《武庚紀》是由漫畫《封神紀》改編動畫化而來，之所以改掉名字，是因為《封神紀》已經被註冊過了，動畫只能叫做《武庚紀》，二者屬於同一個作品，現在玄機進行的改變，也是基於原著基礎上，與作者達成協議更好的將故事展現出來。
故事從商紂王子幸反抗神族統治開始，矛盾點是神族壓迫人類開採血石，似乎人類只是用於開採血石的工具，沒有任何的自由生活。神族之所以壓迫人類開採血石，是因為黑龍天需要血石復活白龍。
黑龍與白龍在十萬年前是遠古神族五大守護古龍之二，是夫妻關係，其他還有飛龍、黃龍和赤龍，在遠古大戰中，遠古冥族被遠古神族擊敗逃亡，黑龍天一人追擊遠古冥族，一直將冥族驅趕到了地獄。這本是大功一件，可是身為遠古神族之主的盤古卻懼怕黑龍功高蓋主，與其他古龍密謀殺死黑龍。
白龍擁有最強大的空識界神力，知曉了盤古的計劃，便向盤古保證黑龍不會這麼做。可是盤古根本不相信白龍，還將白龍毆打致死，僅剩最後一口氣。當黑龍天歸來之後，看到了瀕死的白龍，怒氣衝冠，又以一人之力消滅了整個遠古神族。至此，遠古冥族逃亡地獄，遠古神族只剩下了黑龍天一人。
血石可以復活白龍，不過需要極其龐大的數量。黑龍天便創造出了新神族，在他們的帶領下，管理著人類為黑龍天開採血石復活白龍。經過十萬年的努力，計劃快要成功了，可是阿嵐潛入血晶山，企圖刺殺黑龍，但是卻刺到了白龍身上，使剛剛復活的白龍又一次的面臨死亡。
再一次進入死亡倒計時，白龍運用空識界神力，知曉了黑龍天為復活她所做的事情，也知道了神域外面有著一群反抗者。生命的最後，白龍陪伴黑龍秒殺了逆天而行和窮兇極惡等人，又勸說黑龍天給予冥族一塊土地吧，因為他們已經和十萬年前不同了。設定無敵的黑龍天聽取了白龍的話，放棄了對冥族和人族的殺戮，消失在了神眼佈局的殺陣中。
直到最後的大戰，黑龍天又一次出現擊敗了武庚，不過這次黑龍天改變了注意，不準備繼續開採血石了，而是將整個世界交予武庚，自己將會作為觀察者存在著。
黑龍天對復活白龍非常的執著，不惜花費十萬年的時間，可是最終仍然失敗了，還因為白龍的勸說，放走了導致計劃失敗的阿嵐，可見黑龍天對於白龍的感情有多深。其實劇情中還有著很多的遺憾，如逆天而行和隨風起舞、寒風凜凜和侍女等等。
漫畫故事已經完結，動畫正在進行修改，不知未來的動畫劇情是否會將總體悲劇的結局進行整改呢？或許玄機現在的大幅度修改設定，就是為之後的完美結局做鋪墊吧。
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