從元朝被明朝打敗之後，蒙古帝國其他地區的分裂也在繼續。由於阿里不哥和忽必烈展開內鬥，帝國的其他部分也分裂了。中亞這片被遺贈給察合臺的地區成為一個獨立的汗國，並反對忽必烈的統治。這片地區將先後被察合臺的後裔和海都統治。海都是窩闊臺的孫子，也是忽必烈最難對付的對手。同時，拔都死於1255年，他的弟弟別兒哥（1257—1266年在位）在拔都之子撒裡答（1256—1257年在位）以及孫子兀剌赤（1257年在位）的短暫統治之後繼位。別兒哥立刻與旭烈兀開戰。開戰的理由是，別兒哥作為一名皈依伊斯蘭教的穆斯林，由於阿拔斯哈里發國的毀滅而震怒。事實上，更核心的問題是朮赤後裔宣稱擁有中東地區，而旭烈兀此時宣稱此地是他的王國（波斯的伊利汗國）的一部分，與哈里發之死當然毫無關係。旭烈兀和他的繼承者處在一個艱難的位置上，不僅要與後來被稱為“金帳汗國”的朮赤後裔爭鬥，也要與察合臺的後裔爭鬥。此外，金帳汗國與埃及和敘利亞的馬穆魯克蘇丹國結成了聯盟。因此，伊利汗國被敵人包圍，無法與其唯一的盟友忽必烈的元朝建立直接的交通路線。然而，這導致了海路使用率的增加，如馬可·波羅與伊本·白圖泰描述的那樣。
而旭烈兀和他的繼承者承認忽必烈為帝國的大汗，他們自己則使用“伊利汗”（意為從屬之汗）的名號。然而1294年忽必烈去世後，伊利汗繼續使用這一名號，卻不再對他們在東方的堂兄弟表示恭敬。藉助大量波斯文、阿拉伯文、亞美尼亞文以及格魯吉亞文史料，相較於察合臺後裔和朮赤後裔，我們更瞭解伊利汗後裔的歷史。當然，拉施特的《史集》將使我們相信，在合贊汗崛起之前，一切都是混亂而無序的。隨後，合贊汗任命拉施特為其首相，讓一切步入正軌。正如蘭天德所言：“1295年之前的那些年……僅僅是貪婪、無政府而混亂的荒廢的幾十年，通常是被人們忘卻的。”儘管在某些方面，合贊汗的統治或許可以被認為是一個巔峰，但伊利汗國在他即位之前也未曾失控。
與鄰國的戰爭佔據了伊利汗國的大多數時間，特別是與朮赤後裔之間的戰爭。朮赤後裔本著自己理應繼承蒙古人馬蹄所及的極西之地這一理念，要求獲得外高加索地區的牧場和城市。彼得·傑克遜已經證明，事實上，在旭烈兀到達之前，朮赤後裔的確對這一地區擁有某種行政管理權。然而，當旭烈兀出現在這片地區後，在帝國朝廷看來這些權力便失效了，但在朮赤後裔的觀念中卻並非如此。我們有理由相信，旭烈兀在完成蒙古對中東的征服中的任務之一，就是限制朮赤後裔對這一地區的影響，特別是在朮赤之子、拔都之弟別兒哥崛起的情況下。蒙哥似乎不太信任別兒哥，甚至拔都也感覺或許伊斯蘭教影響了別兒哥的蒙古情感。但並非所有學者都同意這一解釋。蘭天德提出了一個誘人的觀點，即旭烈兀的任務之一可能是為自己開創一個王國，包括巴格達、敘利亞和埃及。蒙古人在艾因扎魯特的戰敗以及蒙哥的去世終止了這種可能性。事實上，除了合贊汗在1299年至1300年間對敘利亞的短暫征服，蒙古人在1260年以後從未控制敘利亞，更不必說埃及了。
儘管四處開戰消耗了其大部分的注意力，伊利汗國還是緩慢而平穩地創造了一個理性國家，鑄造併發行新錢幣，與多數歐洲政權交涉以尋求結成對抗馬穆魯克的聯盟，並進行集權統治。包括在必要時改換和強化當地王朝，並偶爾直接實行蒙古統治。而且，伊利汗的後裔開始將他們的軍隊轉變為亦黑塔（或提馬爾）體制，即士兵從封贈的土地上獲得歲入。以前有學者認為，蒙古軍隊變成了定居者並轉變成波斯式的中型或重型裝甲部隊，這是一種誤解。事實上，蒙古軍隊也未接受封地，這並不是亦黑塔的目的。亦黑塔持有者並不“擁有”土地，甚至也不管理土地，他們僅僅接受歲入的一部分。其考慮就是，有了這些土地（無論是農村、市場還是果園）上產出的穩定收入，他們就不太可能去搶掠或讓他們的畜群踐踏農民的田地。而蒙古人則保持遊牧，同時，與他們在朮赤汗國和察合臺汗國的同胞一樣，伊利汗國的蒙古人也皈依了伊斯蘭教，這是他們大部分屬民的宗教。事實上，伊利汗國在合贊汗在位期間接受了伊斯蘭教，從而成為第一個皈依伊斯蘭教的蒙古國家。這次皈依對該地區的非穆斯林有著明顯的影響。基督徒認為，自己至少在蒙古人皈依伊斯蘭教之前是受青睞的，並親歷了日益增多的迫害。佛教和薩滿教的活動也被禁止了。但是，局外人並不認為這一變化十分顯著。歐洲的基督徒仍然試圖讓伊利汗皈依“真正”形式的基督教，尋求奪回聖地的盟友。馬穆魯克政權以及馬穆魯克蘇丹國中的許多宗教學者，例如伊本·泰米葉，仍然視蒙古人為異教徒，相信伊利汗的皈依只是一種策略，蒙古人是披著羊皮的狼。後一個指控確實引出了一個問題，即為什麼蒙古人在中東的炎熱氣候中仍穿著毛皮長袍，儘管這可能也解釋了他們對其他織物的渴求。
無論如何，伊利汗國的皈依嚴重威脅到了馬穆魯克，因為馬穆魯克蘇丹國建立的基礎是幾無間斷的弒君，作為領導性的伊斯蘭王朝而缺乏優越的出身。事實上，伊斯蘭教成為國教後，合贊汗發佈了一份聲明，暗示商人可以在馬穆魯克蘇丹國和伊利汗國之間和平往來。而且，合贊汗宣稱其權力來自神授，這並不是一個新觀念，因為自窩闊臺時代起蒙古人就如此宣稱，但此時這一觀念以伊斯蘭教的方式表達，就可能暗中顛覆對馬穆魯克的支持。馬穆魯克認為這是巨大的威脅，甚至偽造書信暗示伊利汗的皈依是謊言有趣的是，同樣的爭辯者對馬穆魯克與朮赤汗國之間的關係卻禮貌地保持了沉默，朮赤汗國也有一些穆斯林，但後來才全體皈依伊斯蘭教。
