宇宙是系统，太阳系是银河系的子系统，食物链是系统，人类社会也是系统的不同表现形式。是系统就不是数学的随机性，各种要素都是以系统的形式建立联系的。
星系
宇宙大爆炸
先说整体性原则，因果律就是系统整体一以贯之的整体性原则的表现形式，五次物种大灭绝，一步一个台阶，前后一贯，前者都是为后来者服务的，这种大灭绝的方式是新陈代谢的表现，也是系统实现最优化的方式。后者以遗传基因的形式继承前者的进化精华，以占据前者留下的空间的形式，节约资源和进化时间，实现系统的唯一目标最优化。
一、恐龙的四个使命
首先，通过自己食物链的顶尖效应，规定着其余动植物都十分茂密高大，为巨量的化石能源储备，创造了条件。
其次，造化石能源的的功能，这里科学需要证明的仅仅是那时的微生物与现代的区别。如果微生物迅速分解掉动物遗体，石油如何产生?再就是恐龙的生活习性，恐龙是否特别喜欢水?是否死的时候一定来到水中寿终正寝。恐龙时代多洪涝灾害，是确定无疑的。那时地球尚且年轻，地震活动频繁，雨水远远大于当代，山洪爆发是家常便饭，掩埋动植物遗体迅速而及时。
再次，恐龙的使命符合系统的整体性原则的因果律，恐龙时代的造煤，造石油活动，正是为了后来的工业化时代的天量的化石能源的需求埋下的伏笔，看似天方夜谭，这就是系统哲学的特点。根据最优化的规定性，地球上每一次大事件的发生，都不允许浪费的存在。但允许灭绝的物种充分发展，包括资本主义社会，充分发展正是使命完成的方式，没有恐龙的1.6亿年的漫长存在，如何制造如此巨量的化石能源?但最优化原则又规定了，化石能源的量，并非越多越好，少了不能够把生产力推进到智能化自动化时代，多了，势必延长不成熟的资本主义制度，不符合最优化目标。
第四，对神经系统的最大推动
人类产生的标志就是神经系统的飞跃，经过五次物种大灭绝这个物质外壳的显性运动，神经系统这个隐性的精神，也一步步进化到恐龙时代，恐龙的庞大身躯不需要智慧，但可以推动智慧的产生。试想:面对恐龙这个皮粗肉糙的庞然大物，其下游物种是没有希望战胜它的，唯一生存的办法就是逃遁，但两条腿跳跃奔跑的食肉龙，速度很快，弱小的人类祖先，无论如何无法逃脱食肉龙的魔爪，为了生存只能另辟蹊径，也就是利用精神力量，通过神经系统的飞跃，人类在树上筑巢，来到狭小的洞穴中藏身，制造简易工具以索取食物，对抗恐龙是不可能的，人类的祖先只能韬光养晦，进行原始的弱者道之用，以保存自己。
二、系统论与科学的结合
系统论思想，需要科学的手段去丰富与证实其科学性。只有系统哲学与科学完美结合了，才是有方向，有证据，有说服力，有骨架，有血肉的科学论断。只有系统哲学，似乎是没有科学数据的理论假设，理论不丰满；如果只有以化石等实物为基础的，以化学反应为科学依据的推断，也有天然的漏洞。因为物种进化有量变，也有质变，一次质变就是一个屏蔽门，质变前后除了物质元素变化不大之外，结构进行了大调整，化石已经失去连续性。化学反应需要几亿年，如何去做?并且科学只能回答存在的现实性，却无法回答宇宙的规定性，对看得到的可以论证，看不到的就因“缺乏证据”不敢越雷池一步，永远跟在证据链的背后磨磨蹭蹭，遇到证据链断裂，科学就会陷入困境，这时系统哲学就可以不失时机的搭上一座桥，架上一部梯，使科学迅速跨过一道道自身无法逾越的鸿沟。
科学的阶梯
