宋元时期直至近代，正史、野史、戏曲、小说等，均无宋仁宗毒死包拯一说。仅是到了当代，有文章披露中国科学院高能物理研究所和安徽省博物馆等单位合作，利用正负电子对撞机产生的同步辐射，对包公遗骨进行了研究。
其中，发现包公的遗骨中汞元素比现代人骨中的含量高，可是砷和铅的含量均比现代人骨中的含量低或相近。于是乎，一大波的民间“福尔摩斯”们似乎从文章里嗅出了一段“宋代谜案”。
不过，文章的结尾处，给出了相应的结论，“至于汞含量高，有两种可能：一种是古人为保存尸体，在棺木中放入朱砂，由于朱砂对骨头的侵蚀和污染引起汞含量增高；另一种可能是包拯生前曾服用小剂量含汞的药或食品。分析结果支持包拯属正常死亡。”
板上钉钉有了着落的事，仍引来众多的猜测，其理由无非是包公向来铁面无私，审理案件时上理皇亲、下断平民，权限之大满朝无出其右，也因此得罪宋仁宗而招致杀身之祸。
正史里的包公断案及权限与传说相距甚远
历史上，在民间广为人知断案如神的高手只有三位，一个是武则天时期的狄仁杰，一个是宋朝的包拯，另一位则是清代的施仕伦。虽号称断案高手，可奇怪的是三人审理过的案例在正史的记载里却是少之又少。
传言狄仁杰就任大理寺丞时，上任不到一年，即解决积压了多年共计一万七千多桩案件，且无一例冤诉。这样的数字显然不合情理，即便确有其事，至少狄仁杰这个法官并不合格。
大理寺主要审理刑事案件，就算换作全是案情简单，证据确实充分的民事案件，光是审阅案情，厘清双方当事人适格一项，一天也审不了几个案子。更遑论平均每天四十多个案子，且是积压的刑事案件，这水份也未免太大了。
同样的情形也出现在施仕伦和包拯身上，清代施仕伦断案的案例多出自于小说，而包拯一生断过多少案？史料并没有一个准确的数字。在宋朝的正史里，包公断案的案例仅有一个，且这个案例的真伪至今仍存有争议。
据《宋史·包拯传》记载，包拯唯一的案例是“断牛舌案”。诡异的是，在《宋史·穆衍传》中，又记载了相同的案例。且两案无论案情、审理过程及判决结果上竟完全一样。同一部《宋史》，同一个案件，分别出现在两处。那么，此案究竟是谁审理的？
“掌尹正畿甸之事，以教法导民而劝课之，中都之狱讼皆受而听焉，小事则专决，大事则禀奏。” 开封府尹多由皇族亲王兼任，包拯非皇族成员，根本没有真正地担任过开封知府。
嘉祐元年(公元1056年)包拯被短暂召任权知开封府，主持开封府事。这仅是一个临时委派的官职，实际的职权是无论如何也无法参与到涉及皇亲国戚的案件当中。
包拯曾有过下放及被贬的经历，一是弹赅张尧任，二是因举荐官员失误获罪，被贬为兵部员外郎。包拯一生之中担任过的最高职位，应是逝世后宋仁宗追赠的礼部尚书。
宋代的礼部尚书，相当于宣传部长一职，同时兼任外交、教育、文化。至于包拯的官职被拔高到宰相使、提督使及正授开封府尹，这只是到了明代的包公故事里才出现，仅是作为一种文学加工，而决非历史。
历史上，包拯手中的权限并没有传说中大，几次上谏，仁宗均不作回复。若仁宗要置包拯于死地，根本用不着偷偷摸摸地毒杀。至于仅有的一次，因言语过于激动，唾沫星子溅了仁宗一脸，也属无心之过。
以此断定仁宗怀恨在心并施以毒手，这样的结论显然站不住脚。况且，以人骨的汞含量异常作为证据进行的推断亦不科学。
天然硫化汞(朱砂)的使用及临床表现，在古代并不适用于所谓的“下毒”
“五月己未(5月12日)，方视事，疾作以归。上遣使赐良药。辛未(5月24日)，遂以不起闻。”包拯从发病到死亡仅有13天。据记载，仁宗皇帝在得知包拯生病后，还赐予“良药”。
仁宗所赐的药里是否含有汞，史料中没说。不过，若从古代对天然硫化汞(朱砂)的使用及临床表现来看，其不具有可操作性，包拯的死因与汞中毒没有必然的因果关系。
古代以汞运用于药用领域，也仅限于外科使用。据唐朝《陈藏器本草》记载，“人患疮疥，多以水银涂之。” 又如《本经逢原》指出，“水银，阴毒重着，不可入人腹。”
汞可以在体内积累，极易被皮肤以及呼吸道和消化道吸收。临床表现为，肾脏损害而致尿闭和毛细血管损害引起血浆损失，甚至发生休克。
《本草经疏》中更有“头疮切不可用，恐入筋络”的记载。即在古代，甚至在头部使用也是被严格禁止。一是汞含有剧毒；二是使用剂量难以掌握。
如果宋仁宗要在包拯的药里下汞毒，首先面临的，是到底要放多少的量才能达到十三天后才毒发身亡？其次，为何不选择其它更有效且无色无味的毒药，非得选择不溶于水的固体硫化汞？
在古代，君要杀死大臣，不外乎罪大恶极或手握兵权威胁皇权等。而包拯不仅忠君爱国铁面无私，更严于律己，何况宋仁宗要以汞毒杀害包拯也无可行性。因此，正如对包拯人骨分析结论所说，其死亡属于正常死亡。
