扁桃體由淋巴組織及正常發育中的各期淋巴細胞所組成。
表面有8~20個隱窩，繫上皮移行扁桃體內形成複雜樹枝狀的盲管系統，藉以擴大上皮的覆蓋面積，擴大對抗原的接觸面。隱窩周圍有許多淋巴小結(濾泡),含有較大的生髮中心及不同功能期的淋巴細胞，為次發性小結(次級淋巴小結)。
因此種生發中心在出生時或某些免疫缺陷病兒是沒有的,所以扁桃體亦很小，受外界抗原的作用和影響，才出現生髮中心並迅速增多。
扁桃體不是一般的淋巴上皮結構，而是淋巴與上皮共生組織，在遭受抗原刺激後，淋巴細胞(B細胞)即變成漿母細胞、產生漿細胞、抗體及記憶細胞,引起局部及全身免疫反應。
扁桃體屬中樞免疫器官,還是周圍免疫器官？
從淋巴與上皮共生這點來看,扁桃體屬中樞免疫器官;但從生髮中心、漿細胞及抗體等周圍性結構來看,它列入周圍免疫器官。
扁桃體隱窩為盲管,其壁無肌肉組織,缺乏蠕動能力。盲管內又無腺體，故無排出能力。隱窩內有脫落上皮、角蛋白碎屑、粘液腺及少量淋巴細胞，由於溫度、溼度及營養成分適宜，並經常與外界接觸，易有細菌在隱窩內繁殖。
因此，扁桃體中的淋巴細胞比全身其他部位的淋巴細胞有更多接觸抗原的機會(接觸抗原的淋巴細胞一部分在生髮中心演化,引起局部免疫反應，一部分循淋巴管輸向全身,引起全身淋巴組織的免疫反應)。
細菌、病毒或異物等抗原物質進人後可使T細胞致敏,與致敏T細胞結合後能直接殺傷再次進人的抗原或帶有抗原的靶細胞，也可釋放淋巴因子，使吞噬細胞團聚在病灶部位把病菌吞噬消滅。激活的T細胞再激活B細胞,部分B細胞可直接由抗原激活，在再次抗原刺激下演化成漿細胞，產生大量抗體，包括免疫球蛋白G、免疫球蛋白M和免疫球蛋白A等。扁桃體產生的IgA是由粘膜中漿細胞產生的,屬分泌型IgA,與血清中IgA結構相似,但殺菌能力要強得多,並能增強蛋白分解酶的溶菌和溶病毒作用。
部分患者,尤其是小兒，扁桃體在長期炎症刺激下功能失常而轉化為對機體有害的“病灶”,風溼病、腎炎、牛皮癬、某些心臟病、虹膜睫狀體炎的發生大都與扁桃體炎有關。
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