目前全國各省市已經陸續開啟了領證通道，多數考生已經領到了自己的執業藥師證書，開始進入證書註冊環節。
每年6~8月，是執業藥師註冊高峰期。如今，執業藥師首次註冊、再次註冊、變更註冊均可通過全國執業藥師註冊管理信息系統辦理。與以往去省會城市現場辦理相比，這種模式為辦證人員節省了時間和經濟成本，真正實現了“數據多跑路，群眾不跑腿”。目前，北京、天津、河北等16個省（區、市）已實現執業藥師註冊網上全程辦理。
往年，按照相關要求，通過資格考試的執業藥師都需到相應省級藥品監管部門現場遞交資料，往返成本很高。有時還會因為材料不齊全，必須再跑一趟。執業藥師普遍反映的“辦事慢、來回跑”，曾經是執業藥師註冊管理中的痛點。
之前的註冊流程大致是這樣的：
為了全面推行執業藥師註冊網上全程辦理，2017年，原國家食藥監總局將“開展執業藥師註冊網上全程辦理工作”列為省局年度考核指標之一。
相比現場辦理，執業藥師註冊網上全程辦理的手續更加簡化、行政效率大為提高。執業藥師足不出戶，在網上填寫信息，上傳相關申報材料照片即可辦理。執業藥師首次註冊、再次註冊、變更註冊及註銷註冊都可以在線辦理，同時還可在線查詢辦理進度和審批結果。
已實現執業藥師註冊網上全程辦理的16個省（區、市）食藥監局還不斷優化行政許可流程，壓縮審批時限，以提供更好的服務。其中，上海市食品藥品監管局落實“馬上辦、網上辦、就近辦、一次辦”的要求，制定新的執業藥師辦事指南，在減時間、減環節、減資料等方面向所有行政相對人提供無差別便利化審批服務，將執業藥師註冊許可事項壓縮到5個工作日。河北省食品藥品監管局將執業藥師首次註冊、再次註冊及註銷註冊的審批時限也由原來法定的20個工作日，縮短為10個工作日。從2018年7月1日起，陝西省執業藥師註冊審批也實行了網上全程辦理，執業藥師可在“網上申報·窗口受理”和“網上全程辦理”兩種方式中自行選擇註冊方式。在完成審批後，根據執業藥師選擇註冊證領取方式，全省各地註冊機構將通過快遞和窗口自取兩種方式將註冊證送達到執業藥師手中。
目前，已有43965名執業藥師通過“網上全程辦理”進行註冊。實行網上辦理後，真正實現了“零見面、零收費、無紙化”辦理，省時省力，快捷方便。
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