【一】在DA之前西岛及姬川作为被选招的孩子们在数码世界冒险，与黑暗四天王交战。西岛等人的数码兽在恒常性附身姬川的作用下进化为四圣兽，姬川的拍档数码兽百万龙兽（食梦兽）沦为对招的牺牲品。战斗的结果四天王被逐，四圣兽坠地。西岛与姬川回到日常生活中正常上学，姬川一直致力于寻回搭档，两人之后进入ZF。
【二】DA TV剧情后，启示录兽的数据掺入新诞生的数码蛋（缅库兽）中，因为潜藏着的风险，恒常性选择芽心作为缅库兽的人类伙伴，希望能抑制住它的暴走。在芽心爸爸研究缅库兽的过程中，得知缅库兽是特殊的数码兽，而它一旦脱离芽心就会变得凶暴化做出伤害他人的举动。
【三】5，6年后，玄内与ZF接触，会通过歪曲来到现实世界暴走的感染数码兽产生，姬川跟玄内做了交易为了自己的搭档能因reboot重生，成为了世界树的手下。02四人被击倒，行方不明。
【四】Tri.第一章望月芽心搬家到东京，转学月岛高中，周遭开始出现感染数码兽。在对抗感染古加兽的战斗中，DA八人八兽因ZF机构的调度重新聚齐，残存的古加兽被阿尔法兽抓回。缅库兽与芽心走失，芽心在寻找过程中结识八人。阿尔法兽出现在现实世界攻击缅库兽，太一等人以奥米加兽将其击退。
【五】Tri.第二章DA组跟芽心泡澡，办文化祭。光子郎接收到姬川匿名发来的邮件【森罗万象是,表里一体,寻求真正的力量，要知晓黑暗，并跨越过去】。文化祭举办中，狮子兽带来的缅库兽在姬川的设计下，被伪装成凯撒的玄内抓走。在丈美的努力下，蔷薇兽与维京兽将疑似伙伴的感染帝皇龙兽打成粉尘，夺还了缅库兽。然而缅库兽因对感染狮子兽的恐惧，将狮子兽大卸八块，逃入数据空间。
【六】Tri.第三章岳光两人拜访一乘寺家但没人应答。数码兽们陆陆续续被感染，恒常性附体光告知了为了避免数据世界的毁灭，在下一次缅库兽出现时要启动reboot。缅库兽的暴走进一步升级，进化成缅破兽。reboot的倒计时结束前，缅库兽保存了全数码兽的记忆数据。为了找回同伴，DA八人经由一乘寺贤的D3机再度回到数码世界。
【七】Tri.第四章在跟搭档再度培养感情的DA组遭受到无限龙兽的袭击而分散。芽心因监制自己都不知道的原因来到数码世界并与缅库兽和好。姬川得偿所愿见到了复活的食梦兽，但是因为对方不再认识自己而精神失常漫无目的的行走。孩子们汇合后，在一番激战下，玄内带领的无限龙兽及钢铁海龙兽惨死。缅库兽因芽心疑似被玄内搞断气再度暴走。
【八】Tri.第五章感染数码兽在各地破坏，哈克兽向西岛等人告知缅库兽成为了过大的威胁将进行驱除。太一等人因为恒常性的意志开始被数码世界驱赶。回到现实世界后，缅破兽再度出现并进化为更为强力的拉贵尔兽，存在就令周围的建筑崩毁。杰斯兽，阿尔法兽，奥米加兽，拉贵尔兽四方混战，太一因追逐芽心时被战斗波及到与西岛一同掉落深渊。因哥哥生死不明，光的负面情绪使座天使兽堕落形态出现，被拉贵尔兽吸收强化为秩序兽入侵现实世界。姬川在深潜者的包围下迷失在黑暗之海中。
【九】Tri.第六章秩序兽的出现使恒常性要进行两个世界的reboot。02组在地底设施的胶囊中跟太一一同被西岛发射到现实世界，西岛boom。光因为巫师兽的引导与迪路兽对话，得知所有光都在缅库兽之中的话语，那即是说所有数码兽的记忆都储存在缅库兽身上的意思。用dandan解锁封存的记忆后，大家的记忆都被取回，reboot终止。秩序兽因为世界树补充数据再度启动，奥米加兽跟六兽合体为慈悲形态，一刀两断秩序兽。事件后伪玄内回收了启示录兽的数据，芽心搬家，世界树被恒常性强制关机。
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