農藥混用是現在非常常見的農藥施用方法，因為農藥的合理混用，可以提高防治效果，延緩病蟲產生抗藥性，提高防治效果，減少用藥量，防治不同病蟲的農藥混用還可以減少施藥次數，從而降低勞動成本。但是農藥混用一定要合理，否則非常影響實際藥效，甚至適得其反。
①許多藥劑不能與鹼性或酸性農藥混用，在波爾多液、石硫合劑等鹼性條件下，氨基甲酸酯、擬除蟲菊酯類殺蟲劑，福美雙、代森環等二硫代氨基甲酸類殺菌劑易發生水解或複雜的化學變化，從而破壞原有結構。
②在酸性條件下，2,4-D鈉鹽、2甲4氯鈉鹽、雙甲脒等也會分解，因而降低藥效。
③除了酸鹼性外，很多農藥品種不能與含金屬離子的藥物混用。
④二硫代氨基甲酸鹽類殺菌劑、2,4-D類除草劑與銅製劑混用可生成銅鹽降低藥效。
⑤甲基硫菌靈、硫菌靈可與銅離子絡合而失去活性。
⑥除去銅製劑，其他含重金屬離子的製劑如鐵、鋅、錳、鎳等製劑，混用時要特別慎重。
⑦石硫合劑與波爾多液混用可產生有害的硫化銅，也會增加可溶性銅離子含量。
⑧敵稗、丁草胺等不能與有機磷、氨基甲酸酯殺蟲劑混用，一些化學變化可能會產生藥害。
其次，具有交互抗性的農藥不宜混用。如殺菌劑多菌靈、甲基託布津具有交互抗性。混合用不但不能起到延緩病菌產生抗藥性的作用，反而會加速抗藥性的產生，所以不能混用。 生物農藥不能與殺菌劑混用。許多農藥殺菌劑對生物農藥具有殺傷力，因此，微生物農藥與殺菌劑不可以混用。另外，藥劑復配以不改變物理性狀為基準。即混合後不能出現浮油、絮結、沉澱或變色，也不能出現發熱、產生氣泡等現象。如果同為粉劑，或同為顆粒劑、熏蒸劑、煙霧劑，一般都可混用；不同劑型之間，如可溼性粉劑、乳油、濃乳劑、膠懸劑、水溶劑等以水為介質的液劑則不宜任意混用。
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