朱元璋幼時貧窮，曾為地主放牛，1344年（元至正四年），入皇覺寺，25歲時參加郭子興領導的紅巾軍反抗元朝，1356年（至正十六年）被部下諸將奉為吳國公。同年，攻佔集慶路，將其改為應天府。1368年（至正二十八年）朱元璋擊破各路農民起義軍後，在應天府稱帝，國號大明，年號洪武。
洪武元年（1368年）七月，朱元璋的各路大軍沿運河直達天津，二十七日進佔通州。八月，明軍進逼北京，元順帝帶領三宮后妃、皇太子等開健德門逃出大都，經居庸關逃奔上都，元朝貴族大部分都棄城而走，全部逃往蒙古草原。其餘庫庫帖木爾、李思齊等手握重兵勇於內戰的軍閥，在明軍攻來時，全部逃跑。
蒙古在中原98年的統治結束，明朝取得了在長城以內地區的統治權，中國再次迴歸到漢族建立的王朝的統治之下，同時丟失四百年的燕雲十六州也被收回。朱元璋的明軍結束了蒙元在中原的統治，平定四川、廣西、甘肅、雲南等地，最終統一中國。
朱元璋在位期間，下令農民歸耕，獎勵墾荒，大搞移民屯田和軍屯，組織各地農民興修水利，大力提倡種植桑、麻、棉等經濟作物和果木作物、他還徒富民，抑豪強，下令解放奴婢等等。經過洪武時期的努力，社會生產逐漸恢復和發展了，史稱洪武之治。
1380年（洪武十三年），朱元璋廢丞相，設承宣布政使司、提刑按察使司、都指揮使司三司分掌權力，進一步的加強了中央集權。1398年（洪武三十一年），朱元璋病逝於應天，享年71歲，廟號太祖，諡號開天行道肇紀立極大聖至神仁文義武俊德成功高皇帝，葬南京明孝陵。
明孝陵位於江蘇省南京市玄武區紫金山南麓獨龍阜玩珠峰下，東毗中山陵，南臨梅花山，位於鐘山風景名勝區內，是明太祖朱元璋與其皇后的合葬陵墓。因皇后馬氏諡號"孝慈高皇后"，又因奉行孝治天下，故名"孝陵"。其佔地面積達170餘萬平方米，是中國規模最大的帝王陵寢之一。
經過勘探，明孝陵所在的獨龍阜原本是一座堅固的石頭山。有些皇陵是從上往下扒開一個深穴，建好後再封起來，但明孝陵卻是橫向鑿入山體，從內部掏空建玄宮，這種橫穴式的方法雖然工程浩大，但十分堅固，在沒有炸藥的情況下，古代盜墓賊從頂部向下打盜洞根本行不通。
橫穴式設計使墓道成為盜墓賊的唯一通道。為了隱藏好墓道，修建明孝陵的工匠也是費盡心機。通過精密磁測，考古人員探測到，墓道並不是人們想象中在正中間，而是偏在一邊，這種反常規的設計讓許多盜墓賊無功而返。
但是經過專家們對史料和孝陵的考察發現，朱元璋或許並沒有葬在孝陵，那裡只是他的疑冢，真正的朱元璋墓只有朱允炆一人知曉。據說在朱元璋臨死之際，把朱允炆叫到了跟前，囑咐了他一件重大的秘密。這就是朱元璋的身後之事，他在臨死時給世人留下了一個千古的謎題。
他讓朱允炆在他死後七天就出殯，不用等其他在外就番的諸王。當時由於時間很短，朱元璋的其他兒子都在外地就番，根本來不及回京祭拜。而且在送葬的當天，南京城的十三個城門都有出殯的儀仗隊，陣容也是完全相同，讓人難分真偽，世人和眾大臣也都不知道究竟那一支隊伍才是朱元璋真正的送葬隊伍，讓人也不清楚朱元璋究竟葬在了哪裡。
對於朱元璋的埋葬之地，世人提出了猜測：朱元璋沒有葬在明孝陵地宮裡，而是葬在了南京的朝天宮，也就是南京的萬歲山，玄武湖附近也是重點懷疑位置，更是有人說朱元璋是魂歸故里了。朱元璋這位偉大的布衣皇帝真正的埋葬地至今無人能夠確定，他臨死時還給世人設計了這麼一個重大的陰謀，數百年過去了，至今無人能夠破解這個秘密，這或許就是朱元璋的聰明之處吧，避免了陵墓被盜，在另一個世界得到了安寧的生活。
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