美术研究科（Fine Arts）——上野校区
美术研究科的课程是在本科所学的基础上，要求学生学习更加专业性的知识，用更加广泛的视野来理解艺术。目的是为了培养出活跃在在国际艺术界的人才。
美术研究科在进行彻底的个人指导的同时非常重视实技教育的课程。为了发挥出个人的创造力，进行创作研究实践的教育，培养出作为创作者、研究者能担负起领导作用的人才。
研究科的课程设置是为了使学生们可以实现自由地进行创造性发现的研究创作。从对现代美术追求的社会性的角度来看，研究科为学生提供了能够进行主体的创作活动的环境、确保了超越大学条框的创作据点、让学生在与社会的交流中培养创造力。此外，为了提高学生个人的才能，特别提供了可以相互学习、相互切磋的教育研究环境，在设置了各种奖励制度的同时，还会开展作品的讲评会等活动以扩展感受艺术的视野。另外，研究科还展开了教师的创作研究活动以推进学生的创作能力。
音乐研究科（Music）——上野校区
东京艺术大学的大学院院音乐研究科在昭和38年开设了硕士课程，在昭和52年设立了博士课程，最初的音乐研究科所开设的专业有作曲、声乐、器乐、指挥、日本音乐、音乐学6个专业。在昭和44年开设立音乐教育专业，昭和51年开设音乐学专业，平成11年开设了古乐（器乐专业）·应用音乐学（音乐学专业），在平成15年开设音乐文艺（音乐学专业）作为新的研究领域，最新设置的课程是平成18年加入的音乐音响创造·艺术环境创造的2个领域。
音乐研究科从高度的专业性和广阔的视野出发，为学生传授关于音乐的知识和技术，以提高学生在音乐的各个领域方面的创造力、表达力、研究力或与从事音乐相关职业的能力。在授课方面，此研究科注重实际技巧的同时也非常重视基础理论研究方向，音乐研究科以培养出可以进行独立创作和研究的研究人才为目的，而不仅仅是优秀的表演者（演奏家、作曲家、指挥家）。
映像研究科（Film and New Media）——横滨校区
映像研究科是没有学部的独立大学院，仅有硕士课程和博士课程，从2005（平成17）年设置的电影专业开始，陆续开设了媒体影像专业和作为博士课程的影像媒体学，在2008（平成20）年，研究科还设置了动画专业。映像研究科是作为国立的影像研究教育机构而设立的，另外，研究科也与海外多所大学进行了合作。
在映像研究科的课程中，不仅为学生们传授影像相关的专业知识，并且以培养出能独自创作的艺术家和研究者为教学目标，一方面培训学生的专业知识，另一方面提高学生的专业技能。
国际艺术创造研究科（Global Arts）——千住校区
在全球化不断发展的时代中，国际艺术创造研究科的教育目的是，通过与世界的交流，以多样的价值观以新的角度来表现艺术，开展创造和实践艺术文化活动，并培养出理论化的人才。
面对着全球化的发展，国际艺术创造研究科带领学生从美术、音乐、影像等多个视角来了解艺术风格，以培养可以自身发现艺术文化的新的存在方式的实践型人才为目标，为实现这一目标，研究科会让学生在学校期间也可以参与计划、筹划以及经营展览会、演奏会、艺术创造和文化政策等，研究艺术与社会的关系。
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