世祖忽必烈於至元十一年（1274年）和至元十八年（1281年），先後兩次發動了東征日本的戰爭。因為第一次東征發生在日本後龜山天皇文永十一年，故日本史稱“文永之役”，第二次東征發生在日本後宇多天皇弘安四年，故日本史稱“弘安之役”，兩次東征被日本合稱為“蒙古襲來”或“元寇”。
第一次東征“文永之役”
“文永之役”的經過
一再的遣使未果終於使得忽必烈惱羞成怒，“朝廷以日本梗化不庭，出師徵之”，忽必烈為了教訓不服天威拒絕入貢來朝的日本，終於決定動用武力，發動了東征日本的戰爭。
至元十一年（1274年）十月，元帥忻都等人率領蒙漢聯軍，高麗都督使金方慶等人率領三翼軍，組成“聯合艦隊”。
至元十一年（1274年）冬十月，東征軍由高麗合浦出發進攻日本。東征軍以強大的攻勢接連攻下了對馬島、一岐島，日本對馬守護代宗助國、一岐守護代平景隆分別以八十騎和百餘騎迎戰，全部戰死。東征軍破島之後，“肆行殺戮，獲婦女以索貫手心，繫於船側”，在日本犯下了屠戮島民的戰爭惡行。日本太宰府收到了對馬、一岐二島失陷的消息，將這一緊急軍情迅速上報了鎌倉幕府和京都朝廷。東征軍的高麗部隊在日本筑前今津登陸，主力部隊在博多灣沿岸的博多、赤坂等地登陸。日本人受到了極大的震撼，發出了緊急動員令，要求地方守護武士按照事先指定的防禦計劃，迅速整備兵馬向博多灣、大宰府等北九州沿岸要地集結迎戰。日本九州的武士，甚至神社佛寺人員都爭先恐後趕赴戰場，與登陸的蒙元東征軍大戰於博多灣。
蒙古“諸將憑高鳴鼓，指揮兵士，進退應鼓聲。敵有陷陣者，則圍而擊之。又發鐵炮，殲敵兵無算”。身經百戰的蒙古將帥的指揮調度能力是日本無法比擬的，東征軍在戰術上使用了非常剋制日本單人單騎衝鋒的集團戰法，而且使用了一種日本人未曾聽聞的新式火器——鐵炮。東征軍在日本戰場上使用的鐵炮是一種震天雷一類的拋射型火器，其主要威力可能不在於直接殺傷，更主要的作用是威懾敵軍心理，然後趁亂殲滅敵軍。
東征軍雖然憑藉戰術和武器方面的明顯優勢，多次挫敗了日本守軍頑強的抵抗，殲敵甚眾，但也逐漸演變成了孤軍深入之勢，士兵疲憊無援，後勤輜重難以得到有效補充，無法乘勝追擊，擴大優勢。在“官軍不整，又矢盡”的不利情況下，東征軍的副元帥劉復亨又中箭墜馬，身負重傷。東征軍士氣受挫，高層將領之間又發生了戰略指揮方面的分歧，為了防備日軍趁夜前來偷襲，主帥忻都選擇全軍撤回船上休整。然而就在當晚，風雨大作，還有不少船隻沉沒和擱淺在日本海岸被日軍俘獲。在一系列損失打擊之下，東征軍再也無心戀戰，最終選擇倉促撤退至高麗合浦。蒙元第一次東征以撤軍而告終，付出了“軍不還者無慮萬三千五百餘人”的代價，損失可謂不小。
“文永之役”的戰後動向
元朝第一次東征日本，意外遭受暴風雨襲擊而突然撤兵，原本惶惶不可終日的日本朝野上下在感到驚異的同時無不歡欣鼓舞，認為這是“神風”的護佑。於是在全國範圍內興起了大規模的拜神活動。“上皇本人曾經連續七天七夜不停地在八幡宮不動明王像前祈禱，而執權北條時宗竟然血書經卷，其他僧俗官民也都虔誠祈神佑國”，其一是為了感謝在神靈的庇佑下擊退了蒙元入侵，其二是為了祈求神靈使蒙元不再入侵日本。估計到蒙元極有可能不會就此善罷甘休，在做好精神層面武裝的同時，相較第一次的準備不足而措手不及，鎌倉幕府開始更加積極備戰，以防備蒙元下一次有可能到來的入侵。鎌倉幕府增加了西日本的防禦部署，並且在博多灣沿岸西起今津，東至箱崎長達十多公里的地帶，修築了一條高約六尺，厚約一丈的石壩，日本人稱之為“元寇防壘”，這條防壘在後來的“弘安之役”防禦元朝東征軍登陸的作戰中果然發揮了巨大的作用。在情報方面，日本同樣沒有放鬆，至元十四年（1277年），“日本遣商人來易銅錢”，元朝方面給與的態度是“許之”，在“文永之役”後僅僅三年日本這一看似普通的貿易活動，在當時緊張的政治空氣下很有可能是以貿易為名入元打探其虛實和動向。
經過了第一次東征，忽必烈本人應該並不認為“文永之役”是一次失敗的戰役，在聽到了回國的東征將領忻都等人“入其國，敗之……虜掠四境而還”之類的報喜不報憂的作戰彙報，他很有可能相信已經達到了威懾日本的目的，日本會改變態度，主動向元朝“通好”。否則將難以解釋忽必烈允許日商貿易以及僅僅過了三個月就迫不及待地再次遣使日本的奇怪之舉。至元十二年（1275年）二月，“復使禮部侍郎杜世忠、兵部郎中何文著、計議官撒都魯丁齋璽書通好於日本，自從至元三年（1266年）元朝開始第一次向日本派遣使者，這還是元朝使者第一次到達日本幕府的所在地鎌倉，但是日本卻是以一種異乎尋常的方式來迎接外賓，以斬殺元朝使臣這樣過激的行為來顯示決不屈服的堅決態度。五位元使的遺骸事後被安葬在鎌倉龍口刑場附近的專為祭祀被處死者亡靈的利生寺（現稱龍口山常立寺），寺內還建有“元使五人冢”。可能是由於日方對消息進行了封鎖，元朝使者被殺這一消息一直到至元十六年（1279年）八月方才被逃歸的使節團隨行高麗水手傳到高麗，至元十七年（1280年）二月才由忽必烈最後得知，這一事件也成為了元朝第二次東征日本，“弘安之役”的直接導火索。
第二次東征“弘安之役”
“弘安之役”的經過
在爭取日本“通好”的諸般努力均告無果，出兵威懾也未能奏效，滿心希望地等待日本臣服卻招來了使者被殺的奇恥大辱，忽必烈的憤怒是可想而知的，他更加執著地決心以武力完全征服日本。至元十七年（1280 年），忽必烈在高麗設置了“徵東行中書省”，（又稱日本行省），“任命了忻都、洪茶丘、范文虎為中書右丞，行中書省事，加封高麗王為開府儀同三司中書左丞行中書省事，希望以朝鮮半島的高麗為跳板，利用高麗臨近日本的地理條件和人力物力財力去攻打日本”。
至元十八年（1281年）正月，忽必烈“命日本行省右丞相阿剌罕、右丞范文虎及忻都、洪茶丘等率十萬人徵日本”。但是東征軍統帥阿拉罕突然病逝，接替指揮的阿塔海又遲遲未能到任,在無人負責的情況下范文虎所帥的江南軍未能按期到達。尚未開戰，先折主帥，給東征日本蒙上了一層陰影。同時,由於日本守軍經受過蒙元的第一次東征，已經有了比較充分的準備，而相較日本，元朝東征軍卻明顯對日本的海防部署缺乏偵查，先期到達的元朝東路軍在進入博多灣之後，發現日本守軍在灘頭陣地修築起了石壩，難以衝灘登陸，“大戰者數矣，船壞糧盡”，戰局十分不利。
東路軍和未等到主帥阿塔海而倉促趕來的江南軍在次能、志賀二島會和後，“舳艫相銜而進，屢為日本人所卻，招討使忽都哈斯等戰沒”。接連的攻勢受挫使得東征軍的士氣變得日益低落，當艦隊移至肥前鷹島時，“見山影沲波，疑暗在海口，不敢近。會青虯見水上，海水作硫黃氣，怪異百出，軍心震駭”。東征軍不僅開始畏縮不前，在日本海域面對海上特殊的自然景觀都變得疑神疑鬼，士氣已然低落到了極點，開始畏縮不前。范文虎與忻都等將領“欲先攻大宰府，遲疑不發”，在異象叢生的海面上停留了一天。八月一日夜間，驟然間颱風大作，在日本海的颱風這樣恐怖的破壞力之下，東征軍“戰船皆破壞終覆沒，左副都元帥阿刺帖木兒以下溺死者無算，流屍隨潮汐入浦口，積如邱陵”，其狀慘不忍睹。危難之下，范文虎等東征軍高級將領拋棄了落海的東征軍將士，各自選擇堅固的好船逃離戰場。東征軍“士卒溺死者大半，其脫者皆壯士也”，殘存在日本的士卒推舉張百戶充任主帥，打算伐木造船逃回國內，但最終還是被日軍趁勢攻滅，大多戰死，餘眾兩三萬人被日軍所俘。日本人將東征軍戰俘押送至八角島，“盡殺蒙古、高麗、漢人，謂新附軍為唐人，不殺而奴之”。是役，元朝東征軍損失十之七八,雖然未必如同“十萬之眾，得還者三人耳”的記載那般嚴重，但是相比第一次東征，第二次東征毫無疑問是一場損失更加慘重，徹頭徹尾的失敗。
“弘安之役”戰後動向
元朝方面，兩次的東征日本失敗，忽必烈並沒有從中吸取教訓而就此作罷，反而一意孤行，堅持籌備第三次的東征。“弘安之役”結束之後的第二年，至元十九年（1282年），雖罷中書省，二月仍遣使往乾山造江南戰船千艘。七月，高麗國王亦請自造船一百五十艘助徵日本。忽必烈積極準備，企圖再次發動東征日本的戰爭,遭到了荼毒最深的江南人民的激烈反抗,即使是朝中大臣也不贊同其計劃，如禮部尚書劉宣上疏諫侵交趾、日本:“近議復置徵東行省,再興日本之師,此役不息,安危系焉。”忽必烈後續的徵日計劃在朝野一致的反對以及全力用兵交趾的情況下，被無限期地擱置。
除了準備再次的東征，元朝在戰後還曾經三次遣使日本，其中元世祖忽必烈兩次，元成宗一次，他們的共同特點是派遣出使日本的人員中均有佛教僧侶的參加，而且是如智、一山這樣的得道高僧。元朝“以其俗尚佛”，希望日本能夠因“佛教文學之化”，“欣心歸附”。最終的結果，元世祖忽必烈兩次遣使，因為各種意外狀況仍然未能到達日本，元成宗派出的高僧一山則直接被扣留在了日本，無法回國覆命。
至此，元朝和日本之間除了民間的經濟和文化交往，官方之間，再無任何來往。至元三十一年（1294 年）正月，元世祖忽必烈駕崩，元朝東征日本的計劃就此徹底終止了。
日本方面，“弘安之役”之後不久，鎌倉幕府再次制定了“異國征伐計劃”，雖然最終仍然沒有付諸實施，這些本用於參與計劃的日本武士開始對高麗沿海地區進行頻繁的搶劫行為，逐漸演變成了日後的“倭寇”，侵擾目標也由高麗擴展到了元朝。
幕府繼續實施認真備戰，防備元朝可能而來的第三次東征。幕府向御家人下達命令：“不準隨意離開九州島、嚴查進出境船隻、禁止外國人赴日、加強沿海防禦”。元成宗大德三年元朝出使日本的高僧一山被日本長期扣留不能返國，即表現出了日本鎌倉幕府對元朝的一種高度戒備的心理。 日本還向元朝派出間諜以刺探軍情。至元十九年（1282 年）九月，“福建宣慰司獲倭國諜者”，同月，“給新附軍賈佑衣糧。佑言為日本國焦元帥壻，知江南造船，遣其來侯動靜，軍馬壓境，願先降附”。這些均表明了戰後日本對元朝進行的情報戰並沒有放鬆。
