王國寶的死讓王恭退兵了，司馬道子也得到了喘息之機。但是自古以來造反能有全身而退的嗎？這種事情都是不成功便成仁的，絕對沒有第三條路。
就好比說我因為看不慣公司領導看中的一個員工，把公司的領導罵了一頓，完了領導不但不能生氣，還要把他看中的員工開除了。如果這樣我還能淡定呆在公司裡繼續上班，那不是我傻缺就是公司太偉大。而東晉這間公司，絕對不是偉大的公司，東晉的領導也不是偉大的領導。所以王恭的命運，已經很危險了。
當初王恭起兵，叫了殷仲堪，而琅琊王氏的王廞也起兵響應了。這一下本來是不破樓蘭終不還的，結果王恭看到自己的同族王國寶死了，就真的退兵了。殷仲堪本來也沒出兵，看到大家都停了，自己自然就坡下驢，說：散了散了，回家吃飯。而可憐就可憐在王廞這裡，他是真的出兵動真格的，加上自己起兵的地點又是離京城最近的三吳地區，本來想著你們在前面死磕，我在這湊熱鬧趁火打劫撈一把。沒想到王廞這邊剛開始殺人搶劫，那邊大夥就都散了。自己一下子成為了關注焦點，處境十分尷尬。
就好比本來說好的大家一起反抗公司領導，逼迫公司升職加薪，結果一個看到領導就變臉了，一個根本就是吹牛的。而入戲太深的自己啥都沒想就站出來罵領導，還帶著幾個小跟班在公司門前鬧。本以為是助興的，結果馬上成了第一鬧事人。這樣就藥丸（要完）了。
這一招實在是狠，王恭之前是得罪過領導的，那是把司馬道子弄得灰頭土臉的。王廞既然都站出來鬧事了，後悔是後悔不了了，既然這樣，就假裝為朝廷出氣，討伐違抗上級的王恭，給朝廷爭回榮譽。
王廞也知道自己的實力不能和王恭的北府兵死磕，所以他就寫信給了司馬道子，說你支持我，我們一起把造反的王恭打敗，到時候分他的地盤，一雪前恥。
這對司馬道子來說簡直就是送上門的枕頭啊，剛想瞌睡就來了這樣一個消息。跟設想的是契合的。就算暗送秋波後也失敗了，也可以自己被奸臣脅迫了，找個理由推脫下那是完全ok的。
本來是一個完全可以一試的方案，但司馬道子不知是害怕了還是怎樣，直接就拒絕了，一點機會都不給。搞得王廞糊里糊塗的，只能一個人去應付王恭。
公元397年五月，在王國寶剛被處死不久，王廞和王恭就展開了新的大戰。這一戰，本來力量就十分懸殊，而王廞不知是想出奇兵還是怎麼的，竟然還運用了娘子軍，在自己的軍隊中大量安排女將士和女兵。封女的為貞烈將軍，安排女士兵站崗執勤打仗，甚至還安排一個過百歲的婆婆做了軍中司馬，看來佘太君百歲掛帥這種事情，在東晉就已經上演過了，也是一個大新聞了。
為啥王廞會做出這樣奇怪的舉動呢，有的學者研究說這可能跟琅琊王氏信奉天師道有關係，也有的說王廞是一位女權主義者，各種說法都有。但無論啥都好了，結果那是不用說的。本來男的軍隊都不是北府兵的對手了，派一群女的，還安排一個百歲奶奶，那就更不用說了。
在劉牢之的北府兵面前，王廞很快就被打敗，下落不明。
王恭打敗了王廞，這一下子讓司馬道子更加害怕，雖然王恭上表請求自己這樣做是錯誤的，應該被貶謫，但是司馬道子怎麼敢動他，硬是說你這樣是為國除害，值得表揚，把王恭請求自貶的上疏駁回了。
經歷了兩次叛亂的司馬道子認識到自己處境是多麼危險了，一定要謹慎小心才行。於是他開始進行新的勢力劃分，想著慢慢把優勢找回來。
首先是安排司馬尚之和司馬休之兩兄弟輔佐自己（司馬尚之在王恭起兵時建議不能把王國寶的案件牽連過廣，有一定的主見）；然後聽從司馬尚之的意見，在公元398年安排王愉作為江州刺史，都督四郡軍事，用來防備王恭和殷仲堪的軍事威脅（王愉是王國寶的長兄，桓溫的女婿，太原王氏人）。
司馬道子為了安插勢力對抗王恭和殷仲堪，卻先得罪了另一個大家族的人物，這就是已經是明日黃花的庾氏大家族（好久都沒說這個家族了）。
潁川庾氏當年可謂是無所不能的大家族，就是被桓溫給幾乎殺光了，導致青黃不接十分狼狽，墮落到今天這個不受關注的地步。但你要說庾氏真的沒能耐了，那就不對了。瘦死的駱駝比馬大，庾氏其實還是有殘存實力的，比如現在的庾楷（庾亮的孫子），身為豫州刺史，佔有一席之地。而司馬道子一看姓庾的，不知道啥，想著就把豫州的四個郡給順手分給了王愉（王庾兩家又有恩怨了）。
庾楷這人嘛，本來是依附於王國寶的，想著司馬道子會念在當年的感情不把觸手伸過來。沒想到這司馬道子卻誰都不觸犯，偏偏就搞到自己頭上來了。
這一下子司馬道子真的是走錯棋了。庾楷還先禮後兵，寫了一封信給司馬道子，說豫州位置危險，是北方的前線，承擔著北方入侵的壓力，這樣一分，會容易發生變故。
站在國家安全的高度來審視這個局勢，怎麼也該認真開個會討論下吧，起碼也意思意思。結果司馬道子直接就一封詔令否決了，這架勢，跟面對王恭時簡直判若兩人，典型的欺軟怕硬的幹活。
既然書信語言你聽不懂，那就只好用拳頭語言了，畢竟暴力是所有人都聽得懂的語言。庾楷決定——反了你的。
庾楷派出自己的兒子庾鴻親自趕往京口找到了王恭，說一起合謀，推翻司馬尚之兄弟，就跟推翻王國寶那樣。
王恭在第一次成功起兵後，自己也飄飄然了，況且手下還有北府兵，自然就更加自信了。於是就答應了庾楷的合謀，想著找一天再次起兵。
王恭起兵當然不會忘了拉上荊州那邊的殷仲堪。一封書信就到了殷仲堪手裡。殷仲堪拿到書信就好像中了彩票一樣，當時就召開了會議，在大會上他表明了立場：今日王恭再次舉兵，勢將攻無不克。我上年緩兵不前，已失信於王恭，現可整頓軍隊及早出徵，參加建功稱霸的行列。
於是殷仲堪叫上廣州刺史桓玄和自己的手下楊佺期，三人個率大軍出擊討伐司馬尚之兄弟。殷仲堪自己親率主力兩萬人，沿江東下，直逼建康。
公元398年七月，戰端再起。這一次，王恭聯合殷仲堪、桓玄、庾楷共同出兵，比去年的形勢浩大。大夥一致推舉王恭為這次討伐的盟主，目標直指建康。
庾楷的這一次煽動，可以說影響巨大。司馬道子沒想到自己一個決定會引發這麼多的連鎖反應，於是就馬上寫信給庾楷，說小庾，你別支持王恭，我這邊代表的是國家政府的正義力量，官方的，你加入我這邊，我們一起搞掉王恭。
最近有一個十分流行的定律被很多人提起，叫塔西佗陷阱，說的是：一旦皇帝成了人們憎恨的對象，他做的好事和壞事就同樣會引起人們對他的厭惡。之後被中國學者引申成為一種現社會現象，指當政府部門或某一組織失去公信力時，無論說真話還是假話，做好事還是壞事，都會被認為是說假話、做壞事。
在眾叛親離的情況下，司馬道子只好求救於自己的兒子司馬元顯，這是他最後的依靠了。司馬元顯看到幾個家族的人都起兵，也不是很慌張，他看準了主要矛盾，於是建議決戰到底，目標就一個——王恭！
司馬道子已經沒心思如何思考了，於是他任命司馬元顯為征討都督，加黃鉞，帶領王珣、謝琰等人抵抗王恭（名人倒是挺多的）。
王恭有了第一次的成功，這一次就開始飄飄然了，殷仲堪寫信給王恭，相約一起出擊的，兩面照應。因為是密信，所以藏在箭的主幹中間，讓庾楷轉手交給王恭。結果傳到王恭手裡時，時間過去了許久，信的字跡都變樣了，不能分辨出是誰寫的。這讓王恭有了懷疑，他又想起了去年殷仲堪擁兵不前，於是就以為是庾楷寫的假信。所以王恭並沒有理會殷仲堪，決定跟去年那樣，獨自帶兵出擊。大將劉牢之急忙上前勸諫，被王恭給一口回絕了，說劉牢之這樣的鄉下人根本不懂用兵。
王恭自己出兵了，口號是討伐奸臣王愉和司馬尚之兄弟。而朝廷那邊已經從驚慌失措到了力主抗戰了。王恭再想跟以前那樣不費吹灰之力獲勝，已經是不可能了。
王恭出兵後，司馬元顯開始著手想著怎麼破敵了。他明顯比王國寶要聰明，沒想著去請教別人落入圈套，而是精準地看到了王恭的弱點。這個弱點就是，王恭仗著自己是貴族人物，看不起手下那群北府兵將士。而矛盾最深的就是王恭和劉牢之，幾乎要鬧掰那種。
劉牢之是何方神聖，一句話說白就是武將世家，爺爺爸爸都是大將，可以說典型的戰鬥家族（比戰鬥民族少點）。而王恭這種文人世家，最看不起的就是武將。在整個六朝，世家大族們對上陣殺敵的武將都是鄙視的，就算自己身為將軍，那也是舞文弄墨的。王羲之這家就是典型的，自己是右軍將軍，書法寫的一級棒，但是騎馬都不會，要人在前面牽著。現在王恭這個暴發戶貴族，更不會跟出身北府兵的劉牢之好。劉牢之也看不起王恭，覺得這人實在沒有當將領的能力，就是靠著家族背景才這樣。雙方就在互相看不順眼中度過了一段日子。
司馬元顯很明白，王恭能夠這樣肆無忌憚起兵，全靠手下的北府兵，所以他看準了關鍵，想著把劉牢之策反，應該叫投誠。
找到突破口馬上就行動，司馬元顯派出親信廬江太守高素（名字都特別不一樣的，緊急情況要走高速）去跟劉牢之交談投靠黨國的事情。
劉牢之果然和王恭存在著巨大的矛盾，他對這次出兵也出言相勸，認為這次不是那麼容易，結果還被王恭數落一番，十分狼狽。有問題就讓我們出面，等到沒事了，就開始又打又罵的，把北府兵當啥了。所以劉牢之聽到高素的來意後，沒有猶豫多久就說了：你的條件是什麼？
高素是以國家的名義來說話的，條件能少嗎？等你投誠了，王恭的一切都是你的。
這一個安排對於劉牢之這樣的武將來說，實在是巨大的誘惑，那可是許多人一輩子都不會達到的，特別是武將。於是劉牢之當即就決定，投靠國家，做愛國者，不做叛國賊。
密謀達成，按常理來說王恭那是死定了。結果意外發生了，不是別的，就是劉牢之通敵的事情走漏了，知道這消息的人是王恭的參軍何澹之。何澹之不是傻的，他知道劉牢之叛變會有怎樣的結果，那自己會人頭落地的。所以何澹之馬上就跟王恭告密了。
密謀走漏，按常理來說劉牢之那是死定了。結果意外發生了，不是別的，就是劉牢之通敵的事情王恭不信。王恭認為，何澹之和劉牢之兩人雖然名字都有之，但是平時裡兩人矛盾巨大，互相看不順眼，幾次都差點打起來，現在何澹之想著藉著非常時刻剷除異己，實在是太可惡了。想讓我大戰之前殺主將，是不是當我傻。我現在就要證明給你看，我是多麼信任我安排的主將的。
本來還是看不起劉牢之的王恭，因為聽到別人說劉牢之叛變而一下子變得對劉牢之愛慕有加。不單隻不怪罪人家，反而在軍中設下了宴席，親自宴請劉牢之。在宴會中王恭還當著眾多將領的面說：我要和劉將軍結拜為兄弟，認劉將軍為兄長（這王恭該不會是傻的吧）。
這下子一弄，大夥都蒙了，咋這麼突然啊？發生了什麼？
就在大夥還不明就裡的時候，王恭還下令，北府兵由劉牢之帶領，一切行動聽劉牢之的，同時任命劉牢之為前鋒。
完了，這下不完就說不過去了。王恭你們太原王氏人就那麼喜歡玩作死的事嗎？劉牢之才不會被你這樣一拉攏就心軟，人家那可是殺人長大的，那心簡直就是石頭一樣堅硬，跟著你最多就這樣，跟著國家，那就是貴族了。
劉牢之在獲得了大軍統領權後，帶著軍隊就開路出發了。
走到了竹裡這地方後，劉牢之殺死了手下將領彥延，正式宣佈投靠朝廷，起義。
叛變了必須要快速行動，趕在別人準備前把局勢控制住。劉牢之明白現在還不是慶祝的時刻，馬上命令兒子劉敬宣和高雅之帶兵去抓拿王恭，務必在王恭反應過來前控制住局勢。
劉敬宣和高雅之分頭行動，帶著軍隊就出發了。而王恭這時正在城外打算閱兵，檢閱一下即將開戰的部隊。結果劉敬宣帶著大軍閃現一樣就衝殺了過來，那些受檢閱的部隊只會踢正步走直線，打仗根本不懂，於是一下子四散而逃。王恭看情況不妙，當時就想著回城裡死守。結果到城門口才發現，高雅之已經進城關門了。
無路可退的王恭只好坐上自己的馬逃跑，想著去曲阿這個地方。本來說這也撿了一條命，還有機會。但是王恭實在是嬌生慣養慣了，對於騎馬這種事情根本不習慣，沒走多遠，自己的大腿內側就長了瘡。無奈之下只好下馬慢慢走。走了一路，竟然碰上了熟人殷確。殷確很殷勤，就說用船送王恭去桓玄那。結果到長塘湖的時候，王恭就被告發而被抓了（這造反也是無語了）。
公元398年九月十七日，王恭被壓往倪塘處斬。雖然這次造反失敗了，但是王恭卻沒有因為要被處死而害怕，反而在臨刑前十分淡定，一邊吟誦佛經，一邊還整理髮型。在押到刑場時，還對監刑者說了這樣一段遺言：我王恭愚昧無知，過於相信他人，以致於有今日敗局。但我的內心依舊是忠於國家社稷的！百代之後人們是知道我王恭這個人的！
說完仗義赴死。他的家族也一起被處死。死後人們發現王恭家裡沒有多餘的錢財布帛，只有一些書籍而已，人們都十分嘆息。
太原王氏到這裡，已經基本上沒有未來了。王恭臨死前曾經對一個縣令說：我還有一個庶子沒有被查出來，現在藏在乳母家中，請你幫我送到桓南郡家中寄養。縣令答應了他，把他送到了夏口，桓玄接過來代為撫養，長大後這人叫王曇亨，在東晉末年還當過官，也算是太原王氏僅存的命根了。
那麼王恭死後，殷仲堪他們那邊會怎樣呢？
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