明萬曆四十七年，公元1619年，努爾哈赤攻下了葉赫城，葉赫首領金臺石被捉。據說，金臺石臨死時大喊：我生前不能存葉赫，死後有知，一定不使葉赫絕種，即使剩下一個女人，也要報仇雪恨！也許以這個傳說為藍本，傳出了清廷宮中后妃不選葉赫的祖制。
一天，努爾哈赤經過葉赫寨，葉赫的首領揚吉努提出，要把自己的小女兒嫁給他，努爾哈赤答應了。不久，揚吉努兄弟因觸犯明朝，被朝廷設計誘殺。他們的兒子布齋和納林布祿分別繼為貝勒。萬曆十六年（1588），揚吉努的兒子納林布祿實踐其父生前許下的婚約，把14歲的妹妹送給努爾哈赤為妻。揚吉努的小女兒就是葉赫納拉氏，名孟古姐姐。據說，孟古姐姐面如滿月，丰姿妍麗，莊敬聰惠，詞氣婉順，得譽不喜，聞惡言愉悅不改其常，不好諂諛，不信讒言，耳無妄聽，口無妄言，不預外事，殫誠畢慮侍奉努爾哈赤。這可能有溢美之辭，但是至少說明孟古姐姐確實端莊、賢惠，要不然她也不可能得到努爾哈赤那樣多的寵愛。她生下了皇太極，皇太極繼位後被追諡為孝慈高皇后。
葉赫與建州聯姻時，儘管可能有些私心，但至少表明那個時候兩個部落、兩個家族的關係還是融洽的。
努爾哈赤起兵以後，一路勝利進軍，勢力逐漸壯大。葉赫感到自己的優勢受到了威脅。再者，明代與女真的貿易往來頻繁，以開原為貿易基地，女真各部的馬匹、貂皮、參、松、榛、蘑菇等重要物產，關內各省的手工業產品都在這裡交易，沿途的烏拉、輝發等部就可以憑藉地理優勢從中取利。尤其是葉赫、哈達兩部，葉赫市在鎮北關，稱北關，哈達市在開原的廣順關，稱為南關，一北一南，穩享開原貿易之利。努爾哈赤起兵以後，掐斷開原與北方各部的通道，這給南北兩關的經濟都造成了嚴重影響，兩地蕭條了下去。
但是此時在葉赫首領看來，努爾哈赤還羽翼未豐，勢力不夠強大，扼制其勢頭還是可以做到的。於是派了兩個使者去跟努爾哈赤說，你的地多，我的地少，你把額爾敏、扎庫木兩個地方任選一處分給我們吧。一路凱歌高唱的努爾哈赤哪裡受得了這樣的待遇，火冒三丈，下令驅逐了兩個使者。
葉赫覺得憑藉自己一部的力量太單薄，不能壓服努爾哈赤，於是聯合哈達和輝發，共同遣使去向努爾哈赤施加壓力。儘管葉赫是努爾哈赤妻子的孃家，但是努爾哈赤絲毫沒有屈從，不屑地說，我的父祖被明朝殺了，他們不但將我父祖的遺體還給我，還給我敕書、馬匹，又授予我左衛都督，不久又授予我龍虎將軍，每年給我金幣。你們的父親也被明朝殺了，可是你們收了他的遺骸嗎？努爾哈赤說得慷慨激昂，並將這個意思寫成書信，派人去當著納林布祿兄弟的面宣讀。這下，葉赫知道勸說是根本沒有用的。
於是，萬曆二十一年（1593），葉赫派兵襲擊建州的村寨。但努爾哈赤沒有退縮，他率軍進攻了哈達部的富爾佳齊寨，並且大獲全勝。同年九月，葉赫又糾結了哈達、烏拉、輝發、朱舍裡、納殷、科爾沁、錫伯、封爾察，一共九部，兵力多達三萬，兵分三路，向建州的古勒寨挺進。行軍到達古勒山，努爾哈赤用計誘敵，擊敗了葉赫九部聯軍，大獲全勝。葉赫首領之一的布齋被殺。納林布祿見其兄被殺，嚇得跌下馬來，被手下救了回去。有人說，後來納林布祿向努爾哈赤要布齋的屍體，努爾哈赤仇恨已極，親自將布齋的屍體割下一半，給了納林布祿。納林布祿受了這等侮辱，日夜啼哭，不久就抑鬱而死了。從此，葉赫與建州結下了不共戴天的仇恨。
萬曆三十一年（1603）九月，因心愛的妻子孟古姐姐，也就是皇太極的母親病危，想見自己的母親，努爾哈赤特遣使到葉赫迎接岳母。金臺石不允許，只派了孟古姐姐乳母的丈夫南太前往探視。努爾哈赤非常氣憤，斥責葉赫：無故搶掠屬於我的布察寨，又率九姓之國，合兵進攻我。兵敗之後你們自認伏輸，殺牛馬祭天地，欲結為婚姻。但是卻背棄盟約，將許給我國的女兒嫁給了蒙古。現在我的大妃生了病，想和自己的母親見最後一面，你們竟然不許！連這麼一點點關係也要斷絕嗎？並宣佈從此我們兩國又是仇國了，他將向葉赫興師問罪，搶奪城池。孟古姐姐不久去世，努爾哈赤極度悲傷，三年之後才下葬，葬於尼雅山崗。建州與葉赫的仇恨又增加了一層。
萬曆四十四年，公元1616年，努爾哈赤割據遼東，宣佈自己為金國汗，國號金，歷史上稱為後金。
萬曆四十六年（1618），在明朝的支持下，葉赫貝勒金臺石的兒子率軍進攻了努爾哈赤統治下的後金，俘獲了407人，斬殺了84人。第二年正月，努爾哈赤便給予了狠狠的報復。同年，明朝鑑於努爾哈赤太過於猖狂，東北各部幾乎都被他征服了，於是派遼東經略楊鎬率四路大軍前往剿滅。這就是有名的“薩爾滸大戰”，葉赫也參戰了。葉赫見到明軍戰敗，慌忙撤退。這次大戰之後，明朝喪師失地。為挽回遼東局勢，明朝派熊廷弼經略遼東。努爾哈赤畏懼於熊，於是調轉兵鋒，集中力量進攻葉赫。
八月，努爾哈赤率大軍徵葉赫。努爾哈赤發下誓言：不克葉赫，誓不回師！後金軍個個如狼似虎，勇猛衝殺，直至葉赫城下。
葉赫出戰不利，金臺石、布揚古分別固守東、西二城。努爾哈赤命後金軍掘地為穴，城牆倒塌，後金軍攻入城中。金臺石拒不投降，自焚未死。布揚古見東城已破，孤城無援，在得到降後不殺的保證後，才盟畢出降。努爾哈赤為防止葉赫東山再起，這次沒有履行諾言，殺了布揚古，葉赫部遂告滅亡。努爾哈赤將葉赫的平民遷到建州，入籍編旗，變成了自己的臣民。
葉赫納拉氏雖然亡國了，但是它作為滿洲貴族的地位並沒有改變。不僅如此，葉赫的子孫在清朝有許多位居要職。金臺石的兒子德爾格勒，授佐領，予三等男爵，其弟尼雅哈，授佐領，予騎都尉世職。孫子南楚，任護軍統領，襲三等男爵。尼雅哈的兒子明珠，這個康熙朝有名的權臣，由侍衛授鑾儀衛治儀正，遷內務府郎中，後擢升為內務府總管，再授弘文院學士，又歷任刑部尚書、都察院左都御使、兵部尚書、武英殿大學士，後贈太子太傅，晉太子太師，可謂是權傾一時。南楚的兒子穆佔率兵徵湖南，平雲南，後授正黃旗都統，列議政大臣。這樣出將入相的大有人在，葉赫納拉家族為大清江山可謂是立下了汗馬功勞。這且不說，繼承努爾哈赤汗位的不是別人，正是皇太極——這個葉赫家族的外甥。 清朝歷代后妃中姓納拉氏的大有人在。當然，不僅僅是葉赫納拉氏，還有烏拉、哈達納拉氏。除了皇太極的母親姓葉赫納拉氏外，努爾哈赤還有大妃烏拉納拉氏、側妃葉赫納拉氏、側妃哈達納拉氏。皇太極有繼妃烏拉納拉氏、側妃葉赫納拉氏、庶妃納拉氏。順治有庶妃納拉氏。康熙有惠妃納拉氏、通嬪納拉氏、貴人納拉氏。雍正有皇后為烏拉納拉氏。乾隆有追贈皇后烏拉納拉氏、舒妃葉赫納拉氏。道光有和妃納拉氏。在事實面前，野史所說的“祖制宮闈不選葉赫”的說法也就不攻自破了。說姓葉赫納拉氏的慈禧是為報世仇而出現的，就更加不可信了。
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