從保證生態系統完整性、更好地發揮生態效應以及有利於實施操作的角度，南京城市在發展過程中，尤其應注意強調以下幾個方面的優化和深化。
一是更加強調綠色開敞空間的比例和生態作用的有效發揮。在形成網絡性、系統性生態防護網架的基礎上，為保持綠色開敞空間對城市小氣候的改善和環境的調節作用，參照新加坡等花園城市的經驗，在整個都市發展區內要保持不少於70%的綠色開敞空間，同時森林覆蓋率不低於30%。
二是更加強調生態系統中的廊道作用。根據南京的常年主導風向，結合都市發展區內的自然地形地貌特點，要重點加強三條主要廊道的保護與控制，即東北—西南方向的靈巖山—八卦洲—長江廊道、東南—西北方向的青龍山—紫金山—玄武湖廊道、雲臺山—牛首祖堂山—老山廊道。首先，上述生態走廊地區要嚴格保護山體、水面、林木，嚴格控制建設，非綠色空間開發建設比例控制在10%以內。
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