清朝同治年間新疆舉兵起事的回眾除了回民之外，更大的力量主體是纏頭回，即現在的維吾爾族、哈薩克族、塔塔爾族、吉爾吉斯族、烏茲別克族等少數民族。其時，清廷把新疆所有信仰伊教的少數民族均稱為回部。由於纏頭回主要集中在南疆，因此又習慣稱南疆為回疆。回眾各部雖然均尊伊教，但是新疆伊教內部的派系分支盤根錯節，十分複雜。以至於在割據地方後，因為派別偏見，各教派之間相互鬥爭，兵戎相見就成了家常便飯。
新疆伊教百姓
新疆的伊教派別劃分更接近於阿拉伯的伊教派別，較之於甘肅伊教派別，能更清晰地看到阿拉伯伊教派系的影子。這可能是伊教東漸，首先傳入新疆的緣故。
伊教創始人穆聖去世後，四大哈里發艾卜·伯克爾、歐默爾、奧斯曼、阿里依次繼任政教領袖。此後，圍繞繼承教權的鬥爭導致了伊教的分化，產生了不同教派。在阿里就任第四任哈里發時，第三任哈理髮的堂弟摩阿維亞堅決反對。阿里去世後，摩阿維亞在大馬士革（今敘利亞首都）建立了政教合一的倭馬亞王朝，把哈里發的傳承方式改為世襲制。伊教中擁護摩阿維亞的一派叫做“遜尼派”（政府派、正統派）；擁護阿里及其親屬的叫做“什葉派”（王黨派）。
伊教的發源地
遜尼派既承認四大哈里發，也承認摩阿維亞，認為他們都是穆聖的合法繼承人。而什葉派則認為阿里是穆聖的堂弟，所以阿里的後裔才應該是合法繼承伊教道統的伊瑪目（即哈里發，但什葉派則用伊瑪目這個名詞）。因此，摩阿維亞的倭馬亞王朝是非法的。在這兩個教派出現的同時，也出現了既反對阿里，又反對摩阿維亞的一派，叫做“哈瓦利吉派”（含義為反抗或叛離）。這一派認為哈里發資格應該由信眾選舉產生，人人都有資格擔任哈里發。
在倭馬亞王朝時期，又產生了蘇菲教派。這個教派的產生緣由完全不同於前述三個教派。7世紀末，針對倭馬亞王朝腐化奢靡墮落，立志修行的教眾大力主張遵循虔誠、節儉、守貧、苦行和禁慾為特徵的個人修持方式。他們嚴格遵奉經訓、教法和宗教功課，效法穆聖及入門弟子的簡樸生活，以表達對倭馬亞王朝腐敗奢靡行為的抗議，求得內心的純淨和精神上的慰藉。8世紀後期起，蘇菲派由苦行禁慾主義逐漸發展為神秘主義，吸收外來的哲學思想（比如柏拉圖）和修行方式（比如印度瑜伽的靜坐冥想），並以宗教理論的形式出現。11世紀，伊教學者擯棄了蘇菲神秘主義中不符合伊教的主張，而把其核心思想納入到伊教正統信仰，並得到阿拉伯國家的的官方認可。縱觀蘇菲教派的發展，其核心強調的是不同方式的宗教修行，而其宗教思想和教義還是屬於遜尼派。
克爾白
以上所列舉的是在阿拉伯國家產生的伊教主要派別，至於這些教派繼續分化繁衍的支系本文就不再闡述了，以免喧賓奪主。
伊教傳入新疆的時候，就是由遜尼派、什葉派和蘇菲派傳教人一起傳經佈道的，因此，甫一落地，新疆就有不同的伊教派別。在清朝咸豐同治年間，新疆的各種伊教派別分支追根溯源，也全部可以歸結為這三個教派。但是，哈瓦利吉派沒有傳入我國。什麼原因，我也不知道。
整個清朝，在新疆影響力最大的教派要算是蘇菲教派繁衍的分支白山派和黑山派了。明朝嘉靖年間，中亞伊教傳教士馬合圖木·阿雜木到南疆傳教。他自稱是伊教創始人穆聖的第20代後裔（或者可能是21代，待考），並且有自己的家譜譜系為證。因此被新疆信眾尊稱為馬合圖木·阿雜木和卓。他傳播的是伊教蘇菲派系分支“納合西班底”教派。他死後，他的長子和七子又各自形成了新的教派。長子叫瑪木特額敏（被尊稱為依禪卡朗），他這一派叫“白山派”；七子叫伊斯哈克，他這派叫“黑山派”。之所以說這兩個派系影響最大，是因為這兩派為爭奪南疆的宗教控制權，展開了長達200多年的廝殺和戰爭。但是到了清朝後期的鹹通年間，由於相互之間的仇殺和清政府對白山派的鎮壓，這兩派日暮途窮，影響力日趨衰微。在咸豐年間，為防止和卓後裔分裂新疆的叛亂再次爆發，政府對這兩派採取了嚴厲限制和打擊的宗教政策。客居浩罕汗國的白山派後裔布魯素克無力入疆，還是喀什噶爾的回部起事首領把他請回來主持宗教事務，但很快就被阿古柏給放了鴿子。
清軍平定南疆和卓叛亂
隨著白山黑山的衰落，蘇菲教派的另一分支“伊瑪目·熱巴尼”派逐漸發展壯大起來。這個派別脫胎於蘇菲納合西班底教派（就是白山喝黑山老祖宗馬合圖木·阿雜木和卓所傳的教派）。其自稱是“革新的納合西班底教派”。創始人伊瑪目·熱巴尼是印度人。但是據稱，他是伊教歷史上第三任哈里發歐默爾的第26世孫。由於歐默爾是穆聖的堂弟，所以熱巴尼可以算是穆聖的後裔。而其伊教道統的傳承則可以追溯到第一任哈里發艾卜·伯克爾。這個身世聽起來確實有點驚世駭俗。
伊瑪目·熱巴尼派於18世紀中後期傳入新疆，分別在在阿音柯（屬於卡克蘇）和葉爾羌建立道堂傳經，形成兩個分支。這個教派以這兩個道堂為基地，廣泛在新疆傳播，在維吾爾族中影響尤為廣泛。伊瑪目·熱巴尼派在新疆也有很多分支（本文不再列舉），但是各自為政，支派之間互不隸屬，沒有形成白山派黑山派那樣強大的組織體系。所以清廷對該教派的發展採取了寬容的態度。這也是該派迅速發展的主要原因。伊瑪目·熱巴尼派的兩個道堂和甘肅後來產生的幾個伊教門宦有著直接的因果關係，比如虎夫耶的北莊、洪門、丁門；嘎德林耶的崖頭、靈明堂。
葉爾羌民俗博物館
以虎夫耶北莊門宦為例。北莊的創始人馬葆真，原系花寺門宦信徒。後因仰慕葉爾羌道堂傳教人而拜在門下求學一年。他去麥加朝覲歸來後在甘肅河州創立北莊門宦。但該門宦具有鮮明的伊瑪目·熱巴尼派特點。而且該門宦歷代掌教或傳教人必須得到葉爾羌道堂的認可，取得道堂頒發的傳教憑證方可收徒傳經。同治年間在烏魯木齊舉兵起事的“清*王”妥明，本是馬葆真的徒弟。其赴葉爾羌道堂學習取得哈里發資格後（這裡的哈里發類似於熱依斯，和前邊說的阿拉伯伊教哈里發不是一個概念），開始收徒授經傳播虎夫耶學說，後來就建立了自己作為掌教的門宦，被稱為“東道堂”。
新疆的蘇菲派支系除了上述的黑山派、白山派和伊瑪目·熱巴尼派之外，還有其他支系的存在，但是這些支系在鹹通年間的影響力已經很小。本文不再贅述。
新疆的什葉派有兩個分支。一支叫“七伊瑪目派”（意思是七個伊瑪目/哈里發）。該派認為第四任哈里發阿里之後，其後裔代代相承。一直到第七代的時候，該伊瑪目就會隱遁而去，直至世界末日重返人間。這個派別主要在新疆的塔吉克族中傳播。另一支派別叫“十二伊瑪目派”，意思是阿里的後裔會傳到第十二代，然後才會隱遁。這個派別雖然在新疆有所傳播，但信眾主要是旅居新疆的阿富汗、印度和伊朗的商人。據統計，當時新疆信仰什葉派的人數大約佔總信眾的5%，如果扣除外國商人，估計比例更小了。所以直到現代，說起中國伊教的派別，一般都不會把什葉派歸納進去。
起事回部士兵
新疆的遜尼派在黑山白山兩派衰落後得到了空前的發展。黑白兩派的信徒除小部分加入伊瑪目·熱巴尼派外，大部分加入了遜尼派。遜尼派的組織形式是以清*寺為中心形成的一個個教坊。組織分散，教坊各自之間互不干涉。由於其力量分散，清廷採取的態度相當寬容，“新疆回人，年班入覲，往來絡繹”，“其有查對經卷，講習規條者，相習為常，例所不禁”。這是清廷文件的原話。可見，遜尼派的活動被認為是正常的宗教活動，不像黑山白山那樣被予以禁止。所以在清朝後期，遜尼派掌握了大量的清*寺、經文學校和宗教法庭，而且擁有大量土地出租作為經濟後盾，發展蓬勃。信眾的人數在新疆範圍內佔據第一位。
除了新疆纏頭回各民族信仰的以上伊教各派別外，隨著關內回民向新疆的遷移，陝甘的教派和門宦也返傳到新疆。這些派別主要是格底目、哲赫忍耶、虎夫耶和嘎德林耶。
格底目和新疆的遜尼派一脈相承，格底目應該就是遜尼派在內地的不同叫法。兩者教義、教儀差別細微，至於教坊組織形式則更是完全一樣。遷移到新疆的回民，大多按照故鄉的省區分片聚居，並在聚居區域集資修建清*寺。如果還有其他分散的小聚居區，則在此建立簡易的禮拜場所。這種場所被叫做“稍麻”。稍麻在教務和經濟上依附於清*寺。清政府把回民格底目教派等同於纏頭回遜尼派看待。“內地回民所習之教，所講之經，皆與喀什噶爾、葉爾羌等處回人經教無異”。
新疆各族群眾
哲赫忍耶教派自在甘肅產生後，歷代掌教均向新疆派出熱依斯傳教。在咸豐同治年間，第五代掌教向天山南北分別派出熱依斯。負責南疆教務的是馬伊瑪目（此人名字不詳。他其實主要是負責吐魯番。但吐魯番貌似不屬於南疆。這個不用糾結，這是當時宗教內部的認知而已），負責北疆教務的是李三畏。馬伊瑪目1868年去世，南北教務均由李三畏負責。由於乾隆年間哲派阿訇蘇四十三、田五在甘肅相繼舉兵反清，哲派一直受到政府的打壓和限制。所以哲派在新疆的傳播也長期處於半地下狀態。馬伊瑪目的父親在吐魯番衙門任職，藉助這個庇護，他的傳教活動比較成功。李三畏的宗教修養很高，在教眾中享有很高威望。他為死在吐魯番的哲派創始人馬明心之長女修建了拱北，尤為信眾所感念。哲派時任掌教曾讚揚李是“掛在西口外的一盞明燈”。在這兩個熱依斯的經營下，哲派在烏魯木齊和吐魯番獲得了很大的發展。
在新疆傳播虎夫耶門宦的就是前文說過的甘肅人妥明。他在葉爾羌道堂取得傳教資格後，在烏魯木齊講經佈道。其信眾一是烏魯木齊地方政府、駐軍的回民官吏和士兵，比如烏魯木齊參將索煥章及其部下就是妥明的忠實信徒。其二是去新疆謀生的陝甘回民。比如咸豐末年（1861年），陝甘大旱，僅烏魯木齊周邊就聚集了謀生的陝甘回民幾萬人。索煥章之父索文曾任過甘肅甘州和肅州提督，所以其以鄉親之誼，給了逃難的回民很大的幫助，諸如安排難民充當幫工、墾荒、淘金等等。難民群體十分感激，都隨著索煥章加入妥明傳教的虎夫耶門宦。
新疆地方團練
另外從甘肅傳入新疆的還有嘎德林耶門宦的分支臨夏大拱北門宦。但是這個派別在新疆的傳播十分有限。其在新疆的前兩代傳教人沒有成家，不問世間事務，不與外人交往，專心致力於宗教修行。1840年左右，這個派別只有30多戶信眾。估計到鹹通年間，也不會多到哪裡去。
同治年間南北疆起事的回眾就是隸屬於以上各個伊教教派的信眾。烏魯木齊、吐魯番及周邊等地的起事回眾基本全是信仰格底目、哲派、虎夫耶的陝甘回民及後裔。其他地區，尤其是南疆的起事回眾則主要是纏頭回，包括遜尼派的教眾（這個派別起事人數最多，但力量分散）、伊瑪目·熱巴尼派的信眾（比如葉爾羌的起事隊伍）、黑山白山兩派的殘存部眾（比如烏什的隊伍、喀什噶爾的隊伍）以及人數很少的什葉派教眾。
回眾各部起事割據地方，建立政權後，教派之間的分歧開始演化為矛盾和仇殺。又因為割據政權的爭奪，教派之間、教派內部、起事隊伍之間的征戰攻伐此起彼伏，愈演愈烈，給後來阿古柏佔領新疆和沙俄入侵伊犁創造了大好機會。
新疆少數民族群眾
