曼可·印加的不妥协态度，使得印加地区的和平遥遥无期，他再次发动了大规模的起义。皮萨罗兄弟不得不发动持续的镇压行动，战争旷日持久，也越来越残酷。西班牙人难以分辨谁是反抗者，所以，他们见人就杀，几乎没有军人和平民的界限。战争释放了人性的所有的兽性，他们所到之处，焚烧房屋，夺取金银、粮食、强占良家妇女，无恶不作。
对于弗朗西斯科·皮萨罗来说，相比曼可的反抗活动，还有一件事是他更加放心不下的。那就是，他们处决阿尔马格罗的事，并未得到西班牙国王的授权。按照西班牙的法律，这样私刑处死国王钦命的总督，是绝对不合法的。埃尔南多在库斯科按照西班牙帝国的法律程序所进行的审判，能否得到国王的承认，对于皮萨罗兄弟的前途是至关重要的。
查理五世
查理五世
三兄弟讨论再三，弗朗西斯科·皮萨罗最终决定派埃尔南多回西班牙国王汇报审判的细节。因为，埃尔南多在西班牙的人缘不太好，国王如果听信了谗言，怪罪于埃尔南多，那么皮萨罗家族的命运就岌岌可危了。弗朗西斯科·皮萨罗给国王写了一份详尽的报告，讲述了曼可围城期间埃尔南多保卫库斯科的不可思议的英勇事迹，以及阿尔马格罗阴谋进行分裂活动，制造西班牙军队内战的劣迹。同时，他让埃尔南多带上大批的金银作为献给国王的礼物。所有这一切，都是希望国王能够理解他们处死阿尔马格罗的决定是不得已的。埃尔南多在启程前叮嘱大哥，要小心军中的阿尔马格罗派，这些人来到南美后，没有得到先来者所拥有的地位和财富，加上首领阿尔马格罗被处死，心中愤愤不平，一定会寻机造反。
埃尔南多走后，贡萨洛·皮萨罗开始组织新的行动，以消灭曼可·印加。他们得到探子的报告，曼可藏在东部山区，得到会使用弓箭的安蒂人的保护。贡萨洛对待印加人残酷无情，曼可的起义与他有直接关系，因为他霸占曼可的王后才直接引发了这场旷日持久的战争。作为最年轻的皮萨罗，他相信武力，他认为，只要杀死曼可，就可以平息叛乱。有三百名西班牙骑兵参加这次行动，另外还有投靠了西班牙的曼可的兄弟帕鲁·印加。帕鲁也集结了一支大军来协助西班牙人，他这样做，是希望在西班牙人的支持下取代曼可成为新的印加国王。只要曼可不死，他的地位就是不巩固的。另外，还有一个原因使他站在西班牙人一边，他相信，西班牙人在这场战争中迟早会取得胜利，曼可的反抗是徒劳的。于是，帕鲁一直努力适应西班牙人的生活方式，比如各种欧洲服装，还有天主教。
贡萨洛和帕鲁的大队人马进入了东部山区，那里山高林密，地势险峻。他们来到一个狭窄的河谷前，在那里中了曼可的埋伏，曼可用悬崖上的巨石阵来迎接客人，有36名西班牙士兵阵亡了。
贡萨洛试图和曼可讲和，但曼可却把他派去的使者杀了。贡萨洛只好发动强攻，但无法突破曼可修建的坚固的壁垒。于是，他派人绕道爬上峭壁上的制高点，用火绳枪向曼可的营垒射击。曼可终于顶不住了，在安蒂人的保护下逃之夭夭，并消失在大山深处。
安第斯山区
