商周大战，起因明为纣王女娲宫进香，女娲派轩辕坟三妖迷惑纣王，西周兴起。实质为神道和仙道之争，三教共签封神榜，便是为天庭选拔公务员。商周大战，便是选拔的过程。
封神大战，老子、元始连同西方准提、接引借商周大战共抗通天教主，最后通天惨败，截教被肢解。此时各方实力对比，阐教最强，元始独大，西方教壮大，天庭正式成立，老子出力许多，全无收获。
天庭初立，根基不稳，在多次会议协商后，为进一步壮大实力，确定了下一步行动计划：编仙箓，为凡人开通升天门路，一方面可以选择优秀人才，壮大天庭实力，二来可以借升仙为由，传教立派，控制人间思想，降低管理成本；建地府，控制魂魄，掌握大量灵气来源；请王母，建蟠桃园，操控天庭众神。
编神仙箓一事，托付老子，许他事成之后封为太上道祖，统领天下道门。
蟠桃园一事，由王母领头，把地上昆仑山所产蟠桃果树移植到天上。
地府之事，有人提议利用六道轮回理论，玉帝同意，派人和西方教相商，准提接引同意，派出地藏王相助。
凡人死后，魂魄出体，所含灵气飘散天地间化为万物生机，此乃天地循环之理。故洪荒上古年间，世间多出奇人异士，神奇妖兽，灵药仙草等珍稀之物。
地府建立后，死后魂魄被拘入阴曹，一碗孟婆汤喝下（格式化），生前一切喜怒哀乐尽被抽出，化作灵力，被地府吸收后上缴天庭。空白一片的魂魄依据生前所作所为划入六道，重新投胎，再世为人，重新历劫，吸收天地间灵气。转世后有缘的受佛道二门教化，修炼有成则直接成仙成佛，无缘的死后魂魄重归地府，如此循环往复。
收集的灵力上天后被用来供养蟠桃果树，然后天庭依据众神功劳，赐予蟠桃。有犯错的，在谪仙台上先剥夺一身法力，然后投入人间，重新为人。下界有公务的可少走一道程序，所以八戒沙僧、各色童子、坐骑等法力尚在。
人世间，凡创新、自由之举，皆要消耗天赋中所藏的灵力，故天庭借帝王之手统一思想，大肆教化万民，愚弄众生。因循守旧者，灵力便不消耗，蟠桃树便多一份养料。
一代王朝也如人一般，初生时朝气蓬勃，万物生发，步入盛世后文明昌盛，国泰民安，凡人活一世所蕴灵力也有增长。待皇帝暗弱，朝政腐败，流民四起，凡人死后灵力便有所减少。乃至天下大乱，割据四方，杀伐中灵气散于四野，这便到了一个王朝衰弱之时，此时凡人生不如死，那碗孟婆汤喝不喝倒也问题不大了。
故每当下界灵力不足供养蟠桃时，天庭便遣些魔星出世，搅动乾坤，此赤眉、绿林起义，黄巾起义，黄巢起义，宋江起义的来源。对皇室上层，便选些妖媚下界霍乱君王，诛杀忠良，败坏朝政，此妲己，西施，貂蝉，杨玉环，李师师等是也。如此加速一个衰败王朝的灭亡。
王朝更替后，天庭拨出部分灵力交予地府重新分配，人间立有道君王，再遣神仙下界辅佐，促进新朝发展，人间所蕴灵力自然充足。待王朝气运将近，人间灵力不足，便再遣魔星妖媚下界，如此循环往复。
这一套理论经过反复推敲，并无漏洞，于是在汉末开始实施。地府初建，需要大量鬼魂，故此爆发黄巾起义，魏蜀吴三国并立，此皆有天庭暗中操纵。三国历史有数次都可统一，都因莫名其妙的原因失败，比如赤壁之东南风，上方谷之大雨，再有郭嘉、庞统早亡，诸葛禳星失败等等，皆为天庭故意拖延天下一统，令魏蜀吴三家继续征战，为地府建立积蓄足够魂魄。
天上蟠桃园，人间神仙箓，地府生死簿，此三者的建立，代表着天庭崛起，再不用依附其他势力。代价，便是三国期间中原大地人口十去其八。
佛门没有这套系统，只能大肆传经，靠凡人念佛诵经奉献己身的信仰之力供灵山所需。由于地府六道轮回系统有地藏王出力，所以天庭稍作妥协，故佛教正式传入中土，也是在汉代，与天庭建立地府同期。
在此期间，由于有老君内应，故被封太上道祖，坐镇兜率宫，掌管道门。元始被架空，阐教被肢解，部分仙人依附了天庭管辖，另一部分则入了佛门（参见封神慈航道人、文殊广法天尊等）。此时格局，天庭总管天下众生，道门依附天庭，佛门壮大。
佛门壮大后，为争夺世间信徒，佛道之争便起（凡人都去拜佛，灵力都被佛门夺走，天庭没了供奉，蟠桃树不结果，众神靠什么活？）。大隋时，佛道二教共兴。彼时佛教东传为时尚短，西天灵山自知根基薄弱，难以与道门千年根基相抗，长此以往，难免被道教吞没，故此先用计颠覆大隋王朝，于乱世中扶持一信佛之人登基，奠定佛教大兴的基础。
西天第一步，是遣文殊菩萨下凡，转世为礼部侍郎、光禄寺大夫裴矩，经营西域，作《西域图记》一书，引起杨广对西域各国的兴趣。此后才有了隋炀帝三征高丽之举，耗尽大隋国力。道门便托梦于龙虎山弟子，令其以天师身份进言，力劝杨广开通京杭大运河，运南方物力为大隋所用，弥补国库空虚。
西天第二步，便是去地府地藏王处借来聚魂幡，强行拘来一百零八位魔星，化作三十六路反王，七十二处草寇，散落于中原各处，颠覆大隋天下。老君于是便派九天应元雷神普化天尊下凡，化身为天宝大将宇文成都，征伐诸路反王草寇，力保大隋江山。道门见这一百单八位魔星反被佛门所用，便派天师道一脉将其降服，锁在龙虎山伏魔大殿内。
佛门见前两步都被化解，便使出一招杀手，遣佛祖护法大鹏金翅雕下凡，投胎于有实力登基的李家，便是李家第四子，威震人间的西府赵王李元霸。李元霸一出世，不仅诸路反王尽灭于其手，连宇文成都也被他撕成两半。此后，李氏一门再无敌手，大唐由此而立。
暗地里，通天教主眼见这四方争斗，于是暗中积蓄实力。凡是和天庭、佛道不合者，便暗中收于麾下。他截教本就是有教无类，故此天下万灵，修行有成者，大半都是受其指点。
昔年杨戬收梅山七怪时，那领头的袁洪本领甚强，故此通天求女娲借山河社稷图之手把袁洪魂魄收来。之后，通天见佛门天庭争斗日渐激烈，便将袁洪魂魄投入花果山顶一块灵石，然后化身菩提祖师授艺，以悟空为棋子静看三界变化。
后来悟空上天做官，玉帝本就知道天庭派系重重，于是事先把蟠桃收走，后命猴子管理蟠桃园（蟠桃树一共三千六百株，每株按结果二十颗算，也有七千二百颗蟠桃，猴子看管蟠桃园才有多久？七千多颗桃子，多久才能吃完？），想待事情闹大后借此揪出背后反对势力，重整天庭。
老君看出悟空法力乃通天所授，感慨当年三兄弟逍遥自在，远比现在依附天庭快活的多，于是暗中放水。
大闹天宫事发，玉帝喊来如来，请他降服悟空，背后也有试探之举。如来以为悟空没有根基，佛门正值扩张之际，便欲收服悟空为佛门所用。
如来降妖有功，看出天庭人心不稳，便放手布置东进传经计划，借此扩大势力范围。而玉帝则趁势把天蓬、卷帘二心腹贬下界去，打进取经队伍。老君不愿看西天坐大，故多次派童子、青牛携带宝物下界捣乱，西游途中，佛道二门借机斗力，直到金兜山一战，如来派罗汉降服老君坐骑青牛时，两位大佬隔空对话，暂时达成共识。西游计划顺利完成。
取经事毕，西天实力进一步壮大，如来信心大增，派弥勒下界转世为武则天大兴佛教，随后被道门反击。李唐一朝，佛道暗中隔空过招不知凡几，最后斗了个不胜不败之局。
李唐亡，赵宋在道门扶持下夺取天下（忘了华山上的陈抟么？），而如来则在准备下一步兴辽灭宋，取代天庭的计划。西天和天庭之争，已如弦上之箭。而通天教主布置多年，天庭中许多神官都是昔日的截教弟子（详见封神榜最后一回），佛门中有了孙悟空这枚棋子，下界四方妖魔又多少受过他的恩惠，所以也是蓄势待发。天下大势，正是山雨欲来风满楼。
宋、辽相争，神佛之争拉开帷幕。西天派降龙罗汉下界，转世为契丹皇族，名为萧峰，擅使降龙十八掌，勇武异常。佛门原本要利用萧峰之勇兴兵灭宋，不料计划泄露，被道门化解，萧峰被汉人收养，成了丐帮帮主乔峰。
宋仁宗时，有太尉洪信奉旨前来龙虎山，推倒镇魔石碑，放出之前被封印的一众魔星，化为宋江、卢俊义等聚众于水泊梁山，后被招安后征战大辽，缓解了佛门攻势。
佛门联合摩尼教共抗天庭，明教教主方腊在江南起义，与前来讨伐的宋江等人拼了个两败俱伤。
宋徽宗祭天表章误将“玉皇大帝”写为“王皇犬帝”，玉帝发怒，命赤须龙下界，转世为女真国兀术。佛门遣金翅大鹏雕下界转世为岳飞，和兀术相抗。天庭西天之争日渐激烈。
佛门派文殊菩萨下凡，投胎到大宋，托梦与黄裳（文殊代表智慧，黄裳读道藏创武功感觉有点不靠谱），托道家之名撰写《九阴真经》，使中原武林互相争斗，大伤元气。道门便派纯阳真人吕洞宾下界，指点王重阳，立全真派，夺得天下第一。
佛道双方力拼之际，孙悟空受通天教主暗中示意，在花果山重树大旗，汇集天下群妖，奏响了这场神魔大战的最强音。人世间，蒙古族信奉狼神，很合通天“有教无类”的口味，故暗中扶持，蒙古族迅速崛起。佛门再派金翅大鹏雕下界捣乱，却被得到通天法力加持的成吉思汗一箭射死，成吉思汗也得了“射雕英雄”的美誉。
通天布置多年，在天庭灵山均有内线，趁佛道两家内耗之际分三路大举出兵。齐天大圣孙悟空伙同二郎神、八戒沙僧小白龙等再闹天宫，推倒蟠桃树；金蝉子唐三藏领金翅大鹏、牛魔王、青狮白象金毛吼等大闹西天，捣毁雷音寺；闻太师率赵公明等截教旧部在地藏王协助下大闹地府，销毁轮回台。
通天教主则将诛仙、万仙二阵合一，摆下了万妖诛仙阵，联合被闲置的老君、元始、女娲，将如来、接引、准提、弥勒、玉帝等困在了阵内。一番大战，以通天为首的妖族大获全胜。
同时，尘世间蒙古征战四方，灭国无数，大宋虽有大侠郭靖、杨过等拼死相抗，但终究不敌。公元1279年（元至元十六年，南宋祥兴二年），宋蒙两军投入三十余万兵力，大战于崖山。最终宋军寡不敌众，丞相陆秀夫身背少帝赵昺，投海自尽，许多忠臣追随其后，十万军民跳海殉国，中华精英尽丧于此，所以有“崖山之后无中华”之语。
通天教主虽大获全胜，但感叹人间血流成河，道统已亡，玉帝如来等也觉昔日愚弄众生实属不智，几番论道下，众圣决定还世人一个自由，遂率领一众神仙佛道遨游天外，再不理四大部洲间事。有不愿去的散仙便留了下来，在海外仙山海岛上隐居度日，不理人间世事。也有的不忍人间道统断绝，偶尔便派一两位弟子出世，重振道统。火龙真人的弟子张三丰便是其中的杰出代表，元末明初天下大定后，在武当山立教。
唯有悟空一人，乃天地灵石所化，怜惜世人没了引导，便行走于尘世间，度化教人。但蒙元本属蛮夷，文教不兴，将异姓人看做禽兽无异，悟空叹息下，便沿昔年西行之路继续向西，竟寻得一片名为欧罗巴的新大陆，心下大喜。不料探访下此处蛮夷日久，教化程度远不如唐宋，只得挑些道门中粗浅的自立、制器之学，传于那方。
传法时，为使人信服，大圣曾使出神通，使太阳三日不落。后日，欧罗巴民众借孙大圣所传学问兴起于世间，其中一边陲岛国感念当年大圣传法的恩德，故自号“日不落帝国”，此乃后话。
大圣传道完毕，自觉心愿已了，遂驾云返回花果山，将一身神通散化为灵气还于天地，在猴子猴孙陪伴下终老于花果山，死后仍化为一块仙石。
自悟空化石仙去，山上生灵也逐渐散去，花果山日渐凋敝，年深日久，世人已不知此处为当年胜地，只唤做大荒山无稽崖。后茫茫大士、渺渺真人路过此间，发觉此石不凡，将其化为通灵宝玉，送入凡尘做了红楼一梦。这一梦也成了中华文明最后的绝响。