方程最早出現在我國古代的數學著作《九章算術》中。書中描述的“方程”實際上是現在人們所說的一次方程組，方程組由幾個方程共同組成，它的解是這幾個方程的公共解。
我國古代數學家劉徽在《九章算術》的註釋中說道：“程，課程也。二物者二程，三物者三程，皆如物數程之，並列為行，故謂之方程。”“如物數程之”是指有幾個未知數就必須列出幾個等式。一次方程組各未知數的係數用算籌表示時類似方陣，所以叫做方程。
宋元時期，中國數學家創立了“天元術”，用天元表示未知數進而建立方程。這種方法的代表作是數學家李治寫的《測圓海鏡》，書中寫道的“立天元一”相當於現在的“設未知數”（x）。
在很長時期內，方程沒有專門的表達形式，而是使用一般的語言文字進行敘述。17世紀，法國數學家笛卡爾最早提出用x，y，z來表示未知數，把這些字母與普通數字同樣看待，用運算符號和等號將字母與數字連接起來，就形成了含有未知數的等式。後來，經過不斷地簡化改進，方程逐漸演變成現在的表達形式。
1859年，中國清代數學家李善蘭翻譯外國數學著作時，將equation（指含有未知數的等式）一詞翻譯為“方程”，即將含有未知數的一個等式稱為方程，而將含有未知數的多個等式的組合稱為方程組。
隨著數學的研究範圍不斷擴充，方程被普遍使用，它的作用也越來越重要。從初等數學中的簡單代數方程，到高等數學中的微分方程、積分方程，方程的類型由簡單到複雜不斷地發展。
但是，無論類型如何變化，各類方程都是含有未知數的等式，都表達涉及未知數的等量關係，解方程的基本思想都是依據等量關係，使未知數逐步化歸為用已知數表達的形式，這正是方程的本質所在。
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