由於無形資產的特殊性，使得無形資產的評估階段仍存在一些問題。具體問題總結如下：
首先，無形資產的評估參數與方法的選取沒有一個嚴格的標準與規範。
由於不同的評估方法或評估參數的選取會影響無形資產評估的結果，使得某些企業會利用此漏洞操控企業資產價值。我國正處於經濟發展階段，現階段經濟模式有所變化，市場尚不成熟，從理論上來講，無形資產的評估較為合適的是市場法和收益法，但是由於市場的不成熟，並不存在市場上活躍的參照物，也沒有較大的成交案例，可以取得的資料也較少。
其次，缺乏無形資產評估方面的專業人才。
資產評估是一個要綜合很多的行業的大科目，其中涉及會計學、法律、工程管理、財務管理等多門學科。要求資產評估師具有多種知識和測量經驗等。我國現在實行綜合性道德資產評估職業資格，取得資格之後就可以從事多範圍的資產評估，但這樣的資產評估是實際上很難勝任這種高水平的工作，因此資產評估的結果很難實現真正的公正公平。
再次，存在對無形資產概念定義的偏差。
在無形資產評估業務中，有些評估師容易忽視企業無形資產的未來收益能力，有些無形資產可能帶來的收益很小或幾乎不能帶來收益。但無形資產評估師只要企業提供專有技術證明、許可證、分銷合同、商標註冊證等無形資產的外在形式文件，就為其無形資產進行評估。很容易產生偏差，誇大或縮小企業的無形資產價值。
最後，無形資產評估價值結果的表述不夠準確，無形資產評估的目的不同，評估的方法不同，有些無形資產評估以對外投資或者出售為目的，也有些無形資產評估以非產權轉讓為目的。
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