明初四大案中，如果說空印案與郭桓案主要針對貪腐官員，是以整頓吏治為目的，那麼胡惟庸案與藍玉案則針對功勳貴族階層，通過大肆誅殺開國功臣，將一切對朱明王朝統治有威脅的不穩定因素消滅乾淨。
藍玉作為洪武一朝的著名將領，一生跟隨朱元璋南征北戰，立下赫赫戰功，深得朱元璋欣賞。公元1398年，藍玉奉命率領15萬大軍北伐北元，在捕魚兒海一役中大破北元軍隊，俘獲皇室成員達官貴人三千餘人，男女七萬餘人，牲畜十五萬餘頭，焚燬大量軍備物資，而明軍卻損失極小，據說是“不費寸兵，以收其效”。
經此一役，北元再也無力與大明抗衡，藍玉也因此名聲大震。隨後幾年，藍玉又南征雲南，平定叛亂，可謂是戰功顯赫。
然而藍玉居功自傲，驕橫跋扈，他“多畜莊奴假子，乘勢暴橫。霸佔東昌民田，御史按問，逐御史”。甚至在一次北征歸來，因天色已晚，關門關閉，守衛因沒有接到命令沒有開門，藍玉便將關門拆了，擅自闖入關內。朱元璋得知此事後，愈發對藍玉感到不滿。
公元1393年，有人在早朝即將結束之時，控告藍玉謀反，說藍玉與景川侯曹震等企圖趁朱元璋出宮舉行“籍田”儀式時，發動兵變。藍玉當場被逮捕。一天後，朱元璋下令處死藍玉，並夷滅三族，隨著案件的擴大化，近兩萬人被牽連誅殺。
藍玉被殺，原因有很多，最重要的還是以下兩點：
政治需要
藍玉作為太子朱標的親信，是朱元璋為朱標打造的武將團體成員之一。因此，當太子朱標在世時，朱元璋尚能對藍玉百般容忍。當太子朱標去世之後，藍玉卻未能看清形勢變化，仍然囂張跋扈，朱元璋擔心皇太孫朱允炆日後駕馭不了藍玉，便對藍玉起了殺心。
驕橫跋扈
有句話說的好，性格決定命運。藍玉的悲劇，很長程度上是由他自身性格決定的。藍玉自恃軍功卓絕，恃寵而驕。雖然朱元璋暗中敲打過很多次，但藍玉仍然我行我素，絲毫不知收斂。朱元璋封藍玉為太子太傅之時，藍玉甚至嫌官銜太小，抱怨說我不能做太師嗎？藍玉不僅在朝中目中無人，在軍內更是大力培植親信，這無疑觸犯到了朱元璋的逆鱗。
雖然藍玉軍事素養非常卓越，但他的政治直覺太過低下，可以說藍玉就是那種自恃悍勇而不服管教的人。按照藍玉的性格特點，即便他不謀反，最終也會被朱元璋所不容，難逃被殺這個結局。
如果說胡惟庸案後，相權對皇權的威脅得到解決，那麼藍玉案後，將權對皇權的威脅也得到了解決。
通過這兩輪大清洗，大明王朝的功勳貴族差不多已經死傷殆盡，朱元璋也基本上實現了掃除大明王朝內部威脅的目的。
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