古代中醫
中醫產生於原始社會，春秋戰國中醫理論已經基本形成，出現瞭解剖和醫學分科，已經採用“四診”，治療法有砭石、針刺、湯藥、艾灸、導引、布氣、祝由等。西漢時期，開始用陰陽五行解釋人體生理，出現了“醫工”，金針，銅鑰匙等。東漢出現了著名醫學家張仲景，他已經對“八綱”（陰陽、表裡、虛實、寒熱）有所認識，總結了“八法”。華佗則以精通外科手術和麻醉名聞天下，還創立了健身體操“五禽戲”[6]。唐代孫思邈總結前人的理論並總結經驗，收集5000多個藥方，並採用辨證治療，因醫德最高，被人尊為“藥王”。唐朝以後，中國醫學理論和著作大量外傳到高麗、日本、中亞、西亞等地。兩宋時期，宋政府設立翰林醫學院，醫學分科接近完備，並且統一了中國針灸由於傳抄引起的穴位紊亂，出版《圖經》。金元以降，中醫開始沒落。明清以後，出現了溫病派時方派，逐步取代了經方派中醫。在明朝後期成書的李時珍的《本草綱目》標誌著中藥藥理學沒落。同一時期，蒙醫、藏醫受到中醫的影響。在朝鮮東醫學也得到了很大的發展，例如許浚撰寫了《東醫寶鑑》。
自清朝末年，中國受西方列強侵略，國運衰弱。同時現代醫學（西醫）大量湧入，嚴重衝擊了中醫發展。中國出現許多人士主張醫學現代化，中醫學受到巨大的挑戰。人們開始使用西方醫學體系的思維模式加以檢視，中醫學陷入存與廢的爭論之中。同屬中國醫學體系的日本漢方醫學、韓國的韓醫學亦是如此。2003年“非典”以來，經方中醫開始有復甦跡象。
在文化大革命期間，中醫作為“古為今用”的醫學實例得到中國共產黨政策上的支持而得以發展。現代，中醫在中國仍然是治療疾病的常用手段之一。
在國際上，針灸在引起醫學界極大興趣，世界衛生組織的觀點認為，針灸已被證實在減輕手術後疼痛、懷孕期反胃、化療所產生的反胃和嘔吐、牙齒疼痛方面是有效的且其副作用非常低，然而，對慢性疼痛，背部疼痛以及頭痛，數據顯示出模稜兩可或者爭議性。[7]。WHO認為很多針灸和一些草藥的有效性得到了科學雙盲研究的較強支持，但是對於其它的傳統療法還需要進行進一步研究，而且不能忽視未經研究的傳統療法存在的安全性及危險性等問題[8]。陰陽哲學在孔子生活的時代已經具有了崇高地位。其重要的標誌就是作為群經之首的《易》，所有的卦都是由陰陽爻組成。而《易》以及《易傳》的相關內容，一直成為後世哲學的依據。陰陽哲學實際上一直在總領儒、道、醫。陰陽哲學在儒家的這種地位，可以從正統儒學把《易傳》看成是孔子之作這一點上得到證明；陰陽哲學在道家的這種地位，可以在道家對宇宙解說運用的正是陰陽哲學這一點上得到證明 ；陰陽哲學在醫學上的這種地位，可以從《黃帝內經》全文以陰陽解說和直接引用《易傳》中陰陽論述的情況得到證明。陰陽哲學的這種地位，要求解析中國傳統文化心理學思想時必須注意陰陽理論的作用，同時也使闡明陰陽理論具有了更重要意義。
正是陰陽哲學這種歷史地位，使中國人無論從文化心理角度，還是從中醫學角度，只要涉及到心身問題，就無法擺脫陰陽哲學的影響。從心性修養，到心身疾病，無不如此。
（二）陰陽五行理論
古人對陰陽五行，都是用生命的活性來加以理解，並用來說明活生生的事物。明確這一點，對正確理解儒家心性學說非常重要，對理解儒家心性理論對中國人心身健康發生的作用同樣非常重要。
上個世紀五十年代以後中國大陸有關古代陰陽哲學的認識幾乎是統一的，而這種統一就在於陰陽學說符合唯物辯證法的矛盾論。與此相關的認識是，五行理論就是古代樸素的唯物論，而這種說法的依據就是把《尚書 洪範》中的五行理解成五種物質。當下這種情況發生了一些變化，這表現在很多學者試圖擺脫辯證唯物主義的統一哲學模式來重新理解古代哲學思想。事實上，當離開辯證唯物主義的角度迴歸到秦漢之前哲學水平上的時候，陰陽哲學就會顯現出原本的內容。早在上個世紀六十年代臺灣學者徐復觀就注意到，先秦文獻中凡提到“五行”時大都是用“陰陽五行”，而提到陰陽則經常不帶有五行，這說明五行是依附陰陽存在的。遺憾的是徐復觀對陰陽五行理論的考察沒有關注到還有中醫學的存在，也沒有提及到《黃帝內經》中的相關論述。因此對陰陽理論如何駕馭五行學說沒有做出進一步的探討。實際上，陰、陽、木、火、土、金、水，在原本體系內都是抽象的概念，其中的木、火、土、金、水並不是指有形的物質。本觀點的相關證據如下：
第一點，早期文獻上不支持五行是五種物質的說法。
行，古文是走的意思。《洪範》原文：
“五行，一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。”
鄭玄《洪範注》：“行者，順天行氣也。”《春秋繁露》解釋說：“行者，行也。”五行的“行”首先是動詞，然後轉化成描述“動”的名詞。五行，也就是五種基本走勢。所以接著就用了五種運動方式來說明木火土金水。可見漢代儒家理解的木火土金水，是基於陰陽運動方式作出的定義，而不是五種基本物質。至於《左傳》中才出現“五材” ，這並不表示五行就是五材。“行”字在古代從來就沒有“材”的含義，把“五行”解釋成“五材”也就沒有任何根據。這種把不同的文獻的內容沒經過文字訓詁而硬放到一起解說的做法，在學術上是不嚴謹的。
《尚書甘誓》中提到“五行，”《尚書 洪範》又細論五行。越來越多的證據表明《洪範》是西周時期就成書的作品。“很多人覺得《洪範》晚出，是由於篇中首列五行，而近人的一項成見，是以為五行的出現很遲。這種論證方式，在邏輯上是顛倒的。” 建國後的中醫教材中把五行和五材硬拉到一起，也因為文獻考據不足而承認是一種推測。對五行理論發展的“疑古”考證，邏輯上是錯誤的。根據“疑古派”的邏輯，凡是涉略五行的先秦作品，大都是漢代以後的偽作。凡是有金、木、水、火、土之類文字出現的，就必然是講古代的五行理論。按照這些考證，很多文獻被認定為西漢以後完成卻偽稱是先秦作品。隨著郭店楚墓竹簡出土，證明《尚書》確實為周代作品而非漢代人偽作的。
第二點，五行學說在儒學和中醫學上發揮的只是哲學作用，而不是物質作用。
當下，中醫學者也說明在用於疾病研究的方法論中，五行已經不再是五種物質，而是哲學概念。更重要的是，中國古代在《黃帝內經》以後一直把用於分析生命現象的陰陽五行當成哲學概念解說，而不是當成樸素唯物論來解說。這就導致了五行學說對秦漢之後的儒學發展也就一直髮生了方法論上的作用 ，而不是五種物質的作用。
從戰國到明清，各種醫學、儒學著作大都是用變化和作用來理解五行關係，如《黃帝內經》 、董仲舒的《春秋繁露》 、班固的《白虎通》 等都是類似的理解。
第三點，五行理論本身不支持物質說法。
五行表達了陰陽之間的關係。五行在生命體內的相互依存，表達了陰陽之間相互依存不可分割的關係；五行之間的相互制約，表達了生命運動所具有的內部規定性；五行的運動和轉化，表達了陰陽之間不斷髮生力量變化的消長關係；五行不能獨立存在，同生同滅，表達了陰陽並行不悖的關係。陰陽之間的這種重要關係，也無法用五種物質關係來理解。五行所描述的是不能分割的一體關係 ，是生命體內的互相支持、互相制約又不斷變化的關係，而不是五種獨立個體之間的關係。生命系統內部所必須具有的相互支持和相互制約力量，因而形成了對生命特殊的看法。五行理論把生命描述成活的、不斷運動發展和能夠維護自身平衡的生命，而這一作用無法用把五行看成五種物質的理論來完成。
（三）陰陽哲學的研究對象
陰陽哲學研究的是天地變化之道，萬物運行的法則，生命變化的規律，生命內部的制約和支持關係，生命力的源頭。這五點是對《黃帝內經》中所闡述的陰陽五行理論內容的提煉：
第一點，陰陽理論用來闡述天地生成和變化。中國古代認為在混沌之後，清陽上浮為天，濁陰下沉為地，所以清陽為天，濁陰為地。又認為地氣上升為雲，天氣下降為雨。而這一過程和天地生成過程構成了天地之間的物質循環。
第二點，陰陽理論用來闡述萬物運行的法則。陰陽用來闡述運動的不同方式、方向和結果。
第三點，陰陽理論用來闡述生命變化規律。中國古代用生、長、收、藏來說明生命的變化形式和過程，而推動這一過程實現的力量就是陰陽。
陰陽用來說明生命變化形式的“生、長、收、藏”。推動了生命過程的“生、長、化、收、藏”，形成終而復始的運動，這正是五行理論的內容之一。這也充分表明了五行理論是用來解釋和落實陰陽理論的。
第四點，陰陽理論用來闡述生命內部的制約和支持關係。
第五點，陰陽理論用來闡述生命能力的源頭。在中國古代，道家和醫家都是用“神明”來描述生命的生滅現象和能力。陰陽正是這種生滅現象發生的原因，因此也就是用來理解生命現象的。
上述五個方面代表了中國古代對天地、生命的基本看法，被《黃帝內經》歸結為：“陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也。”
