經過靖難之役的磨難，朱棣終於於建文四年（1402年）在南京奉天殿修成正果，登上了期望已久的龍椅，完成了生平第一個大願。由於朱棣藩王時期，長年鎮守於北平，是以他對自己這個“龍興之地”非常的有感情。同年12月18日，朱棣下詔賦予了北平“北京”的稱號，同時宣佈將首都遷往自己的“龍興之地”。第二年的二月，又將北平改名應天府，“北京”的稱呼又一次被更改了，這一次的定位是“行在”。
朱棣
元末時期，由於北平常年處於戰事的第一線，北平的破壞是相當嚴重的，要想遷都，就必須對北平進行大規模的重建，這都需要時間。還有一個重要問題就是，北平的良田緊缺，遷都之後必定人口暴增，本就難以自給的糧食問題將更加凸顯出來。而為了解決糧食問題，就必須從南方富足之地運來，這樣無疑大幅增加人力、物力、財力的消耗。對於剛經過戰爭的朝廷，這筆開支短期內是無法解決的，是以，朱棣明明有立即進行遷都事宜。
朱棣元年（1403年），朱棣命人將直隸、江蘇的百姓適當的遷入北京，增加北京的生氣。並且還要長江沿岸各省督造大型船隻200艘，用以向北京地區運送糧食。解決了人口糧食問題之後，就要解決管理問題了，隨後朱棣又在北京設立了管理機構，“行在六部”，完整的一套行政班子在北京落地生根，負責北京事宜。永樂五年，物資的籌備工作準備就緒，北京城的修建工作正式拉開了帷幕。
北京城
對於這樣關乎朝廷的大事，朱棣是十分的重視的。他曾於永樂七年、十一年、十五年三次親臨北京，對北京的工程進行視察。更是在還未遷都北京，甚至北京都還沒有建設完畢之際，就將永樂十三年的科舉考試交由“行在禮部”負責。這次事件標誌著，北京的六部將陸續行使自己的權責了，北京開始了他真正意義上的首都使命。
永樂十八年九月，朱棣下詔，次年正月開始，北京正式稱為“京師”。而南京的所有行政機構前面都要加上“南京”二字，以作區處，同年11月，聲勢浩大的遷都隊伍揮別南京。第二年正月，朱棣在北京的大殿裡接受了百官的朝賀，這也就意味著北京的“京師”之名是名實相副了，南京則正式成為陪都。
朱棣遷都蠟像
但好事多磨，僅僅過了四個多月，北京新建的奉天、華蓋、謹身三殿就遭受了莫名的火災。這正好成了不願遷都的大臣們的口實，他們認為朱棣遷都之舉違拗了上天，火災是上天對朱棣的懲罰，併力勸朱棣還都南京。朱棣大怒，將諫言之人斬首示眾，以儆效尤，從此明面上沒有人再敢提還都之事，但背地裡卻是感慨：諸多的矛盾都是由遷都遠離經濟重地所帶來的連鎖反應。
永樂22年，名成祖朱棣去世，他的屍骨未寒，因諫言還都南京而獲罪的原戶部尚書夏原吉就被新皇帝赦免了大罪。剛剛獲得自由的夏原吉就將還都南京這件舊事重提，以此來緩解漕運所帶來的經濟壓力，緩解朝廷諸多矛盾。數日後，太子朱高熾繼位，是為“明仁宗”。仁宗皇帝繼位之初就緊急叫停了成祖時期耗資巨大的鄭和下西洋的項目，並停了諸多建設材料的採買工作。整個太子生涯都是在南京度過的仁宗皇帝，是傾向於還都南京的，而在眾大臣的一次次諫言中，他還都的意願日堅，那裡畢竟是他的“龍興之地”。
南京城復原圖
更重要是，登上龍位的朱高熾逐漸看明白了遷都北京的諸多弊端。於是，洪熙元年（1425年）3月，仁宗皇帝宣佈將北京再次改為“行在”，南京又一次成了明朝的首都。並且立馬派人對南京進行修葺，讓太子留守南京監國，以此行動表達還都南京的決心。
然而，世事無常，正當仁宗皇帝準備大展抱負之際，一場疾病卻是要了他的命。即使是在彌留之際，仁宗皇帝也沒有忘記還都之事，他下詔要求新君和大臣們完成他的這一未遂心願。但是繼位之君卻對還都南京之事心存顧忌，因為仁宗在位時期，南京的地震就比以前頻繁了許多，這樣的變故不僅是新君朱瞻基有所顧忌，就是以前支持還都的大臣們也產生了強烈的恐懼。這些變故還是在朱瞻基在南京做太子的時候發生的，給他的心裡留下了不可逆轉的陰影，如果再去南京，無疑是和死神比鄰而居。
《行樂圖》局部
從以前的各種數據來判定南京做首都應該是最佳選擇，但隨著地震的增加，再讓南京做首都的選擇就值得商榷了，隨著時間的推移，北京作為首都開始慢慢被人們所接受了。但是遺命在身的朱瞻基對還都之事也是不敢怠慢的，但由於對南京產生了恐懼心理，他就以南京地震頻發為由，常年留在北京辦公。
宣德三年（1428年），北京的六部職責又被重新恢復起來，加上皇帝常年都在北京，所以北京又回到了有實無名的首都時代。此時的朱瞻基既不想還都南京，又想留下孝順的美名，所以他就長期保留了北京“行在”的地位。他的考慮也是有道理的，這都已經遷都北京好幾年了，再遷回去就又要耗費大量的人力物力，更重要的是蒙古早就虎視眈眈了，再由於遷都引發外敵，那就得不償失了。有了這樣“充分”的理由，朱瞻基直到駕崩也沒有回南京的打算。
土木堡之變
宣德十年，年僅9歲的朱祁鎮繼位，由散楊輔政。三人處於政權穩定的考慮，並沒有遷都的打算。而九歲的小皇帝更是沒有其祖先那樣的魄力，遷都也就被擱置了下來。到了正統六年，15歲的英宗朱祁鎮恢復了北京首都的地位。
至此，4代皇帝歷時74年的兩京“首都”之爭就此落幕。明朝真正開始了北京的發展之旅，北京也見證了明朝的興衰歷程。
