清政府對庫頁島的控制並不強，當地的原住民臣服於清朝，每年上供而已。對於這片土地，清政府也沒有放在心上。致使俄國人，日本人的勢力慢慢向庫頁島滲透。
18世紀末19世紀初，俄國人發現了韃靼海峽，發現庫頁島實際上是個孤懸海外的荒島，就開始動歪腦子，想要藉此繞開尼布楚條約的相關界定，把庫頁島劃為無主地。
1806年，俄國船隊在庫頁島南部與日本松前藩的軍隊大戰，俄國勝。並且俄國人發現，清政府對這塊土地沒興趣。明明發生在中國國土的大戰，清政府卻一無所知，這更助長了俄國人的野心，堂而皇之地將其列為無主土地。而日本松前藩早在1644年，為了向德川幕府邀功，進獻《正保御國繪圖》，此地圖中將松前藩尚未完全控制的北海道東北部，以及只有寥寥幾個據點的庫頁島划進自己的領地。
1855年，日俄兩國正式瓜分庫頁島。
1875年，日本用庫頁島南部（北緯50度以南）與俄國交換千島群島。
1905年日俄戰爭結束，日俄簽訂《朴茨茅斯合約》，沙俄割讓庫頁島南部。
1918年-1922年，日本作為協約國的一員，干涉俄國革命，並佔領庫頁島北部。1920年後，協約國軍隊陸續撤去，而日本仍佔領庫頁島，直到1922年，日本在蘇俄的軍事壓力下不得不交出庫頁島北部，恢復到一戰前的邊界。
1945年，日本投降，日本將庫頁島南部，千島群島割讓蘇聯。
日俄之間經過一個多世紀的反覆拉鋸，庫頁島最後到了俄國人手裡。雖然在1860年以前半個多世紀的時間裡，庫頁島名義上為中國領土，但是在島上打破頭的卻是俄國人和日本人。而滿清政府除了定期對島上特定部落收取那點少得可憐的貢賦以外，在島上就幾乎沒有其他活動了，對日俄對島上土地的爭奪也是一無所知。
因此，國際上反而認為薩哈林島（庫頁島）是俄國割日本的土地，而不承認它屬於中國。
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