在《三國演義》中，華佗被曹操所殺，曹操有頭痛病，華佗認為曹操頭痛是因中風引起的，病根在腦袋中，不是服點湯藥就能治好的，需要先飲“麻肺湯”(按：也就是人們所熟知的“麻沸散”，是華佗發明的一種麻醉劑)，然後用利斧砍開腦袋，取出“風涎”，才可能去掉病根。
多疑的曹操以為華佗是要藉機殺他，為關羽報仇，於是命令左右將華佗收監拷問，致使一代神醫屈死在獄中，而華佗所著的《青囊書》也因此失傳。
小說家之言不能能正史看，那麼在歷史上，華佗是怎麼死的呢？
華佗是歷史上的名醫，這眾所周知，但是華佗本不是醫生，而是士人，他是半路出家為醫，雖然以醫術精湛而名聞天下。但是， 在中國古代社會里，“萬般皆下品，唯有讀書高”和“學而優則仕”是眾多讀書人的信條。華佗所生活的東漢時期，社會上讀書做官的熱潮已經達到頂點，公卿大多數是熟悉經術者，漢順帝時太學生多達3萬人，學儒讀經成為社會風尚，而醫藥技術雖為上至帝王、下至百姓所需，但卻為士大夫所輕視，醫生的社會地位不高，名醫棄醫從政的例子很多。 《三國志》記載，“然本作士人，以醫見業，意常自悔”，一語道破了華佗走上從醫道路以後的心態。同當時大多數讀書人一樣，入仕做官也是華佗的人生目標，從醫只是他的“業餘愛好”。
華佗想走仕途這並沒有錯，水往低處流，人往高處走，但華佗錯在利用醫術謀求官職，暴露了沒有醫德的弱點，最後葬送了自己的性命。
曹操屢次手書招呼，又敕令郡縣發遣，而“（華）佗恃能厭食事，猶不上道”。曹操遂“大怒，使人往檢”，但是他還是小心地先求證了一下，沒有就此給華佗定罪：“若妻信病，賜小豆四十斛，寬假限日；若其虛詐，便收送之。”於是華佗謊言被揭穿，下獄。
在華佗下獄後，曹操手下的頭號謀臣荀彧為華佗求情，說：“佗術實工，人命所縣，宜含宥之。”而曹操不從，並說：“不憂，天下當無此鼠輩耶？” 顯然,曹操認為,像華佗這樣的人有的是,不足珍貴。
作為一個醫生，把為病人治病當作一個走上仕途的手段而故意拖延並以此為要挾，華佗此舉實在是有損醫德，是可稱為無良醫生，曹操對他看不起，當是在情理之中。
所以在華佗死後，曹操頭風病雖然還是時時發作，但亦終不悔，並道：“佗能愈此。小人養吾病，欲以自重，然吾不殺此子，亦終當不為我斷此根原耳。”此話一針見血，道出了華佗的心思和華佗被殺的原因。可嘆華佗一代神醫，醫術固然一流，卻錯估曹操，一世英雄如曹操豈是輕易被威脅的人？
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