微笑轉身不見你
這個問題很有意思。
靜夜史認為：當然是準噶爾汗國更加強大！
為什麼這麼說呢？靜夜史認為有以下幾個原因：
1、準噶爾汗國時間更靠後，技術更先進
之前靜夜史寫過很多類似的文章，得出的結論是：經過幾百年的發展，無論是農耕文明還是遊牧文明，技術水平肯定是有巨大進步的。
所以，17世紀崛起的準噶爾汗國一定比14世紀的北元更加先進。
從14世紀開始，以明朝組建正式的火器部隊為標誌，熱兵器時代緩緩拉開大幕。在明朝和蒙古不斷的征戰中，加上沙俄在亞洲的野蠻擴張，讓蒙古人見識到了火器的厲害。
到準噶爾汗國崛起時，火器已經開始大量裝備。
到準噶爾汗國的噶爾丹篡位之時，準噶爾汗國已經同沙俄軍隊進行了數十年的纏鬥。而當噶爾丹不斷進攻喀爾喀蒙古，挑釁清朝時，沙俄又成為噶爾丹的幕後槍手。在1689年清朝取得兩次雅克薩戰役的勝利，逼迫沙俄簽訂《尼布楚條約》，迫使其退出黑龍江流域後，沙俄一直尋求在其他地方找不回來，於是表面上宣佈不支持準噶爾，實際上選擇和準噶爾暫時摒棄前嫌，狼狽為奸。
此時的準噶爾汗國已經不是單純的遊牧制政權，而是一支地跨新疆、中亞、西伯利亞的龐大汗國，境內經濟繁榮，手工業發達，此時的準噶爾和清朝屬於平級關係，雖先前有朝貢關係，但是在實力上相差不多，這是噶爾丹敢於不斷挑釁清朝的原因。
此時的準噶爾已經掌握了製造火器的技術，在火炮、火槍上和清軍不相上下，這是其能夠在烏蘭木通之戰中大量殺傷清軍的原因。
相比之下，北元就很寒摻了。1368年，徐達常遇春率領25萬明軍大舉北伐，在收復山東、河南，力克潼關後，從河南、山西兩個方向逼近大都。元順帝倉皇逃亡上都，也就是開平。隨即常遇春和李文忠突襲開平，元順帝只好逃亡蒙古高原上的應昌並死在那裡！
由於是被明軍驅逐出來的，因此元朝逃亡相當狼狽，此時的四大汗國早已各自為政，北元成為被明軍趕來趕去的落魄者。
元順帝退出大都後，雖然多次指揮王保保南侵，但是最終全部歸於失敗。因為失去了對中原的統治，因此元朝在技術上徹底出現倒退。不僅製造不了火器，連基本的鍋碗瓢盆都造不出來，所謂“一夜回到解放前”，用來形容北元特別合適！
雖然還是元朝的，但是早已經不是元朝的狀態，此時的北元無論在統治力上還是技術上都已經出現了大倒退，草原上的各個部落都不再唯命是從，這和強大且統一的準噶爾汗國根本就不是一個層次！
2、北元一直在衰落，準噶爾一直在上升
北元是在元順帝退回蒙古高原後，後人為了區分，將其稱為“北元”。
僅僅是為了區分。
因為從元朝以來，國勢就出現了不可挽回的衰敗，到北元時期，更是徹底退回原始狀態。
從元朝到北元再到後來的韃靼和瓦剌，北元一直在倒退，從未被超越。
相比之下，準噶爾汗國卻在不斷上升。
1670年，噶爾丹奪得了準噶爾部的臺吉位。1676年噶爾丹打敗衛拉特盟主鄂齊爾圖汗，把鬆散的聯盟步步改變為壟斷權力的汗國，至此準噶爾汗國逐漸形成。
和北元相比，準噶爾汗國是新建立的政權，處於上升期，比北元更有活力，更有野心，自然也更強大！
噶爾丹建立蒙古汗國後，先是出兵南疆，佔領葉爾羌汗國；又突然越過杭愛山，進攻土謝圖汗，迫使喀爾喀蒙古諸部南遷。噶爾丹敗亡後，他的侄子策妄阿拉布坦繼任準噶爾部臺吉，準噶爾部再次強大。1716年，準噶爾部出兵西藏。
這些雄心勃勃的擴張，是北元不能相比的。相比，北元需要應對明朝不斷深入漠北的討伐！
那麼，既然北元這麼弱，準噶爾這麼強，為什麼強大的明朝打了200多年還是不能徹底將北元消滅，而清軍卻可以用70多年時間徹底消滅準噶爾呢？是清軍戰鬥力比明軍強很多嗎？
其實，這和戰鬥力關係並不是很大，因為即使清軍前期實力強於明軍前期，但是準噶爾相比於北元也先進了很多，所以並不能形成代差優勢。
真正使清朝能徹底消滅準噶爾而明軍卻不能徹底消滅北元的原因，是明清不同的王朝性質！以及不同的國際形勢！
1、明朝是漢家王朝，而清朝是少數民族王朝
不同的性質導致了很多不同。
因為明朝是漢家王朝，崛起於南方，對北元的打擊只能自南向北。我們知道，自南向北進攻，氣候條件會越來越惡劣。這對於來自南部的明軍而言是極其不利的。
古往今來，深入漠北地區作戰的軍事行動往往需要付出比遊牧民族多好幾倍的代價，所以漢武帝后期不得不下《輪臺罪己詔》。
所以明朝也遭遇了同樣的困境，在多次征討北元還是不能將其徹底消滅的情況下，明朝不得不選擇了一條相對務實的政策，即修建長城，這是明朝200年不能徹底消滅蒙古的原因。
而清朝不一樣，因為其是少數民族，所以對於統治其他少數民族有著豐富的經驗。在康熙和噶爾丹開戰時，清朝已經陸續征服了漠南蒙古和漠北蒙古。不僅使清朝獲得了更多的支持，更讓清朝和準噶爾作戰的方向從南北轉為東西，這在作戰難度上就小了很多。
再者，因為清朝和蒙古的關係，清朝無法選擇據長城自守，加上準噶爾也想徹底統一蒙古，消滅清朝，所以清朝和準噶爾必須經過你死我活的爭奪，而最後，只能留下一個勝利者！
因此，不消滅準噶爾，清朝停不下來！
2、沙俄的存在，徹底堵死了準噶爾的後路
在明朝和北元的戰爭中，明朝對北元形成的毀滅性的打擊，捕魚兒海之戰以及後來的掃蕩瓦剌的忽蘭忽失溫之戰，幾乎將瓦剌徹底消滅。但是僅僅過了五六年，瓦剌等就再次活躍，並在1449年大敗明軍！
為什麼蒙古人就這麼難以消滅呢？因為明軍來自南方，在蒙古人失敗後，他們可以選擇向北逃竄，只要還有陸地，理論上他們就可以一直跑。而越往北，意味著明軍的補給線越長，作戰難度越大。所以，每次明軍取勝，剩下的散兵遊勇就會向北逃竄，所以明朝始終不能肅清！
但是16世紀開始，沙俄自歐洲來！
1571年，哥薩克越過烏拉爾山之後，消滅了西伯利亞汗國，後開始不斷進犯準噶爾和清朝。
沙俄的到來，將蒙古人北去的道路徹底封死。
因為在黑龍江的擴張被康熙痛毆後，沙俄不得不注意力轉向貝加爾湖地區，喀爾喀蒙古開始受到沙俄的威脅！
在1727年清俄簽訂《恰克圖條約》後，沙俄又開始在中亞進行擴張。
在明朝後期，瓦剌分化出的土爾扈特部在征戰中敗下陣來，於是選擇西遷伏爾加，而從沙俄人來了之後，西遷之路徹底不存在了。
所以沙俄的存在客觀上為清朝徹底肅清準噶爾打下了基礎！
多有疏漏，煩請斧正。
我是“靜夜史”，期待您的關注！
靜夜史
1368年明朝艱難開國。
創業艱難百戰多。此時的明朝經過元朝末年累年的天災人禍，赤地千里，白骨露於野，經濟能力已近崩潰。
元朝近百年的統治，讓北方漢人久染腥羶，多以元人自居，對於新生的明朝政權，心存觀望，並非所有人都簞食壺漿，以迎王師。北地胡化已經400年，且天下未定，王師之名，並不那麼深入人心。
元帝北遁，實際是施展了36計的最後一計，走為上計。明智地在兵力未集結時避免了多次大戰，元軍的主力部隊得以保全。在山西、陝西地區的擴廓帖木兒（據說其為漢人，為蒙古人收養），被朱元璋成為奇男子，擁有強大的騎兵實力。在遼東、西北甘肅、雲南，元朝的遼東王、雲南王等都是極具實力的地區諸侯，各自擁兵20萬以上。
明朝國內還面臨著經濟建設的重任。胡軍版的朱元璋，往昔“腰纏十萬貫，騎鶴下揚州”的揚州府在明初，只有1個活人，21棵樹。
全國百姓衣不蔽體，食不果腹。
就在這樣困難的情形下，明朝君臣以開國的蓬勃朝氣，開始恢復生產，朱元璋為了讓國人能夠穿上棉衣，甚至規定每家百姓種田，都要種一畝棉花。
北部邊疆還有一個敵人虎視眈眈。
元順帝命令擴廓帖木兒領軍（從西域調來的生力軍，均為騎兵）10萬收復大都，被稱為萬里長城的徐達迎戰，採取批亢搗虛的策略，攻擊太原，逼其自救，在半路設伏。
於是數量相當的明朝騎兵與蒙古騎兵在山西開展了規模宏大的騎兵對決，結果明軍大勝，擴廓帖木兒損兵4萬，狼狽逃至應昌。
這是蒙古騎兵縱橫中原的絕響。
戰前蒙古人很自負地相信：此前的屢戰屢敗，都是不堪用的中原步軍，明朝士兵從來沒有遇到真正的蒙古勇士。他們滿懷熱望地期待來自西域的彪悍蒙古騎兵會像祖先剛剛衝進中原一樣，砍瓜切菜，趕盡殺絕眼前的明朝士兵，然而戰爭的結果造成了蒙古人心中最大的震撼——他們賴以維持自信的蒙古騎兵的神話，破產了。
擴廓帖木兒與元順帝兩人抱頭痛哭，並且發誓，回到草原後，重整旗鼓，捲土重來。
此戰結束後，明朝盡有漢之故地，然而蒙古人並不甘心失敗，朱元璋發動了一系列軍事打擊。1371年，三路明軍北伐。
在圖拉河畔，明朝的萬里長城徐達遭遇蒙古主力，激戰後不支，損兵數萬，退至塞內時，餘兵不滿萬，可謂慘敗。東路軍李文忠損兵二三成，退回長城內。只有西路軍馮勝，進了蘭州，收復了西北甘肅。
此戰可謂慘勝。
以明朝開國百戰之師，猶有此敗，可知此時北元所謂恢復大元，並非妄語。北元的軍事、政治實力依然強大，強大到足以讓剛剛規復的中原面臨滅頂之災。
後來，朱元璋意識到這一問題後，採用尺進寸取，專事經營沿邊地區的方針，向遼東和青海方向延伸，得地後隨即設衛，避免孤軍深入漠北，終於用時間耗盡了北元的力量。
明朝洪武二十一年，經過20年的準備，朱元璋準備畢其功於一役，派兵15萬北伐，在捕魚兒海再一次出現1500年前霍去病封狼居胥的傳奇戰功，北元王室一掃而空，北元皇帝被部下殺死，蒙古地區陷入紛亂。
至此，懸在明朝頭上的達摩克里斯之劍才被取下。
而這時的明朝，經過20年經營，已呈現出一片欣欣向榮的局面。
300年
1688年，準格爾汗國的可汗葛爾丹擊敗喀爾喀蒙古，來到了烏蘭布通，距離北京700裡。1690年，滿清皇帝御駕親征，以火炮擊破葛爾丹的“駝陣”，葛爾丹遠遁。
準噶爾汗國立國達100餘年，號稱為蒙古帝國最後的餘光。葛爾丹是一個至關重要的大汗。在同一時期，葛爾丹、康熙大帝、彼得大帝並立與世。然而地球就這麼大，一山不容二虎，只要接壤的地方，早晚就會發生戰爭。
1634年，漠西蒙古衛拉特聯盟的準格爾部的首領巴圖爾即位，對外擴張疆土，並於1640年正式建立了準噶爾汗國。
1616年努爾哈赤在赫圖阿拉稱汗，建立大金；1636年，皇太極改國號為“大清”，清朝正式建立。準噶爾汗國和大清國建立的時間差不多，一個在西北，一個在東北。
葛爾丹在年輕的時候是一名佛學家，曾被派到西藏學習佛法。但是上天卻不給他潛心研究佛法的機會，葛爾丹哥哥被內部叛亂所殺，葛爾丹不得不返回準格爾。曾經像綿羊一樣的葛爾丹開始如狼似虎，迅速平息了內部叛亂，然後開始南征北戰。最終，準格爾汗國強盛的時候控制著天山南北的新疆地區、西藏地區以及部分中亞地區。葛爾丹曾經說過一句非常霸氣的話：我蒙古的土地，佛祖來求也不會給。
葛爾丹失敗後，並沒有真正投降，在科不多地區重新積聚勢力。1695年，康熙在外蒙召集會議，詔令葛爾丹不至，於是準備再次打擊葛爾丹。康熙為此準備了大量的士兵和輜重，準備一舉擊敗葛爾丹。在昭莫多之戰中，葛爾丹再次遭到失敗，所部3萬人損失殆盡，葛爾丹只帶著幾十人再次逃脫。
1697年，已經被族人背叛和拋棄的葛爾丹，再次遭到康熙打擊，葛爾丹想無他法，服毒自盡了。
一代草原梟雄葛爾丹，在向東碰撞的過程中，粉身碎骨。
外蒙古把葛爾丹當作英雄，認為是反抗中國侵略的蒙古英雄，還拍了部片子，很是偉大。可是可笑的是，當初正是因為葛爾丹的侵略才把外蒙古最終推向了中國的懷抱。
葛爾丹死後，準噶爾沒有滅亡，依然傳了三代人，直到1758年，經過康熙雍正乾隆三代人，持續近60年的打擊，加上準噶爾內亂，最終被清朝滅族，記住，不是滅國，是滅族。
現在的準噶爾，是一個地理名詞，叫做準噶爾盆地，在新疆北部。
總結:
明初，明軍以猛將如雲帶領的虎狼之師，對陣北元時，尚屢遭敗績。北元掌控的土地，人口，財富，軍隊數倍於明朝，明軍能夠打勝他們，離不開政治，軍事，經濟的全方位努力，是真正國與國之間的較量。北元勢力衰敗，是在洪武二十一年捕魚兒海大捷後，蒙古各部分崩離析，才確立的明朝對北元的戰略優勢。
清朝進關1644年，到與準噶爾作戰，經過了近50年的時間。這段期間，清軍平三藩，收臺灣，全國一統，以整個中國的優勢力量加上內蒙和外蒙的僕從軍，攻打準噶爾，歷經半個世紀，方才把準噶爾從地球上抹去。
以1368年的北元全盛時期，與1690年的準噶爾全盛時期相比，準噶爾能動用的機動騎兵力量不過3萬人，而北元與明朝的幾次戰略決戰都是20萬人規模的，而且北元屢次進攻中原，準備捲土重來。
準噶爾是北元分裂為三大區域後，屬於漠西蒙古的一支，甚至連內蒙與外蒙都被清朝中央控制。
所以，1690年的準噶爾的實力，只相當於1368年北元實力的三分之一，甚至都不到。
正因如此，明朝開國的艱難才會讓後人無限敬仰那個氣勢恢弘，大氣磅礴的大明氣象。
而知而行
準噶爾和北元都是蒙古政權，北元相對而言相當今天所說的流亡征服，它某種意義上還屬於中原王朝，是明朝將元朝驅趕到漠北，故才形成北元。而準噶爾呢？則不同，它屬於漠西蒙古一支，常年居住在準噶爾盆地和伊犁河谷一帶，屬於早先的原始遊牧民族，然而這時的它卻相對大清而言是新興力量，唯一和清朝抗衡的一股勢力，而且他們的君主葛爾丹也不容小覷，是個戰略的野心家，想恢復成吉思汗霸業，涿鹿中原，如果沒有清朝和康熙帝的出現，說不定他的目的早已達成，他的戰略是有目的有計劃的，說實在的，他就是蒙古的康熙帝。當時土爾扈特部就是被他們趕到伏爾加河的，可見他們在西面勢力有多大，想清盤，自己霸佔一隅，準噶爾漸漸壯大得益於他們君王不懈努力，一個瓦剌部落衛特拉部在明朝中後期，他們屬於原屬亦裡巴里汗國，後來清朝崛起，他們的固始汗名義上上奏歸附大清，清朝算還是他們的主子。
可後來到噶爾丹情況就逆轉了，噶爾丹時準噶爾汗國走向強大，甚至一度威脅大清，準噶爾在西面橫行霸道，它伊犁河谷向外輻射，摧枯拉朽佔領了哈薩克汗國，進攻中亞各國，南面控制了新疆的葉兒羌政權，北面還佔有額爾齊斯河廣大的西伯利亞領土，對於西藏，他以前在拉薩當過僧侶，西藏名義上仍受其節制，這樣也滿足不了噶爾丹的胃口，他想要更多，於是就將觸角伸向外蒙，就是所謂鬆散部落體喀爾喀。喀爾喀眾部當時意見不一，於是噶爾丹親自上，一個一個幹掉他們，從科布多一帶直趨庫倫，又南下內蒙烏蘭布通，漠北諸部就這樣被噶爾丹征服，當他志滿意得時，損害了當時大清的利益，噶爾丹當時想可以利用戰果，進而打敗清朝，可他沒有想到的是，這塊地方卻是他的滑鐵盧，那時準噶爾帝國疆域已經進逼清帝國，西面全境落入他們的手裡，領土方面算是和清朝旗鼓相當了。可他面對的對手卻註定讓他敗到這裡，康熙帝不是吃乾飯的，能讓他肆意妄為，他這次東征明顯就是找茬，以往歷史上還沒有那個西域強國敢派遠征軍遠征中國，他卻是唯一一個，而且繞過河西走廊，從蒙古直趨而來，在當時戰略上他選對了，可他的實力卻在哪擺著，曾經主僕關係，現在他卻按康熙口中成了造反派，清國人口在有一億，而準噶爾帝國只有五百萬，他的常備軍雖然六十萬，但和清朝軍力比起來還差一大截，清朝在當時已經擁有整個中原，地大物博，噶爾丹這個時候東侵而且率領兩萬，根本就不是康熙對手，他雖然也有火器，有沙俄撐腰，但不足以說明他能打敗大清，這也為清朝西進找到藉口，等於惹火上身。
在電視劇中，康熙帝不是有個女兒藍琪兒嫁給了噶爾丹嗎，噶爾丹當時還跟使臣一起朝貢大清嗎，可這是歷史，藍琪兒只是虛化出來的，在噶爾丹身旁有個女人，要比藍琪兒強勢的多，那就是阿努可敦，今天蒙古國為此還把她拍成電影，意淫那段和他不想幹的事，把清朝拿來說事，反而當成入侵者，阿努可敦那時不得己自己穿上戰袍和女人族禦敵，最終不敵清軍紛紛倒地，為了盡情渲染還加上許多愛情情節，家族糾紛。電影畢竟電影，它只是在歷史背景下渲染和加工的產物，至於蒙古國為什麼拍這部影片，實際上是別有用心的，而真正歷史如上面所綜，是準噶爾先惹大清的，最後噶爾丹不得償實。正當他敗給大清時，後方起火了，他的兄弟策妄阿拉坦趁機奪取汗權，將他們變成孤軍，噶爾丹無路可走，被清朝追的，只有身死他鄉。準噶爾帝國仍還存在，他在康熙帝后期，已經縮盤，仍處處威脅著大清安危，不斷侵襲周圍各國地區，直到乾隆時才收場。
而北元呢，和他遇到的是同樣的境地，明朝先後派徐達，藍玉在漠北清剿後，北元選擇的只有逃，他正演繹著是一個的衰亡史，相當於元朝滅亡前回光返照。北元在開始時定格於明朝徐達攻陷大都時的形勢，那時的北元還有一定的勢力，疆域包括東北和廣大的漠北，甘肅還有云南，明朝那時只委屈佔領中原，並不能說勝了。元惠帝逃亡上都，顛轉應昌後病逝，元朝算到他劃上句號，可他兒子卻接起了那把將傾王朝的旗幟，於是將漠北老家做為根據地，繼續抗明，北元就這樣漸漸被明朝蠶食，一直到他兒子脫古斯帖木兒手上，鬼力赤乾脆幹掉他，感覺北元國號已沒有多大意義，故此改為韃靼。
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為什麼明朝和北元打了200多年，卻始終不能征服對方？
明朝前期，明太祖洪武開元攻克大都之後，曾經七伐蒙元，捕魚兒海之戰殲滅蒙古騎兵7萬餘人，北元皇帝脫古思帖木兒隻身逃走，基本摧毀蒙古汗廷；永樂大帝時，又五徵漠北，犁庭掃穴，忽藍忽石溫之戰殲滅蒙古鐵騎3萬餘人，打得瓦剌、韃靼潰不成軍，毫無還手之力，幾乎畢其功於一役。
但是，僅僅25年之後，北元就恢復了元氣，瓦剌可汗也先率領2萬騎兵南下，在土木堡大破明軍50萬，生擒明英宗皇帝，兵臨北京城下，幾乎中斷大明國運；之後，明嘉靖年間，韃靼可汗俺答再此破關而入，攻抵北京，明軍龜縮城內，不敢還手，俺答攻城不克，在京畿大掠數月而還，史稱“庚戌之變”。
但是，雙方雖然你來我去，都曾經給對方以致命的打擊，可惜，誰都沒能徹底擊垮對方，征服對方，北元沒能重新進入中原，恢復大元帝國昔日的榮光；明朝也沒能徹底夷平漠北，消滅心腹肘腋之患蒙古帝國。最終到了後金興起以後，雙雙被新興的滿洲軍事集團所征服，留下了千古遺憾。
清朝在佔領中原並攻滅南明後還不是一個完整的中國。沒有完全統一，倒不是由於反清復明勢力的不斷存在，而是來自蒙古部落準格爾部的反清勢力，在與清朝曠日持久的鬥爭著。
1644年順治在明朝將領吳三桂的帶領下越過山海關，進而攻佔北京，而後鎮壓農民軍、消滅南明諸政權，建立了名副其實大清王朝。自此清朝正式入主中原，開始了新的篇章。
然而，清朝初期並不是一帆風順的。
單說西北部就讓清朝的幾個皇帝頭疼得不得了。
那就是蒙古諸部。
明末清初的蒙古部落分為三個部落:漠南、漠北、漠西。漠南即今天的內蒙古；漠北即今天的蒙古國；漠西則分佈在現今的新疆西藏，以及中亞地區。漠南、漠北蒙古已經臣服於清廷，而漠西蒙古從來沒有把清廷放在眼裡，漠西蒙古又分為準格爾、和碩特、土爾扈特、杜爾特四個小部落。以其中準葛爾，不論是論實力還是部落整體是最為強大的。在清朝入關前，準格爾就建立了統一的準格爾汗國。
在清朝的建立、發展以及強大的過程中，準葛爾勢力也在悄悄的發展、強大並走向強盛，並且一直是跟清朝反抗著。而準格爾汗國逐漸統一了漠西：土爾扈特部落被準格爾汗國征服並驅逐，並使其遷徙到邊遠的伏爾加河流域生存；而杜爾伯特部落直接被佔領。此時的準格爾汗國已經有600萬平方公里的土地了。
而此時，不世英雄葛爾丹出現了，然而歷史卻沒有給他強大的機會。
葛爾丹繼承了準格爾汗國統領部落的地位，他是一個野心巨大的人，即位後便瞄準了清王朝並覬覦大清朝廣闊的土地和人口。先是發動戰爭佔領蒙古北部的部落，一心想建立強大的蒙古帝國企圖吞併清朝，準格爾汗國勢力空前強大。面對這些頻頻反清的勢力，康熙帝帶兵三次親自征戰打的葛爾丹。葛爾丹失敗並陷入四面楚歌的絕境。正值兵敗陰暗時期，葛爾丹的侄子在此時又給了他致命的一擊，趁機搶走了王位。在眾叛親離的情況之下逼得無奈葛爾丹選擇服毒自殺。其親屬向清朝投降。康熙帝帶兵給了葛而丹狠狠一擊，但是其部落殘餘勢力尚有餘存。
然而準格爾汗國一直不得太平，自大策零去世後，奪位之爭又一輪掀起了，此時的準格爾內部勢力已經被嚴重削弱。內亂加外患，準葛爾殘餘的實力已經是到暮年了。最後，乾隆帝派姚惠起兵討伐，攻佔烏魯木齊，才徹底把為禍邊疆的蒙古部落收服，滅掉了殘餘勢力，大清得以短暫的太平。
我個人認為不是兩朝的對手孰優孰略，而是雙方面對的對手的情勢也各不相同，各自對敵的手段策略也各不相同，明朝面對的北元是個各部同仇敵愾對付大明，所以雙方只能相抗，誰也消滅不了誰，而大清面對的不是完整的蒙古，大清用了分化瓦解的策略，雖然準格爾部和大清相抗，但是還有喀爾喀等部歸服大清，加上準格爾部奪位之爭，內部勢力嚴重削弱，所以才會完敗給大清。
所以說歷史總是有他的客觀原因，根本無法就大明對抗的北元與大清對抗的準格爾誰強誰弱做出評判。
孤狼嘯月31600808
很明顯，準噶爾的國力要強勝於北元。元朝被明朝驅逐回漠北後稱作“北元”，雖然仍舊有廣闊的領土，但其國力已經大為衰退，其實際控制人口僅200多萬，軍隊不到15萬。而準噶爾強盛時代，人口達到500萬以上，軍隊規模達到60萬，控制瞭如今的青藏、新疆以及中亞東南和西伯利亞、蒙古高原部分地方。
另一方面，準噶爾所控制的地區雖然也有大量沙漠戈壁，但天山南北與中亞等地，物產要比北元所控制的漠北蒙古豐饒得多，準噶爾的經濟實力也強於北元。
北元強悍歸強悍，但終明一代，也沒對明造成毀滅性的威脅，其國內蒙古各部四分五裂，黃金家族失去了領導地位，著名的土木堡之變瓦剌兵逼京師，也是因為王振的攪局與戰略的失策，與當時明王朝的國力無關。
而準噶爾則不同，準噶爾野心勃勃，攻入喀爾喀蒙古，打的喀爾喀蒙古潰不成軍。威脅清朝統治，康雍乾三代皇帝都無法放鬆對準噶爾用兵，最終直到乾隆時代，才趁著準噶爾內亂將其滅掉。
澹奕
準格爾強大的多。
準格爾蒙古在世界範圍內是盡人皆知的，它是繼承瓦剌的傳統，Oriat Mongol 的最輝煌階段，北起俄羅斯西西伯利亞的鄂木斯克，南到喜馬拉雅山，面積超過600萬，和康熙的滿清不相上下，滿清對準格爾蒙古的百年戰爭在各方面都是當時亞洲規模最大最激烈的衝突，影響不弱於1644年的入關，對滿清和後來的中國版圖是決定性的一次戰爭，準格爾蒙古戰敗後，人口只剩3%，幾乎滅族。
北元不同，北元皇帝帶著玉璽跑路，心裡還想說恢復大元的勢力，活動範圍只在阿爾泰山和大興安嶺之間，同蒙古高原的土著瓦剌和韃靼也有矛盾，所以戰鬥力一直不穩定，明朝初年的戰鬥力沒話說，但是對北元不佔絕對優勢，農耕民族的後勤補給和胡人不是一個概念，明朝從始至終，蒙古一直是個強大的對手。
滿清這一個朝代的存在，不論正面負面，不僅對現在中國，還有整個亞洲都是劃時代的意義。
落基龍永不落
光看北元是不行的。沒搞清楚元、明的狀態。蒙元的興起代表東方近代勃興的遊牧區，但蒙元承載的力量是整個唐宋以後以漢文化為主的科技力量的一部分。明朝的興起代表的是東方文明近代勃興的漢民族為主的中原。明不能滅北邊的蒙古勢力，因為當時還是東方文明發展期，必須東方兩個區域同行才有東方文明勃興的規模。 而到了清朝，明也滅了，蒙古族代表的東方遊牧區也成了強弩之末，時代該西方勃興了，所以，清朝既壓下了明代文化發展勢頭，也收了蒙古族的活躍能力，讓蒙漢代表的東方勃興階段結束了。所以，別吹清朝強大，清朝不代表文明發華的歷史階段，恰恰只代表它的無知野蠻被上天利用來壓抑了東方文明的發展，變成了東方的停滯！所以，北元還是有興起時代的勢能，如同午間陽光出現雲彩，而準葛爾只代表蒙古力量的落日餘暉！
玄谷真人
謝謝邀請。明朝時期的北元各部厲害一些。明朝時期北元出現過一些軍事強人領導，尚能夠維持一段時間的中興，具備一定的實力，給明廷以及周邊國家造成了不小的威脅。只不過後來失敗了。
到了清朝時期，蒙古各部自身內部相互傾軋，而失去了抵抗外侮的能力，基本上起不到什麼作用。整個蒙古族系也就準噶爾具備較強實力。不過很可惜的是準噶爾樹敵過多，關係都十分惡劣。在乾隆大徵之前，準噶爾就因為與哈薩克的戰爭而消耗了大量的人力物力，從而輕而易舉的被清軍征服。
心中的蓮花55
北元早就滅了，非忽必烈子孫鬼力赤篡位，改國號為韃靼！之後都有10多年沒立大汗！元不等於蒙古部落！
戎馬丹心
漢唐明三代，北伐漠北，距離最遠的除了衛青、霍去病、竇憲（東漢）之外，就是明初的藍玉了，兵臨捕魚爾海（貝加爾湖），給了北元一次毀滅性的打擊，同時變相造成了“黃金家族”的徹底瓦解和當時蒙古的分裂。