【一】在DA之前西島及姬川作為被選招的孩子們在數碼世界冒險，與黑暗四天王交戰。西島等人的數碼獸在恆常性附身姬川的作用下進化為四聖獸，姬川的拍檔數碼獸百萬龍獸（食夢獸）淪為對招的犧牲品。戰鬥的結果四天王被逐，四聖獸墜地。西島與姬川回到日常生活中正常上學，姬川一直致力於尋回搭檔，兩人之後進入ZF。
【二】DA TV劇情後，啟示錄獸的數據摻入新誕生的數碼蛋（緬庫獸）中，因為潛藏著的風險，恆常性選擇芽心作為緬庫獸的人類夥伴，希望能抑制住它的暴走。在芽心爸爸研究緬庫獸的過程中，得知緬庫獸是特殊的數碼獸，而它一旦脫離芽心就會變得兇暴化做出傷害他人的舉動。
【三】5，6年後，玄內與ZF接觸，會通過歪曲來到現實世界暴走的感染數碼獸產生，姬川跟玄內做了交易為了自己的搭檔能因reboot重生，成為了世界樹的手下。02四人被擊倒，行方不明。
【四】Tri.第一章望月芽心搬家到東京，轉學月島高中，周遭開始出現感染數碼獸。在對抗感染古加獸的戰鬥中，DA八人八獸因ZF機構的調度重新聚齊，殘存的古加獸被阿爾法獸抓回。緬庫獸與芽心走失，芽心在尋找過程中結識八人。阿爾法獸出現在現實世界攻擊緬庫獸，太一等人以奧米加獸將其擊退。
【五】Tri.第二章DA組跟芽心泡澡，辦文化祭。光子郎接收到姬川匿名發來的郵件【森羅萬象是,表裡一體,尋求真正的力量，要知曉黑暗，並跨越過去】。文化祭舉辦中，獅子獸帶來的緬庫獸在姬川的設計下，被偽裝成凱撒的玄內抓走。在丈美的努力下，薔薇獸與維京獸將疑似夥伴的感染帝皇龍獸打成粉塵，奪還了緬庫獸。然而緬庫獸因對感染獅子獸的恐懼，將獅子獸大卸八塊，逃入數據空間。
【六】Tri.第三章嶽光兩人拜訪一乘寺家但沒人應答。數碼獸們陸陸續續被感染，恆常性附體光告知了為了避免數據世界的毀滅，在下一次緬庫獸出現時要啟動reboot。緬庫獸的暴走進一步升級，進化成緬破獸。reboot的倒計時結束前，緬庫獸保存了全數碼獸的記憶數據。為了找回同伴，DA八人經由一乘寺賢的D3機再度回到數碼世界。
【七】Tri.第四章在跟搭檔再度培養感情的DA組遭受到無限龍獸的襲擊而分散。芽心因監製自己都不知道的原因來到數碼世界並與緬庫獸和好。姬川得償所願見到了復活的食夢獸，但是因為對方不再認識自己而精神失常漫無目的的行走。孩子們匯合後，在一番激戰下，玄內帶領的無限龍獸及鋼鐵海龍獸慘死。緬庫獸因芽心疑似被玄內搞斷氣再度暴走。
【八】Tri.第五章感染數碼獸在各地破壞，哈克獸向西島等人告知緬庫獸成為了過大的威脅將進行驅除。太一等人因為恆常性的意志開始被數碼世界驅趕。回到現實世界後，緬破獸再度出現並進化為更為強力的拉貴爾獸，存在就令周圍的建築崩毀。傑斯獸，阿爾法獸，奧米加獸，拉貴爾獸四方混戰，太一因追逐芽心時被戰鬥波及到與西島一同掉落深淵。因哥哥生死不明，光的負面情緒使座天使獸墮落形態出現，被拉貴爾獸吸收強化為秩序獸入侵現實世界。姬川在深潛者的包圍下迷失在黑暗之海中。
【九】Tri.第六章秩序獸的出現使恆常性要進行兩個世界的reboot。02組在地底設施的膠囊中跟太一一同被西島發射到現實世界，西島boom。光因為巫師獸的引導與迪路獸對話，得知所有光都在緬庫獸之中的話語，那即是說所有數碼獸的記憶都儲存在緬庫獸身上的意思。用dandan解鎖封存的記憶後，大家的記憶都被取回，reboot終止。秩序獸因為世界樹補充數據再度啟動，奧米加獸跟六獸合體為慈悲形態，一刀兩斷秩序獸。事件後偽玄內回收了啟示錄獸的數據，芽心搬家，世界樹被恆常性強制關機。
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