曼可·印加的不妥協態度，使得印加地區的和平遙遙無期，他再次發動了大規模的起義。皮薩羅兄弟不得不發動持續的鎮壓行動，戰爭曠日持久，也越來越殘酷。西班牙人難以分辨誰是反抗者，所以，他們見人就殺，幾乎沒有軍人和平民的界限。戰爭釋放了人性的所有的獸性，他們所到之處，焚燒房屋，奪取金銀、糧食、強佔良家婦女，無惡不作。
對於弗朗西斯科·皮薩羅來說，相比曼可的反抗活動，還有一件事是他更加放心不下的。那就是，他們處決阿爾馬格羅的事，並未得到西班牙國王的授權。按照西班牙的法律，這樣私刑處死國王欽命的總督，是絕對不合法的。埃爾南多在庫斯科按照西班牙帝國的法律程序所進行的審判，能否得到國王的承認，對於皮薩羅兄弟的前途是至關重要的。
查理五世
查理五世
三兄弟討論再三，弗朗西斯科·皮薩羅最終決定派埃爾南多回西班牙國王彙報審判的細節。因為，埃爾南多在西班牙的人緣不太好，國王如果聽信了讒言，怪罪於埃爾南多，那麼皮薩羅家族的命運就岌岌可危了。弗朗西斯科·皮薩羅給國王寫了一份詳盡的報告，講述了曼可圍城期間埃爾南多保衛庫斯科的不可思議的英勇事蹟，以及阿爾馬格羅陰謀進行分裂活動，製造西班牙軍隊內戰的劣跡。同時，他讓埃爾南多帶上大批的金銀作為獻給國王的禮物。所有這一切，都是希望國王能夠理解他們處死阿爾馬格羅的決定是不得已的。埃爾南多在啟程前叮囑大哥，要小心軍中的阿爾馬格羅派，這些人來到南美后，沒有得到先來者所擁有的地位和財富，加上首領阿爾馬格羅被處死，心中憤憤不平，一定會尋機造反。
埃爾南多走後，貢薩洛·皮薩羅開始組織新的行動，以消滅曼可·印加。他們得到探子的報告，曼可藏在東部山區，得到會使用弓箭的安蒂人的保護。貢薩洛對待印加人殘酷無情，曼可的起義與他有直接關係，因為他霸佔曼可的王后才直接引發了這場曠日持久的戰爭。作為最年輕的皮薩羅，他相信武力，他認為，只要殺死曼可，就可以平息叛亂。有三百名西班牙騎兵參加這次行動，另外還有投靠了西班牙的曼可的兄弟帕魯·印加。帕魯也集結了一支大軍來協助西班牙人，他這樣做，是希望在西班牙人的支持下取代曼可成為新的印加國王。只要曼可不死，他的地位就是不鞏固的。另外，還有一個原因使他站在西班牙人一邊，他相信，西班牙人在這場戰爭中遲早會取得勝利，曼可的反抗是徒勞的。於是，帕魯一直努力適應西班牙人的生活方式，比如各種歐洲服裝，還有天主教。
貢薩洛和帕魯的大隊人馬進入了東部山區，那裡山高林密，地勢險峻。他們來到一個狹窄的河谷前，在那裡中了曼可的埋伏，曼可用懸崖上的巨石陣來迎接客人，有36名西班牙士兵陣亡了。
貢薩洛試圖和曼可講和，但曼可卻把他派去的使者殺了。貢薩洛只好發動強攻，但無法突破曼可修建的堅固的壁壘。於是，他派人繞道爬上峭壁上的制高點，用火繩槍向曼可的營壘射擊。曼可終於頂不住了，在安蒂人的保護下逃之夭夭，並消失在大山深處。
安第斯山區
