人類思想體系
如果除了智人以外，尼安德特人、丹尼索瓦人也存活下來，這個世界會是什麼樣子？世界上有好幾個不同的人類物種，那麼我們會有什麼樣的文化和政治結構？ 宗教會是什麼樣子？
《聖經》會不會說尼安德特人跟我們一樣有靈魂？《古蘭經》會不會對所有的人類物種都一視同仁，都為他們在樂園裡佔個位置？孔子會不會說我們要“仁者愛人”的對待丹尼索瓦人和尼安德特人？丹尼索瓦熱會不會在古羅馬軍團中服役，會不會服侍龐大的中國朝廷？美國《獨立宣言》推崇的人生而平等會不會是所有“人屬”的物種要平等？馬克思會不會呼籲所有人類物種的工人都要團結起來？
15萬年前的智人與我們幾乎無差別
大約15萬年前，東非就有了智人，外貌和我們幾乎一摸一樣。如果現在的停屍房裡出現了一具智人的屍體，驗屍官根本不會發現有什麼大不同。在熟練運用火以後，智人的牙齒和骨骼比祖先小，而大腦容量較大，與我們現在人相當
有史以來人類強調血統純正
假如突然發現與你玩兒了幾天的同伴，是一個半人半猿，不知你有什麼體驗？近些年來我們更加接受了混血兒，現代遺傳學告訴我們，人之間差異越大（同物種內）越有利於後代的基因優選。但在過往的幾千年內，從國家頭領，到地方百姓，甚至到對貓狗、馬的看發都很深刻的要求純種，血統純正。在歐洲，中國甚至全世界的皇室都有為了血統的純正，而近親婚配，不惜違背遺傳的詛咒。
智人與其它人種混種繁衍，形成現在的人類
智人來到阿拉伯半島時，歐亞大陸多半已經住著其它的人類物種，那麼這些原著人種後來怎麼樣了？關於這點有兩種完全不同的理論，一種是混種繁衍理論，講的是不同人種一見鍾情、兩情相悅、互相交融；認為智人從非洲遷移到世界各地，與其他人種繁衍，而形成了今天的人類。
智人的混種
智人抵達中東、歐洲，就會遇到尼安德特人。這些人肌肉更發達、腦容量更大、也更能適應寒冷的氣候。會用工具、會用火、打獵技巧高明，甚至還發現7萬年前的尼安德特人已經會照顧病人和弱者。考古學家從尼安德特人的遺骸發現，有些人有嚴重的身體殘疾，但活了相當大的歲數，可見有親屬提供照料。
根據混種理論，智人與尼安德特人互通繁衍，直到合二為一。果真如此，今天的歐亞人就不該是純種的智人，而是兩種人的混血兒。同樣，智人抵達東亞時，也會與當地的直立人混血繁衍，因此，現在的中國人、韓國人、日本人也該是智人與直立人的混血後代。
智人的純種
另一個相反的觀點是“替代理論”，講的是雙方水火不容，互有反感，甚至發生種族滅絕。根據這一理論，智人和其他人種的生理結構不同、交配習性難以想合，甚至體味都天差地別。所以，天雷想勾地火，簡直是天方夜譚。即便是尼安德特人的梁山伯配上了智人的祝英臺，也因為兩個人種在基因上想去太遠，無法產出可繁衍的後代。無論尼安德特人是被謀殺清洗，還是自然滅絕，他們的基因都同樣灰飛煙滅。智人，取代了所有先前的人種。若果真如此，現今的人類只要追本溯源，都應該能一路追到7萬年前的東非，都是“純種”智人。
危險的潘多拉
7萬年，對與生物進化，一點也不長
如果替代理論正確，現代所有人基因庫大致相同，現在我們看到的各種種族差異就小到無足掛齒。
如果混種繁衍理論正確，那麼數百萬年前，就已經種下了現代非洲人、歐洲人、亞洲人之間的基因差異。在政治上一觸即發的火藥桶，發能發展出爆炸性的種族理論。
第三種存在
畢竟，現實的生物界並不是非黑即白，存在很多灰色地帶。
雖然，近數十年來，替代理論一直是這個領域的大致共識，不僅背後有更為可靠的考古依據，
政治上也更為正確。
然而，就怕然而和但是，有一項為尼安德特人基因組測序的研究結果在2010年發表，掀起了一片驚濤駭浪。基因學家從化石裡收集到了足夠的尼安德特人的DNA，能夠與現代人的DNA全面比較，結果讓科學界一片譁然。
現代中東人和歐洲人，有1%-4%的尼安德特人DNA。幾個月後對丹尼索瓦人的DNA測序、比較，投下了第二顆原子彈，結果表明，現代美拉尼亞人以及澳大利亞人原住民有6%的丹尼索瓦人DNA。
這麼說來，智人、尼安德特人、丹尼索瓦人在5萬年前處在歷史的十字路口，向前一步，就形成了完全不同的物種，難以結合繁衍；向後一步就還是一個物種的不同族群，能夠產下有繁育能力的下一代，接著，又經過一次突變，才最後切斷了鏈接，從此成為完全不同的物種。
