大师科恩也是摩萨德特工。虽然摩萨德的大部分活动都不为人所知，但仅媒体公开的部分就足以令犹太人骄傲。
13、穆斯林兄弟会
1928年由教师哈桑·班纳在埃及伊斯梅利亚创立的。该组织是近代伊斯兰世界出现最早、规模最大、组织最严密的政治团体。他们主张以《古兰经》为基础，恢复伊斯兰原始教义，建立伊斯兰国家，实行伊斯兰法。该组织在很多国家都设立了分会以及教育和医疗机构，影响力已扩散至全球。兄弟会声称，他们的目的是双重的，既要改造灵魂，又要改造社会。本·拉登年轻时就曾是穆斯林兄弟会的一员。
14、克格勃
简称КГБ，即苏联国家安全委员会，是1954年至1991年的苏联情报机构。克格勃的职权范围大致与美国的中央情报局和联邦调查局的反间谍部门相当，以实力和高明而著称于世，在某些方面甚至超过美国。
冷战期间，克格勃的职能过大，涉及苏联国内的所有领域。自东欧剧变、苏联解体后，俄罗斯继承了克格勃的相关机构，但力量已经大为削弱。随着俄罗斯经济实力的逐渐恢复，为应对北约东扩、格鲁吉亚等传统势力范围被蚕食，以及国内分裂势力抬头的新局面，俄罗斯的情报机构开始重新纳入国家安全的重点领域，情报活动也开始活跃起来。众所周知，俄罗斯总统普京就曾是克格勃的一员。
15、黑手党
源于意大利的西西里岛，是当地秘密结社的犯罪组织。黑手党（Mafia）一词起源于1828年复活节前一天的西西里起义。当时一个巴勒莫少女在结婚当天被法国士兵强奸，之后西西里开始了疯狂的报复，他们袭击见到的每一个法国人，并提出消灭法国是意大利的渴求，而Mafia就是这个口号的字母缩写。一百多年来，这些犯罪组织随着意大利裔移民而散布于世界各地，特别是美国东岸。
黑手党在美国的势力，兴起于经济大萧条时期，到20世纪中期达到最强盛。早期由五个最有势力的家族统治（布亚诺家族、科洛博家族、甘比诺家族、杰诺维塞家族及卢切斯家族），后来逐步发展出26个家族。大的家族在一二百人左右，小的则有五六十人，但一般都有数倍以上的合伙人。他们的行动包括了暗杀、非法买卖、妨碍司法公正等。直至七八十年代，随着联邦调查局的一连串调查，才瓦解了他们的势力。
16、中央情报局
美国最大的情报机构，1947年经美国国会通过而成立，取代了之前的战略情报局。其主要任务是公开和秘密地收集、分析关于国外政府、公司和个人在政治、经济、文化、军事、科技领域的情报，并协调其他国内情报机构的活动。中情局为了维护美国的国家利益和国家安全，有时也会组织和策划一些暗杀、爆炸和绑架活动，但主要针对的是与美国为敌的国家。
17、山口组
日本最大的黑帮，成员约3.9万人，占到日本黑帮总人数的70%以上，总部设在兵库县神户市。山口组组员背景可分为三大类，分别为“博徒系”（赌博组织）、“的屋系”（露天摊商组织）以及“愚连队”（不良少年组织）。山口组在日本及海外均有分支，六代目山口组以菱形的“山口”二字为帮徽，而这种菱形的代纹式帮徽，后来被称为“山菱”。
18、比尔德堡团
1954年由美国政治顾问约瑟夫·雷廷格提议，荷兰女王朱丽安娜的丈夫伯恩哈德亲王，创立的一个非正式的国际政治金融寡头组织。成员约130人，大部分是金融界领袖、媒体大亨以及各国政要。该组织每年在欧洲或北美举行一次集会，每次集会的时间和地点都不保密，但媒体和公众无缘靠近会议现场。组织者宣称闭门会议可以让与会者畅所欲言，不必担忧因说错而产生外界动荡。不过这些都为比尔德堡会议增添了些许神秘性。
比尔德堡团对会议的内容从不作任何记录以防外泄。虽然每次的会议日程和与会者名单都被公布在网上，但是没有人宣布为资料的真实性和准确性负责。这种掌握权势的人物关起门来神秘地讨论天下大事的行为，很快得到了世界媒体的注意和广泛批评。据某些阴谋论家的说法，该组织和它内部的精英领导人们，对许多重大变故负有责任，包括推翻某国政府、操纵选举以及密谋暗杀。甚至有人相信这个团体，对美国前总统肯尼迪1963年被谋杀负有责任。
19、罗马俱乐部
罗马俱乐部是关于未来学研究的国际性民间学术团体，也是一个研讨全球问题的全球智囊组织。其宗旨是研究未来的科学技术革命对人类发展的影响，阐明人类面临的主要困难，以引起政策制订者和舆论的注意。目前主要从事有关全球性问题的宣传、预测和研究活动。成立于1968年4月，总部设在意大利罗马。由于它的观点和主张带有浓厚的消极和悲观色彩，被称为 “未来学悲观派”的代表。
罗马俱乐部把它的成员限制在300人以内，以保持其小规模的、松散的国际组织的特点。现有成员一百余名，成员大多是关注人类未来的世界或各国的知名科学家、企业家、经济学家、社会学家、教育家、国际组织高级公务员和政治家等。
这本来是一个科研组织，说他神秘，可能原因是因为他们遭受的批评。外界批评罗马俱乐部具有极端马尔萨斯主义和强烈的精英主义色彩，是欧洲权力精英和美洲盎格鲁精英的联盟。更多的批评指责该俱乐部发表警告的动机，是其左倾政治日程，而非科学事实。阴谋理论家有时把该俱乐部与一些国际阴谋联系到一起，比如“新的世界秩序”。有些人还认为该组织正在谋划推翻美国政府，并把全世界划分成10个“帝国”。
20、有关部门
全球最神秘组织，有关部门。在中国，凡在新闻中涉及到什么调查事项，或者有些事情需要权力部门负责，又或者民众寻求权利救济时就会出现“有关部门”的说法，任你花多大力气也弄不清有关部门到底是谁。有关部门出现得太多，以至于老百姓也有些麻木了，久而久之大家就戏谑称这个有关部门真神秘，哪都有他的事儿，什么时候都可能出现。据说一个名为“全球最神秘的组织，你认为是”的调查中，投票选“有关部门”的高达92%。
