尚書一職起源於秦，戰國時亦稱“掌書”，齊秦均置。秦屬九卿（奉常、衛尉、太樸、廷尉、典客、宗正、治慄、內史、少府）之一的少府，為低級官員，在殿中收發文書。尚書與尚冠、尚衣、尚食、尚浴、尚席共稱為六尚。尚書也就是掌管皇帝看書的官職，這個時候品級，職權都是很低的。
漢武帝時組建內外朝，提拔宦官擔任尚書，因系近臣，與皇帝關係緊密，越來越得信任，隨之地位越來越高，逐漸成為了中央的決策中樞。到漢成帝時，改任士人擔任尚書，總領各項政務，尚書令成為了直接為皇帝負責官員之首。魏晉南北朝之後行宰相之任。
三省六部制最先源於東漢的尚書檯，漢成帝時尚書令已集政府大權於一身，這不免會出現專權和腐敗，這也是每一個王朝走向滅亡的一個重要原因。
到三國時期為了限制尚書省的權力形成了中書省和門下省。到隋唐時期逐漸完備。在唐初時期，唐太宗李世民就任過尚書令。
宋元明清時期，宋公元1086年反變法執政，變為三省共同議政，不過這也是為了防止專權，從而到達一種互相牽制的狀態。到元朝時又發展為一省（中書省）六部制。到明時，1380年廢中書省權歸六部(禮部、工部、刑部、吏部、戶部、兵部），六部長官都稱為尚書（從正三品），副長官稱為侍郎（從三品），沿用至清。
六部的職權
吏部：管理文職官員的機關，選拔錄用官員，授策封典。
戶部：掌權全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。
吏部：掌管典禮、科考、學校及藩屬和外國之往來事。
兵部：也就是掌管全國軍衛、軍官選授和一切打仗事宜。類似今天的解放軍總政治部。
刑部：主管全國刑法政令及審核刑名的機構。
工部：管理全國工程事物的機關。
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