馬代拉河是亞馬孫河的最長支流，發源於玻利維亞安第斯山地 ，由貝尼河和馬莫雷河在巴西-玻利維亞邊境的貝利亞鎮匯合而成 ，向東北流至馬瑙斯以下約150千米處注入亞馬孫河。全長3378.9km，流域面積130萬平方公里，河寬一般為700～900米。
海輪可自河口上溯 1300 千米，通至韋柳港附近的聖安東尼奧瀑布 。流域內多熱帶雨林 ，尚未開發，僅有少數印第安人 、 梅斯蒂索人在此採集巴西堅果和橡膠。河口右岸有圖皮南巴拉納斯島，多沼澤溼地。
馬代拉河主要支流之一的瓜波雷河發源於巴西境內帕內西斯山脈西南側，是巴西與玻利維亞邊界的一部分，該河也叫伊特內斯河，全長1800km，流域面積60萬平方公里，多年平均流量2000立方米/秒，徑流量635億立方米。貝尼河也是馬代拉河中游最大的支流之一，發源於玻利維亞科恰班巴以西塔帕卡里附近，河流全長1609km，其主要支流馬德雷河發源於秘魯庫斯科省境內阿塔那亞火山以東大約50km處，河流向東北流。
馬代拉河流域內為熱帶雨林氣候，流域的氣候溫暖、潮溼和多雨，多在2000毫米以上。對該地區氣候來說，降水量比溫度更為重要。從大西洋吹來的充滿水氣的風橫越南美洲，當到達安地斯山脈的東坡時被迫上升；這樣，空氣被冷卻，並通過冷凝作用失去水分，其結果是大雨滂沱，彙集成大江大河從安地斯山脈向東流去，並形成如此廣大的水系。在低地的上空，大面積的對流暴風雨產生很大降水量。
在南半球的冬季有一個一段時間內的旱季，此時盛行風向為東北偏東到東南偏東之間的風，陣風有時達到十分強勁時為疾風。這個季節是遊人溯流而上或泛舟順流而下的最佳時間。
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