公元184年，黃巾起義爆發，腐朽的朝廷根本無力平叛，在黃巾軍衝擊下，岌岌可危的東漢王朝決定飲鴆止渴，下令各郡自行募兵守備，雖成功鎮壓了黃巾起義，但卻使地方州郡長官擁兵自重。公元188年，劉焉謂四方多事，原因在刺史權輕。遂改部分刺史為州牧，使刺史成了一州軍政的長吏、太守的上級，州郡縣三級行政建制自此形成。州牧的設立和州刺史權力的提升，埋下了漢末軍閥割據的禍根。
東漢末年軍閥圖
公元189年，漢靈帝去世，漢少帝劉辯即位。外戚何進官拜大將軍，掌控朝廷，志於剷除宦官勢力，但何太后反對，士大夫領袖袁紹提出建議，讓西北軍董卓進京，逼迫何太后答應。何進同意了袁紹的建議。然而事情洩漏，宦官先下手為強，殺死何進。當時在西園軍的袁紹聞訊，立即率軍攻入皇宮，對宦官進行屠殺。宦官張讓挾持漢少帝逃走，追兵到，張讓自殺身亡。董卓率軍抵達洛陽，外戚和宦官的勢力同歸於盡，導致董卓控制了中央政府。
董卓為了樹立威望，廢掉了漢少帝，立陳留王劉協為皇帝，即漢獻帝。190年漢少帝和何太后被董卓殺害。董卓的倒行逆施引起了關東地方諸侯勢力的不滿，紛紛以討董為名起兵並推舉袁紹為盟主，組成關東聯軍討伐董卓。但關東軍內訌、盟軍決裂導致失敗告終。初平元年（190年）三月，董卓脅迫獻帝焚燒了洛陽，使洛陽城毀於一旦。與此同時，各地的地方軍閥紛紛互相攻伐，以增加自身實力，中央政府的威望蕩然無存。
公元192年，大臣王允唆使董卓的部將呂布，合作謀殺了董卓，下令大赦，董卓之亂結束。但不久董卓幕府的部將李傕、郭汜捲土重來，王允被殺，東漢朝廷再度失控。公元195年，李傕、郭汜發生內鬥，漢獻帝劉協和群臣逃到洛陽。但洛陽已是一片廢墟，漢獻帝陷入窘迫的處境。建安元年（196年），曹操則挾持漢獻帝遷都許昌，之後曹操逐漸掌握朝廷權力。220年，曹丕篡漢，改國號為“魏”，東漢滅亡，從此進入三國。
