辣椒烂杆是保护地辣椒生产中面临的一个重要问题。对辣椒的生产影响极大。严重时会导致辣椒大量死棵。据观察，辣椒烂杆主要由以下三种病害引起。
01辣椒软腐病
通过灌溉水或雨水飞溅使病菌从伤口侵入，又可通过烟青虫及风雨传播。田间低洼易涝，钻蛀性害虫多或连阴雨天气多、湿度大易流行。病果初生水浸状暗绿色斑，后变褐软腐，具恶臭味，内部果肉腐烂，果皮变白，整个果实失水后干缩，挂在枝蔓上，稍遇外力即脱落。
防治方法：
(1)实行与非茄科及十字花科蔬菜进行2年以上轮作。
(2)及时清洁田园，尤其要把病果清除带出田外烧毁或深埋。
(3)培育壮苗，适时定植，合理密植。雨季及时排水，尤其下水头不要积水；
(4)保护地栽培要加强放风，防止棚内湿度过高。
(5)及时喷洒杀虫剂防治烟青虫等蛀果害虫。
02疫病
辣（甜）椒疫病主要为害叶片、果实和茎，特别是茎基部最易发生。幼苗期发病，多从茎基部开始染病，病部出现水渍状软腐，病斑暗绿色，病部以上倒伏。染病幼苗茎基部呈水浸状软腐，致上部倒伏，多呈暗绿色，最后猝倒或立枯状死亡；定植后叶部染病，产生暗绿色病斑，叶片软腐脱落；茎染病亦产生暗绿色病斑，引起软腐或茎枝倒折，湿度大时病部可见白霉；花蕾被害迅速变褐脱落；果实发病，多从蒂部或果缝处开始，初为暗绿色水渍状不规则形病斑，很快扩展至整个果实，呈灰绿色，果肉软腐，病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果。辣椒疫病对产量、品质影响极大，严重时减产50%以上。
防治方法：
（1）实行轮作、深翻改土，结合深翻，土壤喷施“免深耕”调理剂，增施有机肥料、磷钾肥和微肥，适量施用氮肥，改善土壤结构，提高保肥保水性能，促进根系发达，植株健壮。（2）选用抗病品种；种子严格消毒，培育无菌壮苗；定植前7天和当天，分别细致喷洒两次植物生长调节剂和保护剂，做到净苗入室，减少病害发生。
（3）栽植前实行火烧土壤、高温焖室，铲除室内残留病菌，栽植以后，严格实行封闭型管理，防止外来病菌侵入和互相传播病害。
（4）结合根外追肥和防治其它病虫害，提高番茄植株自身的适应性和抗逆性，提高光合效率，促进植株健壮。
（5）增施二氧化碳气肥，搞好肥水管理，调控好植株营养生长与生殖生长的关系，促进植株健壮长势，提高营养水平，增强抗病能力。
（6）全面覆盖地膜，加强通气，调节好温室的温度与空气相对湿度，使温度白天维持在25－30℃，夜晚维持在14－18℃，空气相对湿度控制在70%以下，以利于辣椒正常的生长发育，不利于病害的侵染发展，达到防治病害之目的。
03菌核病
苗期发病在茎基部呈水渍状病斑，以后病斑变浅褐色，环绕茎一周，湿度大时病部易腐烂，无臭味，干燥条件下病部呈灰白色，病苗立枯而死。
成株期主要发生在主茎或侧枝的分杈处，病斑环绕分杈处，表皮呈灰，白色，从发病分衩处向上的叶片青萎，剥开分杈处，内部往往有鼠粪状的小菌核。果实染病，往往从脐部开始呈水渍状湿腐，逐步向果蒂扩展至整果腐烂，湿度大时果表长出白色菌丝团。
(1)与禾本科作物实行3～5年轮作。
(2)及时深翻，覆盖地膜，防止菌核萌发出土。对已出土的子囊盘要及时铲除，严防蔓延。
(3)进行土壤消毒。
(4)使用哈茨木霉菌拌种。
霉菌拌种。
（5）及时摘除病叶、病果、病枝等。
（6）病重时，也可采用先熏棚，次日再喷雾的方法。
